לופס הצטרף לקבוצת אינדפנדיינטה דה ריו טרסרו בכדורגל, ב-1989 כאשר הקבוצה זכתה באליפות מקומית לילדים לופס צד את עינו של מנואל פאטינו שרכש את כרטיס השחקן שלו תמורת 5,000 דולר במטרה להעבירו למחלקת הנוער של אסטודיאנטס לה פלאטה. במקביל, צורף לופס לנבחרת עד גיל 17.
ב-1992 החליטה אסטודיאנטס למכור את כרטיס השחקן של לופס לראסינג קלוב. לופס החל לשחק בליגה ב-20 בספטמבר1992 אך כבש את שערו הראשון רק במהלך טורניר הקיץ (Torneos de Verano) המתקיים בחודש ינואר כהכנה לקבוצות הליגה. שערו הראשון בליגה היה במחזור האחרון של טורניר הקלאוסורה לשנת 1993, טורניר בו שיחק במרבית משחקי הקבוצה. לופס היה משחקניה הבכירים של ראסינג.
ב-1996 נרכש כרטיס השחקן של לופס על ידי ולנסיה הספרדית תמורת 4 מיליון דולר. תחילה התקשה לופס לתפוס מקום בהרכב שכלל בין היתר את אריאל אורטגה ורומאריו אך במהרה הפך לופס לאחד משחקניה החשובים של הקבוצה.
לופס שיחק במשך 5 עונות במדי ולנסיה במהלכן היה מהגורמים העיקריים לעליית הקבוצה לגמר ליגת האלופות בה הפסידה לבסוף לריאל מדריד. במשחקי הקבוצה מול ברצלונה גילה יכולת מצוינת וכבש מספר שערים חשובים.
הוא נודע בזכות מהירותו המסחררת והיכולת הטכנית הגבוהה וזכה לכינוי "פיוחו" - הכינה. לופס שיחק בעיקר באגף מצד שמאל.
בשנת 2000 נמכר כרטיס השחקן של לופס ללאציו תמורת 35 מיליון דולר ושיחק בה במשך 4 עונות. במהלך תקופתו סבל לופס מפציעות חוזרות, הוא אמנם גילה יכולת טובה אך לא הצליח לשחזר את יכולתו מימי ולנסיה.
ב-2004 נרכש כרטיס השחקן של לופס על ידי קבוצת קלוב אמריקה, מהעשירות והחזקות מבין הקבוצות המקסיקניות. הוא הפך מיד לאליל האוהדים ושיחק בשורות הקבוצה עד שנת 2006 אז החליט לחזור לראסינג קלוב במטרה לעזור לה לזכות באליפות. לופס קיווה שחזרתו תיצור אפקט דומה לזה שיצר חזרתו של חואן סבסטיאן ורון אך ראסינג סיימה במרכז הטבלה.