ב־1814 הקימו לאומנים יווניים גוף התנגדות חשאי בשם "אגודת הידידים" או "אחוות הידידים" (פיליקי אטריה) באודסה בתמיכתן של קהילות יווניות גדולות ומבוססות בבריטניה ובארצות הברית. גוף זה, בסיוע תומכים במערב אירופה ועזרה חשאית מרוסיה, החל לתכנן מרד בטורקים, כאשר יואניס קפודיסטריאס, פקיד ממשל מהאיים היוניים אשר התמנה לשר החוץ הרוסי, נבחר למנהיג המהפכה המתוכננת. לתאריך תחילת המרד יש מספר גרסאות: 6 במרץ, כאשר אלכסנדר איפסילנטי, מלווה בכמה קצינים יווניים אחרים, חצה את הנהר פרוט ברומניה, או ב־23 במרץ כאשר מורדים כבשו את העיר קלמטה בפלופונסוס, או ב־25 במרץ1821 (כיום יום העצמאות של יוון), היום שבו הניף הארכיהגמון האורתודוקסי של פטראס את נס המרד בפלופונסוס. התקוממויות מתואמות תוכננו ברחבי יוון, כולל במקדוניה, בכרתים, ובקפריסין. תחת יתרון ההפתעה, ובשל חוסר היעילות העות'מאני, הצליחו היוונים לכבוש את הפלופונסוס ואזורים נוספים.
העות'מאנים התאוששו במהירות והגיבו בכוח, וביצעו טבח בכיוס ובערים נוספות. אולם הענישה גררה אהדה ליוונים במערב אירופה, למרות חשדות של הממשלה הבריטית והממשלה הצרפתית כי המרד הוא מזימה של רוסיה להשתלט על יוון ואולי אף על קונסטנטינופול, ולכבוש אותם מידי העות'מאנים. היוונים לא הצליחו להקים ממשלה יציבה באזורים שבהם שלטו, ובמהרה החלו להילחם בינם לבין עצמם. לחימה חסרת הכרעה ברורה בין היוונים לעות'מאנים המשיכה עד 1825, כאשר הסולטאן הטורקי ביקש עזרה מהווילאייט החזק ביותר שלו, מצרים.
מצרים נשלטה אז בידי מוחמד עלי, שרצה לבחון את כוחותיו הצבאיים. הסולטאן העות'מאני גם הבטיח לו חלק מן הזכויות על סוריה אם מצרים תעזור במלחמה. הכוח המצרי, תחת פיקודו של בנו, אבראהים פאשא, הצליח להשתלט במהירות על האיים האגאיים.
התגייסות אנשי המערב
המרד היווני צבר תמיכה רחבה באירופה. יוון נתפסה כערש התרבות המערבית, תוך שהיא מרוממת בידי זרם הרומנטיקה שרווח באותה עת. התופעה שבה אומה נוצרית מנסה להתנער מאימפריה מוסלמית הביא אף הוא לאהדה מצד הציבור האירופי.
אחד מאלה אשר שמעו לקריאה היה המשורר לורד ביירון אשר שהה תקופה ביוון, שם עסק בגיוס תרומות, אספקה וחיילים, עד שמת מקדחת במיסולונגי ב־1824. מותו של ביירון אף העלה עוד יותר את האהדה האירופית ליוון. דבר זה הניע סופית את הכוחות האירופיים לפעול במישרין.
קרב נאווארינו
באוקטובר 1827 השמידו ציי המלחמה של בריטניה, צרפת ורוסיה את הצי העות'מאני בקרב נאווארינו. הניצחון בקרב היה נקודת מפנה חשובה בתולדות המלחמה. באוקטובר 1828 הנחיתו הצרפתים בפלופונסוס 10,000 חיילים רגליים בפיקודו של הגנרל מייסון, כדי לעצור את העות'מאנים. תחת הגנתם, יכלו היוונים להתארגן מחדש ולייסד ממשלה חדשה. אז התארגנו כוחותיהם כדי להשתלט על כמה שיותר שטח, כולל אתונה ותבאי, לפני שהכוחות המערביים כפו הפסקת אש.
תוצאות מלחמת העצמאות
בוועידת לונדון ב־11 במאי1832 הוכרה סופית יוון כמדינה ריבונית. עצמאותה הוכרה רשמית בידי הטורקים והכוחות האירופיים באמנת קונסטנטינופול שנחתמה ביולי 1832. שלוש המפלגות היווניות הפוליטיות הראשונות היו "המפלגה האנגלית", "המפלגה הצרפתית" ו"המפלגה הרוסית".
המעצמות החליטו שצורת השלטון הרצויה ביוון תהיה מונרכיה, הוחלט שמלך יוון לא יהיה קשור ישירות לאחד מבתי המלוכה של המעצמות שהיו מעורבות בהסכם לונדון (1832), משפחות המלוכה ומשפחות האצולה היו מעורבות זו בזו והיה קשה למצוא מועמד מתאים. אחרי חיפושים פנו לנסיך אוטו מממלכת בוואריה שהפך למלך אותון.