העלילה לפיה היהודים זוממים להרוס את המסגדים בהר הבית החלה להתפשט בימי העלייה השלישית. כאשר חיים ויצמן נפגש בשנת 1918 עם מנהיגים ערבים בקהיר, הם טענו באוזניו כי ועד הצירים, גוף של פעילים ציונים, קיבל הסכמה מממשלת בריטניה להרוס את כיפת הסלע ולבנות במקומה את בית המקדש[3].
איור השער בעיתון "דאס אידישע פאלק", 30 באפריל 1920.
הסיסמה "אל-אקצא בסכנה" נהגתה בסוף שנות ה-20 של המאה ה-20 על ידי המופתי של ירושלים ונשיא המועצה המוסלמית העליונה, חאג' אמין אל-חוסייני, אחד ממתנגדי הציונות החריפים ביותר. הוא הפיץ כרוזים עם הסיסמה ומתחתיה תמונת הרצל ליד המסגד שעליו מונף דגל ישראל, או תמונות מזויפות שבהן נראה מסגד עולה בלהבות. כרוזים אלה הגבירו את כוחו של חוסייני בקרב הציבור הערבי, והיו בין הגורמים לפריצת פרעות תרפ"ט. בראיון עם אליהו ששון בשנת 1928 נשאל חוסייני אם הוא באמת מאמין בסכנה הזאת, והמופתי ענה לו: "במלחמתי בציונים מותר לי להשתמש בכל הטענות שיש להן או אין להן אחיזה במציאות".[4]
מהומות הר הבית באוקטובר 1990, המכונה בפי המוסלמים "טבח אל-אקצא", היה בשעתו כלי תעמולה חשוב בהפצת הסיסמה "אל-אקצא בסכנה". בעקבות האירוע פרסמו מדינות וארגונים רבים, בהם הפרלמנט האירופי והקבינט של ארצות הברית, הודעות גינוי חריפות נגד ישראל על התנהגותה במקום המקודש לאסלאם. מועצת הביטחון של האומות המאוחדות קיבלה פה-אחד החלטה המגנה פעולות אלימות של כוחות ישראליים שגרמו לאבדן חיי אדם ולפציעת מוסלמים רבים בהר הבית[5].
החל מאמצע שנות ה-90 החל השייח' ראאד סלאח, מנהיג הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית, להשתמש בסיסמה זו, ולארגן כנסים המוניים בהם השתמש בשפה בוטה ואלימה ובמסרים קיצוניים נגד מדינת ישראל ונגד היהודים. בחלק מהעצרות הוצב מאחורי בימת הנואמים דגם של כיפת הסלע, וכיפת המבנה נצבעה באדום - סמל לפציעתו על ידי היהודים. בעצרת שהתקיימה בשנת 1999 הכריז סלאח: "נאמר לחברה היהודית בכנות, אין לכם זכות ולו על אבן ממסגד אל-אקצא המבורך."[3]
בשנת 2004 השתמש יאסר ערפאת בסיסמה זו, לאחר מהומות שהתרחשו בהר הבית באותה עת[6].
בשנת 2010 אמר חבר הכנסת מסעוד גנאים מרע"מ בראיון לכל אל-ערב כי אל-אקצא בסכנה עקב מה שכינה "ייהוד ירושלים" והקלות לדבריו של הממשלה, על קבוצות קיצוניות בנושא בניית המקדש. הוא הוסיף כי "ירושלים ואל-אקצא בסכנה כל עוד ירושלים תחת כיבוש".[7] בשנת 2017 אמר דברים דומים חבר הכנסת טלב אבו עראר מסיעתו[8].
לאחר הפיגוע בהר הבית וההחלטה לסגור את הר הבית לתפילות יום שישי, החל גל של גינויים בעולם הערבי, והסיסמה "אל-אקצא בסכנה" שימשה בסיס למאיירי קריקטורות שתקפו בחריפות את ישראל בעיתונות הערבית[9].
ב-1 באוקטובר 2022 השתתפו אלפים בעצרת "אל-אקצא בסכנה" בעזה, שארגנו בכירי חמאס בהשתתפות מנהיג הארגון ברצועה יחיא סנוואר, מוסטפא ברגותי ואחרים[10].
נדב שרגאי פרסם מספר ספרים סביב הסוגיה[12]. בספריו הוא מתאר כיצד הנרטיב לפיו ישראל רוצה להחריב את מסגדי הר הבית, נפוץ בספרי הלימוד ובאמצעי התקשורת הפלסטיניים, בדרשות האימאמים במסגדים וברחוב המוסלמי[3]. שרגאי בדק שמונה אתרים סביב הר הבית שבהם ישראל בנתה או ביצעה חפירות ארכאולוגיות, ולגביהם נטען שהפעילות הישראלית בהם מסכנת את אל-אקצא. לדבריו, בכל האתרים הוכח כי מדובר בהאשמה שקרית[13]. שרגאי טוען שמדובר בעלילת שקר שמניעה פיגועי טרור. לדוגמה, המחבל שביצע את פיגוע הירי בשער השלשלת השתתף בעבר באירועי "אל-אקצא בסכנה" שאורגנו על ידי הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית[14].
התנועה האִסלאמית בישראל נהגה להכריז על תחרות כלל-אִסלאמית שנתית של חיבורים, שהתפרסמו באתר האינטרנט של התנועה תחת הכותרת "בית אל-מקדס פי ח'טר" ("ירושלים בסכנה"). בשנת 2001 הוגשו 20,000 חיבורים שנכתבו בידי מוסלמים מ-20 מדינות. התנועה מפעילה גם ילדים ובני-נוער העוסקים באיסוף תרומות ל"הצלת אל-אקצא"[16].
