כאשר נחת גוסטבוס אדולפוס בגרמניה הצטרף אליו ברנהרד במהירות, ולזמן קצר הוא היה קולונל של משמר סוסי ההצלה השוודי. לאחר קרב ברייטנפלד (1631), הוא ליווה את גוסטב אדולף בצעדתו לנהר הריין, ובין אירוע זה לקרב ה-Alte Veste, ברנהרד פיקד על משלחות רבות כמעט בכל מחוז מהמוזל ועד טירול. ב-Alte Veste הוא הפגין אומץ רב, ובקרב ליצן (1632), כאשר גוסטב אדולף נהרג, קיבל ברנהרד את הפיקוד, הרג קולונל שסירב להוביל את אנשיו אל המטרה, ולבסוף זכה בניצחון בשקיעה.
תחילה ככפוף לאחיו וילהלם, שכלוטננט-גנרל שוודי עמד לרשותו של הפיקוד, אך מאוחר יותר כמפקד עצמאי, המשיך ברנהרד לדחוף את גיחותיו על דרום גרמניה; ועם הגנרל השוודי גוסטב הורן הוא ביצע בשנת 1633 פלישה מוצלחת לבוואריה, אשר הוגנה על ידי הגנרל הקיסריהרוזן אלדרינגן. בשנה זו הוענק לו תואר הבישוף של וירצבורג ובמברג, ובנוסף קיבל את התואר דוכס פרנקוניה. הוא מינה את אחד מאחיו הרבים בתור סטאדהאודר, וחזר למלחמות. כפרוטסטנטי קשוח, הוא גבה תרומות כבדות מהערים הקתוליות שכבש, וניצחונותיו החוזרים ונשנים גרמו לו להיחשב בעיני הפרוטסטנטים הגרמנים כמושיע דתם. אבל בשנת 1634 ספג ברנהרד תבוסה גדולה בנורדלינגן, ואיבד את מיטב הצבא השוודי.
ב-1635 נכנס ברנהרד לשירות צרפת, שעד אז לא התערבה במלחמה. הוא מילא תפקיד כפול קשה; במסעות הבאים, שנוהלו בכישרון ובנחישות כפי שהיו, ברנהרד נקט לפעמים במדיניות צרפתית גרידא, בעוד שבפעמים אחרות הוא השתמש בשכירי חרב צרפתים כדי להשיג את מטרתו שלו. מנקודת מבט צבאית הישגיו הבולטים היו בשטח המשותף של הריין העליון, בברייסגאו.
במערכה הגדולה שלו ב-1638, ניצח ברנהרד בקרבות ריינפלדן, ויטנווייהר ותאן, וכבש ברציפות את ריינפלדן, פרייבורג וברייזאך, כאשר האחרון נחשב לאחד המבצרים החזקים באירופה. ברנהרד קיבל בשלב הראשון הבטחות מובהקות מצרפת שיש לתת לו את אלזס ואגנו, ווירצבורג, לאחר שאבדו במחדל של 1634; כעת קיווה להפוך את ברייזאך לבירת הדוכסות החדשה שלו.
אולם מצבו הבריאותי של ברנהרד הלך והידרדר. הוא מת ב-18 ביולי1639 בנוינבורג אם ריין בתחילת המערכה. מושל ברייזאך ז'אן לואי ד'ארלאך קיבל שוחד כדי להעביר את המצודה לצרפת. ברנהרד נקבר זמנית בברייזאך, ושרידיו הועברו לוויימאר רק כעבור 16 שנים.