משמש מרצה בדרגת פרופסור חבר קליני בפקולטה לרפואה על שם עזריאלי של אוניברסיטת בר-אילן. קודם לכן, שימש מרצה בכיר בחוג לרפואה צבאית במסלול "צמרת", המכשיר רופאים צבאיים, באוניברסיטה העברית בירושלים וכן בפקולטה למדעי הרווחה והבריאות בבית הספר לבריאות הציבור באוניברסיטת חיפה. זרקא הוא מחברם של עשרות מאמרים בתחום הרפואה ושל הספר "Complicated War Trauma and Care of the Wounded" יחד עם ד"ר אלכסנדר לרנר, שיצא לאור בהוצאת שפרינגר[2].
במבצע צוק איתן בתפקידו כמפקד המשר"פ עסק במענה הרפואי לחיילי צה"ל באזור המבצע, טיפול בפצועים המאושפזים בבתי החולים במסגרות "ר"מ 2" וכן הקמת בית חולים הצבאי במעבר ארז לסיוע לתושבי רצועת עזה. בדצמבר 2014, פרש משירות הקבע בצה"ל לאחר שנבחר למנהל בית החולים רבקה זיו בצפת. כניסתו לתפקיד זה לוותה בתביעה משפטית מצד הרופאים שהתמודדו מולו על התפקיד והפסידו במכרז. בתביעה נטען כי לא הייתה לנציב שירות המדינה סמכות לאשר לפרופ' זרקא הרשמה מאוחרת למכרז עקב השתתפותו במבצע "צוק איתן". התביעה התבררה בבית הדין לעבודה אשר החליט על קיום מכרז חוזר בו שוב נבחר פרופ' זרקא לתפקיד מנהל המרכז הרפואי זיו[3].
זרקא נבחר להשיא משואה ביום העצמאות ה-71 בשל פעילותו המייצגת את מחויבותה של מדינת ישראל לערכי היסוד של כבוד האדם וקדושת החיים ואת מסירותם יוצאת הדופן של אנשי הצוות הרפואי בבתי-החולים הציבוריים בישראל[4].
ב-8 ביולי 2020 מונה זרקא על ידי מנכ"ל משרד הבריאות הפרופ' חזי לוי לחבר ועדה מקצועית מייעצת למיגור ומניעת התפשטות מגפת הקורונה במגזר הערבי[5]. בכתב המינוי ציין פרופ' לוי שעל הוועדה לייעץ ולהציע לו פתרונות בהתאם לנתונים ולמפת התפשטות מגפת הקורונה בחברה הערבית בישראל ולהכין ניירות עמדה ותוכנית פעולה לעבודה אל מול האוכלוסייה הערבית בתחומים הבאים: הסברה, קטיעת שרשרת ההדבקה, צרכים ייחודיים של החברה הערבית בכל הנוגע למגפת הקורונה ונושאים נוספים, ככל שיעלו[6]. בספטמבר 2020 מונה פרופ' זרקא לחבר בקבינט המומחים המייעץ לממונה על המאבק בנגיף הקורונה בישראל, פרופ' רוני גמזו.
ביולי 2021 החליט שר הבריאותניצן הורוביץ למנות את זרקא לפרויקטור הקורונה הלאומי במקום פרופ' נחמן אש, כאשר האחרון מונה למנכ"ל משרד הבריאות[7]. זרקא שב לנהל את המרכז הרפואי זיו בצפת במאי 2022 ומאז שימש בשני התפקידים במקביל.
.jpg)
