המתיישבים הספרדים ישבו תחילה הם ישבו על גדול נהר חקגואס, ולאחר מכן עברו לנהר פורטוגס. ב-1670 כבר נבנתה קפלה באזור. ב-17 בספטמבר1692 נתן קרלוס השני, מלך ספרד את ה"הרשאה המלכותית" שהגדילה את מעמדה של הקפלה לקהילה, ולמעשה הכרה בהתיישבות הקטנה ככפר קטן. מאמינים שלחואן פונסה דה ליאון אי לואייסה, נינו של חואן פונסה דה ליאון, הייתה השפעה חשובה על קבלת ההרשאה. על כן העיר נקראת על שמו.
עד תחילת המאה ה-19 פונסה נותרה כפר כמו הרבה מאוד אחרים בפוארטו ריקו, כשתושביו שורדים מחקלאות בסיסית, גידול בקר והברחה ימית. אך באותה תקופה קרו שלושה אירועים ששינו את פני העיר באופן משמעותי. ראשית, צרפתים רבים נמלטו לאחר מרד העבדים בהאיטי והגיעו לפוארטו ריקו. הצרפתים נמשכו לאזור בגלל הקרקעות השטוחות הרבות, ועם ההון והעבדים שהביאו אתם הצליחו לפתח מאוד את גידול קנה הסוכר באזור. שנית, בעלי אדמות וסוחרים היגרו מכמה ממדינות אמריקה הלטינית. אנשים אלו חיפשו תנאים טובים יותר לאחר שהמדינות מהם באו סבלו מהידרדרות כלכלית ופיצול חברתי עקב מלחמות העצמאות שלהן בעשורים הראשונים של המאה ה-19. שלישית, ב-1815 הוצא צו מלכותי שעודד ספרדים וגם אירופאים אחרים ממדינות ידידותיות לספרד להתיישב בפוארטו ריקו וקובה, בתנאי שהפרוטסטנטים בהם יסכימו להפוך לקתולים ולעבוד בחקלאות. מתיישבים רבים באו עקב כך, וגם אופי אנשי האזור השתנה עקב כך. הכפר גדל עד שב-1877 קיבל מעמד עיר.
עד סוף המאה העיר הפכה למרכז הכלכלי של האי, ואפילו היה לה מטבע משלה. בעת הפלישה האמריקנית לפוארטו ריקו כחלק ממלחמת ארצות הברית–ספרד ב-1898 העיר הייתה בעלת האוכלוסייה הגדולה ביותר באי, והיו בה 22,000 תושבים. העיר הייתה מטרה אסטרטגית חשובה לאמריקאים, בין היתר משום שהיא הייתה מקושרת בקווי טלגרף למקומות אחרים, כך שהיה קשר ישיר מהפיקוד בוושינגטון די. סי. לכוחות בפוארטו ריקו. העיר נכבשה ב-27 ביולי באותה שנה לאחר התנגדות ספרדית קלה.
לאחר המלחמה האמריקאים בחרו לרכז את השלטון המקומי בסן חואן, תוך כדי הזנחת דרום האי ויצירת קיפאון כלכלי בפונסה. המצב הוחמר עוד יותר בגלל מספר סיבות: ראשית, כעבור שנה סופת הוריקן החריבה את האזור. שנית, הוקמו בתי חרושת לסוכר במקומות אחרים באי ועקב כך פחתה החקלאות באזור העיר, וכמו כן עקב המלחמה אבדו השווקים בקובה ובספרד, אשר בעיקר אליהם יוצאה סחורה. עקב כך, במהלך תחילת המאה ה-20 היה ניסיון להחזיר את הפעילות הכלכלית לעיר אשר במהלכו הוקמו בה מספר תעשיות.
ב-21 במרץ1937 התקיימה בעיר צעדה שקטה שהידרדרה לכדי טבח כשהמושל פקד לירות בהם. כ-19 אנשים נהרגו ולמעלה מ-200 נפצעו קשה.
העיר הסתמכה בעיקר על גידול קנה סוכר. אולם, בשנות ה-50 של המאה ה-20 הכלכלה פנתה גם לכיוונים אחרים וקיום מתבססת על תעשייה, קמעונאות ותיירות. בנוסף בשנים האחרונות נמל העיר עובר עבודות שדרוג, מה שצפוי לתרום מאוד לכלכלת העיר.
הודות לחשיבותה ההיסטורית, בפונסה יש לא מעט מקומות המושכים תיירים. בהתאם לכך נמצאים בעיר מלונות רבים, גם כאלו של חברות בינלאומיות. בעיר גם קיימים מוזיאונים רבים. אחד מסימני העיר הוא קרוסטה דל ויחיה, מגדל בגובה 30 מטרים המשקיף על העיר.
חינוך
בעיר פועלות מספר אוניברסיטאות ומכללות בהם קמפוס של האוניברסיטה הקריבית של פוארטו ריקו, האוניברסיטה הבין-אמריקאית של פוארטו ריקו והאוניברסיטה האפיפיורית הקתולית של פוארטו ריקו.
תחבורה
הודות לחשיבותה הכלכלית, העיר הפכה למרכז תחבורתי באי.
נמל התעופה מרסדיטה נמצא במרחק של כ-5 קילומטרים ממזרח למרכז העיר והוא משרת את פונסה.
