לאחר כיבוש יוון על ידי גרמניה באביב 1941 נמלטה ממשלת יוון למצרים. היא החלה להקים שם יחידות צבא יווניות גולות על בסיס קצינים וחיילים שנמלטו מיוון הכבושה. המספר הגדול יחסית של קציני צבא יוונים לעומת חיילים שהצליחו להיחלץ מיוון הביא להצעה להקים יחידה שתהיה מבוססת בעיקר על קצינים. היחידה ובה 200 איש הוקמה בארץ ישראל באוגוסט1942 תחת פיקודו של קצין חיל הפרשים אנטוניוס סטפנקיס (Antonios Stefanakis) ונקרא "פלוגת בני האלמוות הנבחרים". היא נועדה במקור לשמש כפלוגה מסייעת שתשתלב בבריגדה היוונית ה-2, שהייתה אז בתהליכי הקמה.
בספטמבר 1942 מונה סגן אלוף קריסטודולוס ציגנטס (Christodoulos Tsigantes) למפקד היחידה. הוא שינה את שמה ל"גדוד הקדוש", על שם הגדוד הקדוש של תבאי והגדוד הקדוש (אנ') שהשתתף במלחמת העצמאות היוונית. הוא הציע להפוך את הגדוד ליחידת כוחות מיוחדים והצעתו התקבלה.
בפברואר 1943 הושם צוות הגדוד יחד עם עוצבה צרפתית תחת פיקוד הגנרל לקלרק. בחודש מרץ השתתף הגדוד בקרב ראשון, כאשר סייע בתוניסיה להתקדמותו של הקורפוס הבריטי ה-10, אשר יצא לאגף את ביצורי קו מארת (אנ') הגרמני. בסוף מרץ היה צוות הגדוד עם הדיוויזיה הניו זילנדית ה-2, ובאפריל לחמו היוונים עם הניו זילנדים נגד כוח גרמני בקרב וואדי עקרית (אנ'). בהמשך נכנס הגדוד לעיר סוסה והשתתף בקרב על אנפידה (אנ').
לאחר תום המלחמה בצפון אפריקה במאי 1943 התארגן שירות האוויר המיוחד מחדש. חלק מאנשיו נועדו לפעול בים האגאי והוחלט שהגדוד הקדוש יצטרף אליהם.
במאי 1943 חזר הגדוד לארץ ישראל. הוא מנה אז 314 איש. חייליו עברו אימוני צניחה והוא אורגן מחדש כך שנכללו בו שלוש פלוגות קומנדו.
לאחר שביתת הנשק עם איטליה בספטמבר 1943 פעלו בעלות הברית להשיג שליטה באיים הדודקאנסיים שבים האגאי. איים אלו היו מיושבים ביוונים אך הוחזקו בכיבוש איטלקי מאז 1912. הגדוד השתתף בפעולה זו ופלוגה משלו פלשה בצניחה ב-30 באוקטובר לאי סאמוס. הפלוגות האחרות הגיעו שמה בשיט בסירות דייגים. עם זאת המערכה בדודקאנס הסתיימה בתבוסת בעלות הברית והגדוד נאלץ להתפנות מסאמוס.
בפברואר 1944 השתתפו יחידות הגדוד בפעולות באיים הצפוניים של הים האגאי, ביניהם פסרה, לסבוס וכיוס.
עד אפריל 1944 הוגדל הגדוד עד למסגרת רגימנטלית ומנה כאלף איש. תמורה זו שיקפה את מידת היעילות שיוחסה לו כמו גם את האמינות הפוליטית שלו בעיני הבריטים, על רקע התגברות המתחים הפוליטיים בקרב אנשי הכוחות היוונים הגולים.
ביולי 1944 השתתף הגדוד יחד עם אנשי שירות הסירות המיוחד הבריטי בפשיטה המוצלחת על האי סימי (אנ'). במהלכה נהרגו או נשבו כל אנשי חיל המצב הגרמני באי.
פעולות ביוון
לאחר שהגרמנים פינו את יוון באוקטובר 1944 שב הגדוד אליה. במדינה כבר החלה להתלקח מלחמת האזרחים בין הממשלה שנשענה על תמיכתה של בריטניה לבין חזית השחרור הלאומית הקומוניסטית. הגדוד היה מעורב בפעולות הממשלה נגד הכוחות הקומוניסטים, לרבות אירועי דצמבר 1944. כמו כן פעל הגדוד עד תום המלחמה נגד חילות המצב הגרמנים שנותרו באיי הים האגאי. ביוני 1945 חזר הגדוד למצרים לקראת פירוקו. טקס הפירוק החגיגי התקיים באתונה ב-7 באוגוסט, ובמהלכו הוענקו לגדוד מספר עיטורים יוונים גבוהים.
אבדות הגדוד במלחמה מנו 25 הרוגים, 56 פצועים, שלושה נעדרים ו-29 שבויים.
הגדוד נחשב לגרעינה של יחידת עילית בצבא היווני - בריגדת הצנחנים ה-1. יחידה זו הוקמה בשנת 1946 והיא פעילה עד ימינו.
