תחילתו של המכון במרתף של בית הכנסת המרכזי של מרכז הכרמל, ברח' דרך הים. במרתף עצמו הוקם חדר טבע שבו היו שיעורים לתלמידים והשתלמויות למורים[1]. מרתף זה שכן מעל מערת בירינג - מערה של הולנדי בשם בירינג וממנה היה צופה על תנועות הצי העות'מאני והגרמני ודיווח משם על תנועות אלו לאנגלים[2].
בשטח אדמה קטן ליד המרתף הוקמה פינת חי קטנה אשר הלכה והתרחבה במהירות. הרעש של בעלי החיים הפריע למתפללי בית הכנסת, ובלחצם, בשנת 1952, הועברה פינת החי למיקומו הנוכחי של גן החיות. בשנת 1955 הסתיימה הקמתו של בנין המכון הביולוגי בתוך השטח החדש של גן החיות, אחרי פטירתו של פנחס כהן הוחלט, כאות הערכה לפועלו, לקרוא למכון הביולוגי "בית פנחס".
שיפוץ הגן
לפני השיפוץ עלו טענות, לא רק מחוגים התומכים ברווחת החיות, על צפיפות והעדר תנאי כליאה הולמים. לשם המחשת הבעיה השתמשה הנהלת גן החיות בכלוב הדובים.
בשנת 2002, בזכות תרומה של הנדבנים החיפאים משפחת אריאלי, עבר גן החיות שיפוץ משמעותי, בו הוחלפו כל התשתיות הישנות בחדשות ונבנו תצוגות חדשות ופתוחות לבעלי החיים השוכנים בגן, וכן כלל הכלובים הוחלפו והורחבו, דבר ששיפר את תנאי המחיה של החיות[3].
תנאי הכליאה של החיות בגן
באוגוסט 2020, חברת מועצת העיר הילה לאופר מסיעת הירוקים פנתה בשאילתה לראש העירייה עינת קליש רותם בה כתבה:”גן החיות הוא כתם לעיר. הגן הוא מיושן, הכלובים הם קטנים לחלק מבעלי החיים, בעיקר הטורפים הגדולים, וחלק מבעלי החיים הכלואים פיתחו התנהגות כפייתית פסיכוטית עקב טיפול לקוי, חוסר בהעשרה, מקום קטן וכו. לא מעט תושבים מעידים כי הם שומעים את האריה האומלל והמדוכא מיילל בלילות. עד כמה שידוע לי, גן החיות הוצא בעבר מארגון גני החיות העולמי בשל אי עמידה בתנאי אחזקה, וכיום הוא שייך לאותו הארגון. אין פיקוח על מבקרים אשר מטיילים בגן, זורקים אוכל לבעלי החיים ומסכנים אותם”[4].
בתשובה לשאילתה כתבה קליש רותם שהיא "שותפה לביקורת על אופן ניהול גן החיות. יוקם צוות לבחינת המשך דרכו של גן החיות, בשיתוף פעולה עם כל הגורמים הרלוונטיים – רשות הטבע והגנים ומשרדי ממשלה"[5].
גן החיות צמח מתוך המכון הביולוגי, אולם במהלך השנים הוא האפיל עליו ונמצא בהנהלה נפרדת.
המכון הביולוגי החל כמכון להכשרת והשתלמויות מורים לביולוגיה ומחקר אתולוגי. יוזמו היה פנחס כהן במהלך השנים שינה המקום פניו, מתקיימות בו השתלמויות מורים ספורות ולרוב הוא פונה ישירות לתלמידים.
המכון כולל:
מרכז ללימודי הטבע ובו: שעורי העשרה לבתי הספר בכל רמות הלימוד, תוכניות מיוחדות למחוננים ולכיתות מדעיות, השתלמויות למורים ולגננות, הדרכה לבתי הספר בהקמה והחזקה של פינות חי, הדרכת תלמידים בעבודות חקר וטיפוח יחס לבעלי חיים והדרכת תלמידי תיכון בעבודות אקולוגיות.
המרכז כולל ספרייה מקצועית, ובה כ־3,000 כותרים וכתבי עת בעברית ובאנגלית, אוסף גדול של פוחלצים להוראה ותצוגה, מרכז משאבים והשאלה של תערוכות נודדות וחומרי למידה.
הגן הבוטני במכון הביולוגי מוקדש לצמחי הבר של החבל הים תיכוני בישראל. חלק מהגן הוא גן מים הכולל צמחי מים וגדה של הארץ. בחלקו התחתון של הגן הבוטני חלקת שרכים. בגן הבוטני מאות מינים, חלקם מינים הנמצאים בסכנת הכחדה. הגן מהווה המשך לצומח הטבעי בנחל לוטם.
המוזיאון לטבע תצוגות של פוחלצים במספר נושאים, ותצוגת חוליות ולסתות לווייתנאים. בחגים מתקיימות תערוכות מתחלפות על נושאי הקשר שבין חגי ישראל והטבע.
פינת החי הלימודית במכון - בה מגוון של בעלי חיים המשמשים בשעורי המכון, וכמקור לבעלי חיים לבתי ספר. גידול בעלי החיים בפינה זו מאפשר הדרכה וליווי של בתי הספר המעוניינים בפיתוח פינת חי בית ספרית. בפינת החי אוגרים, גרבילים, ארנבונים, שרקנים, צ'ינצ'ילות, חולדים וקיפוד - מבין היונקים. תור צוחק, תוכונים וברווזים מבין העופות, ואיגואנות, זיקיות ושממיות מהזוחלים. כמו כן, שוכנים במקום הדו-חיים של ארץ ישראל, עקרבים, מקלונים וחרקים נוספים.
גן הילד
גן הילד הוא מוסד משלים להוראה וחינוך עבור ילדים עם מוגבלויות שונות.
הגן נמצא במתחם גן החיות בחיפה ומקנה העשרה טיפולית, בעיקר על ידי טיפול בעזרת בעלי חיים וכן טיפול בתחומים אחרים.