באותה שנה ניהל את לשכת העיתונות של ההסתדרות הציונית העולמית. בין השנים 1921 ו-1924 ניהל את סוכנות הידיעות יט"א (יידישע טלעגראף אגענטור) בניו יורק. בשנת 1924 שב לנהל את לשכת העיתונות של ההסתדרות הציונית העולמית, תוך שהוא משמש ככתב בירושלים עבור עיתונים חשובים בעולם כגון טיימס והדיילי טלגרף.
ב-7 בספטמבר1955 נבחר אגרון לראש עיריית ירושלים.[5] וכיהן בתפקיד זה עד למותו. באוגוסט 1956 ניצל מניסיון הדחה בזכותו של רחמים כלנתר, שנטש את סיעתו, סיעת "הפועל המזרחי", שפעלה כדי להדיח את אגרון, והפך לתומך של אגרון. בתמורה מונה כלנתר לתפקיד סגן ראש העירייה הממונה על ענייני דת ותברואה. מעשה זה יצר את המושג כלנתריזם. אגרון תמך בבניית בריכת ירושלים שהייתה הבריכה הראשונה בירושלים בה רחצו במעורב גברים ונשים והייתה פתוחה בשבת. בתגובה לכך, דיינים חרדים החליטו לקיים נגדו טקס פולסא דנורא. במהלך תקופת כהונתו הקדיש אגרון תשומת לב רבה לפיתוחה הכלכלי של העיר.
כשבועיים לפני בחירות 1959 נפטר אגרון בעקבות סיבוכים שנבעו ממחלת הצהבת בה לקה, ונקבר בהר המנוחות בירושלים.
משנת 1921 ועד מותו היה נשוי לאטל לבית ליפשיץ (נפטרה ב-1973.[6] היה אב לשלושה: דניאל (דני) אגרון, יהודית מנדלסון וורדה טמיר. בנו דני אגרון היה חבר "ההגנה", ממקימי התעשייה האווירית ולאחר מכן מנהל חברת מטוסי ריסוס, וחרט עץ נודע. אשתו, פרופ' חסיה לוי-אגרון, הייתה כוריאוגרפית ורקדנית, מייסדת הפקולטה למחול של האקדמיה למוסיקה על שם רובין בירושלים, כלת פרס ישראל למחול לשנת תשנ"ח (1998). לאגרון הייתה פרשת אהבה קצרה וסוערת עם השחקנית הדגולה חנה רובינא, כמתואר בביוגרפיה שלה שכתבה כרמית גיא. אגרון הבטיח לרובינא כי יעזוב את אשתו למענה, אך לא עשה כן.
הנצחתו
שמו של אגרון הונצח במקומות ובמפעלים הבאים, המצויים כולם בירושלים:
בית ספר אגרון - בית ספר יסודי בשכונת קריית יובל שבירושלים.[9]
פרס ירושלים לעיתונות ע"ש גרשון אגרון - פרס שהוענק על ידי עיריית ירושלים אחת לשנתיים למחבר מאמר או רשימה העוסקים בירושלים של ימינו.
קפה "אגרונסקי" - בית קפה ברחוב אגרון 24 פינת רחוב זמנהוף (מול גן העצמאות), שנפתח בשנת 2012 על ידי סוניה שפוצ'ניק וגם מנוהל על ידה.
ספרו
אסיר הנאמנות; הביא לבית הדפוס: שריה שפירא, ירושלים: מ' ניומן, תשכ"ד. ("ספר עדות ... על המתרחש בחיים הציוניים משני עברי האוקיינוס במשך יותר מיובל שנים")
לקריאה נוספת
'אגרונסקי, גרשון', בתוך: דוד קלעי, ספר האישים: לכסיקון ארצישראלי, תל אביב: מסדה – אנציקלופדיה כללית, תרצ"ז, עמ' 22. (הספר בקטלוג ULI)
Stephen Klaidman, 'The Jerusalem Post [and the story of Gershon Agronsky (Agron)]', Present Tense 6, 3 (1979), 36-42.
Matthew Silver, First contact: Origins of the American-Israeli connection: Halutzim from America during the Palestine mandate, West Hartford, CT: Graduate Group, 2006.