לאחר פרישתו מהצבא ב-1875, הוא היה נשיא חברת הרכבות וילמינגטון והצפון במשך 20 שנה, עד 1899. כחבר פעיל במפלגה הרפובליקנית, הוא נבחר על ידי בית המחוקקים של המדינה כסנאטור אמריקאי מדלאוור, וכיהן ברוב שתי הקדנציות.
דו פונט הוסמך ללוטננט משנה בחיל ההנדסה עם סיום לימודיו בווסט פוינט ב-6 במאי1861. זמן קצר לאחר מכן הועלה לדרגת לוטננט ראשון ברגימנט הארטילריה ה-5. הוא שירת כקצין ארטילריה קלה בצבא האיחוד במהלך המלחמה, והוצב בתחילה להגנת וושינגטון וניו יורק הרבור. מ-6 ביולי 1861 עד 24 במרץ1864, שימש כספיח גדוד (קצין מנהלי) עד שהועלה לדרגת קפטן. לאחר מכן הוא מונה לראש ארטילריה בצבא וירג'יניה המערבית.
דו פונט שירת בצבאו של גנרל פיליפ שרידן בעמק שננדואה שבצפון וירג'יניה. הוא קיבל את עיטור מדליית הכבוד על טיפולו בנסיגה בקרב סידר קריק, מה שאיפשר לשרידן לזכות בניצחון בקרב. במהלך המלחמה קיבל דו פונט שני קידומים (קידום כבוד). הראשון היה לדרגת מייג'ור, עבור שירות אמיץ בקרבות אופקון וגבעת פישר. הקידום השני היה לדרגת לוטננט קולונל, מיום 19 באוקטובר 1864, עבור שירות מכובד בקרב סידר קריק, וירג'יניה.
לאחר המלחמה, דו פונט המשיך בקריירה צבאית עד שהתפטר ב-1 במרץ1875. בשנים שלאחר המלחמה הוא הפך לעמית המסדר הצבאי של הלגיון הנאמן של ארצות הברית (MOLLUS), ארגון לקצינים לשעבר של צבא האיחוד וצאצאיהם.
נישואים ומשפחה
ב-1874, בגיל 36 נישא דו פונט למרי פאולין פוסטר ונולדו להם שני ילדים, הנרי פרנסיס דו פונט ולואיז אוולינה דו פונט. הם גרו באחוזה שלו, וינטרתור, ליד גרינוויל, דלאוור. בני המשפחה היו חברים בכנסייה האפיסקופלית בכריסטיאנה האנדרד.
קריירה עסקית
ב-1875 חזר דו פונט במשרה מלאה לדלאוור. תוך שנים ספורות הוא הפך לנשיא ומנהל כללי של חברת Wilmington & Northern Railroad Company, כיהן מ-1879 עד 1899. במהלך אותה תקופה, ובמשך שארית חייו, הוא גם הפעיל חוות ניסויים באחוזתו. מאז 1951, כאשר בנו הקים אותה כמוזיאון, האחוזה מופעלת כמוזיאון וינטרתור, הגן והספרייה ליד גרינוויל, דלאוור.
קריירה פוליטית
בשנת 1895, דו פונט התמודד לסנאט האמריקאי, וטען כי נבחר. בדצמבר 1895, תומכיו של דו פונט הגישו בשמו עתירה לוועדת הסנאט לענייני הרשאות ובחירות, בטענה שהוא נבחר במאי לכהונה שהחלה במרץ של אותה שנה. העצומה התרכזה בשאלה האם ויליאם ט. ווטסון, יו"ר הסנאט של דלאוור שעלה לכהונת המושל עם מותו של ג'ושוע ה. מרוויל ב-8 באפריל, היה רשאי להצביע במושב המשותף של בית המחוקקים ב-9 במאי. לולא קולו של ווטסון, דו פונט היה נבחר בהצבעה של 15 מול 14, אבל עם הצבעתו, בית המחוקקים נתקל במבוי סתום. חוקת דלאוור אוסרת על המושל לשבת בבית המחוקקים, אך הועלו שאלות האם ווטסון היה בעצם המושל או שרק "ממלא את תפקיד המושל". בעוד שהוועדה שבשליטת הרפובליקנים מצאה לטובתו של דו פונט, הסנאט בכללותו התנגד להושיב אותו בהצבעה לפי קווי המפלגות, כאשר פופוליסטים וחבר מפלגת הכסף מצטרפים לדמוקרטים, תוך ציון זכותו של בית מחוקקים במדינה לקבוע את חברותו בעצמו. דו פונט הגיש עתירה נוספת בינואר 1897, אך לא הציג ראיות חדשות, מה שהוביל לכך שהוועדה דחתה את עתירתו. [2]
הוא נבחר שוב לסנאט האמריקאי ב-1911. במהלך קדנציה זו כיהן עם הרוב הרפובליקני בקונגרס ה-62, אך היה במיעוט בקונגרס ה-63 וה-64. בקונגרס ה-62 היה שוב יו"ר הוועדה להוצאות במחלקת המלחמה, בקונגרס ה-63 היה חבר בוועדה לעניינים צבאיים, ובקונגרס ה-64 היה חבר בוועדה לתחבורה ומכירה של מוצרי בשר.
בשנת 1919 נבחר דו פונט כחבר כבוד באגודת דלאוור של סינסינטי.
מוות ומורשת
הנרי א. דו פונט מת ב-31 בדצמבר1926 בביתו, וינטרתור, והוא קבור בבית הקברות Du Pont de Nemours בגרינוויל, דלאוור. בנו, הנרי פרנסיס דו פונט, הפך את ביתו למוזיאון וינטרתור, הגן והספרייה, המוזיאון הראשי של המדינה לאמנויות דקורטיביות אמריקאיות. חומרי ארכיון הקשורים אליו הם חלק מהאוספים שבידי ספריית וינטרתור.
בתרבות הפופולרית
דו פונט הוצג על ידי דייוויד ארקט בסרט "שדה הנעליים האבודות" מ-2014, שתיאר את הקרב על השוק החדש במאי 1864.