בסוף יוני 1941, תחילת מבצע ברברוסה, נכבשה העיר בידי הגרמנים, ואלו העלו באש את בתי הכנסת בה, תוך חילול ספרי התורה שבהם. לאחר מכן, תפסו את השליטה בעיר ליטאים לאומנים, אשר הוציאו להורג יהודים מהעיר שהואשמו בקומוניזם, והטילו על יתר היהודים עבודות כפייה, תוך רצח עשרות מהם.
בסוף אוגוסט 1941 רוכזו יהודי העיר בגטו קטן שהוקם בה, בו שדדו הליטאים את רכושם מעת לעת. ב-18 בספטמבר 1941 נרצחו ביער פיבוניה (Pivonija)[1] כל יושבי הגטו שבעיר. לאחר מכן, נקבע בכניסה לעיר שלט רשמי המציין כי שירווינטוס "נקייה מיהודים".