בהיותו בן 22 היה אחראי על השילוח של המחבל לקו 2 בירושלים, פיגוע שבו נרצחו 22 ישראלים. כמו כן, באדר היה שותף לפיגוע נוסף בקו 14 בירושלים בחודש יוני 2003.
אחרי הריגתו של קוואסמה בפעולה של הימ"מ הפך באדר מתחילת יולי 2003 ועד למותו למפקד התא בחברון.
מותו
בבוקר ה-9 בספטמבר2003 החלו כוחות מיוחדים מיחידת דובדבן, יחידת ההנדסה יהל"ם, כוחות מחטיבת הנח"ל וכוחות שב"כ לכתר בניין בן 8 קומות בשכונת כתילה במרכז העיר חברון, שבו התבצרו אנשי חמאס חמושים. בבניין שהו על-פי החשד, כמה מבני משפחת קוואסמה, מראשי החמאס בחברון אשר אחראים לרצח ישראלים רבים. הכוח קרא למתבצרים לצאת מהבניין כאשר המתבצרים סרבו, קרא הכוח לאזרחים לפנות את הבניין, האזרחים שיצאו מהבניין נשלחו בחזרה על ידי הכוח כדי לבדוק האם ישנם עוד אזרחים בתוך הבניין. המחבלים אשר סירבו לצאת ניהלו קרבות עזים משעות הבוקר עם הכוח עד לשעה 16:30, בשלב מסוים בלחימה הכוח החל לירות טילים ופגזים לעבר הבניין, לא היו נפגעים בקרב החיילים. בקומה הראשונה גילה הכוח שתי גופות של המחבלים אחמד באדר ועוזרו עז א-דין מיסק. על פי מערכת הביטחון היו השניים אחראים למותם של 55 ישראלים ופציעתם של 260 ונחשבו לפעילי החמאס הבכירים ביותר ביהודה ושומרון מאז חיסולו של עבדאללה קוואסמה. לצד הגופות נתגלו רובים, אקדח, תחמושת ואמצעים לראיית לילה. בתום הפעילות פוצצו כוחות צה"ל את הבניין בן ה-8 קומות.
