יהודים התיישבו בעיר בשלהי המאה ה-17. המידע על מתיישבים ראשונים אלו הוא מועט ומעריכים כי היו אלו רופאים צבאיים ופקידים שהגיעו לאזור הספר של ממלכת הבסבורג. בתקופה זו הוקם בית עלמין לקהילה וב-1834 נחנך בית תפילה. בראשית המאה ה-20 כיהן כרב הקהילה ד"ר יוליוס גולדשטיין. ב-1914 מנתה הקהילה 148 נפשות. בשנה זו נחנך מבנה בית הכנסת המרכזי של הקהילה.[2][3]
בני הקהילה היו סוחריטקסטיל, עורות ויינות וכן נמנו סוחרים זעירים במוצרי סדקית. בשנות העשרים של המאה ה-20 הוקמה אגודת נוער ציונית בשם "ירדן".
מספר מועט של משפחות שהתגוררו בכפרי הסביבה כגון נובסקה(אנ'), פופובאצ'ה(אנ') וצ'אזמה(אנ') השתייכו לקהילה זו.[2] גם יהודי הכפר ווֹלוֹדֶר(אנ') השתייכו לקהילת קוטינה. הקהילה נוסדה במחצית השנייה של המאה ה-18 ובהמשך הוקם בית עלמין יהודי. ב-1873 פסק השימוש בבית העלמין ולא ניתן עוד לאתר את שרידיו.[4]
ב-1926 הגיעה קהילת קוטינה לשיא גודלה ומנתה 200 נפשות. בפרוץ מלחמת העולם השנייה התגוררו בקוטינה 130 יהודים. לאחר כיבוש יוגוסלביה על ידי גרמניה הנאצית ומסירת האזור לחזקת ממשלת הבובות של האוסטאשה, הוחל ברדיפות יהודים. בני הקהילה גורשו למחנות ההשמדה ורובם המוחלט נרצחו. ב-1947 התגוררו בקוטינה 3 יהודים.[5]
ב-1947הופקע מבנה בית הכנסת על ידי השלטונות היוגוסלביים. ב-1969 נהרס המבנה, ועל השטח הוקם מרכז מסחרי. שרידי בית העלמין נותרו בפאתי העיירה. נכון ל-2006 היה בית העלמין לא מתוחזק, ושכן באזור בעל צמחייה עבותה. במקום אותרו כ-80 מצבות אשר הקדומות שבהן תוארכו למאה ה-17. הכיתוב על המצבות היה בגרמנית, בעברית ובסרבו-קרואטית. נגרמו בו נזקים רבים, ורבות מהמצבות הושחתו או נבזזו לשימוש משני.[6][5][7]