ארגון המחתרת ניל"י פעל ביישוב העברי בארץ ישראל בתקופת מלחמת העולם הראשונה. הארגון פעל במשך כשנתיים עד תפיסת חבריו על ידי העות'מאנים.

חשדות עות'מאניים בריגול כלפי יהודי היישוב החלו בשלב מוקדם של המלחמה. עוד בטרם הוקמה ניל"י, בינואר 1915, נאסרו 13 צעירים בני חדרה (ובהם אבשלום פיינברג) בטענה כי הם מעורבים בריגול. כל 'פשעם' היה שהם ישבו סביב מדורה בלילה בחוף הים - מעשה שפורש על ידי הטורקים כניסיון איתות לספינות בריטיות בים. הם שוחררו לבסוף, עקב התערבות מקרית של קצין טורקי בכיר, בזכות קשריו של אהרון אהרונסון.

בשעה שפעלה כבר הרשת, עברו שמועות בין אנשי היישוב היהודי על רשת ריגול. חלקן אף ירדו לפרטים: "נודע לי" - כתב צבי נדב, מראשי ארגון "השומר" - "שקיימת קבוצת מרגלים עבריים לטובת האנגלים ויוסף לישנסקי נמנה עליה, וקבוצה זו קשורה בבית אהרנסון ובאבשלום פיינברג... הכתה אותי בתימהון עוד יותר גדול העובדה, שהם עובדים לאור השמש ללא שמירה אלמנטארית של חוקי הקונספירציה. היו מראים באצבע: 'פלוני הוא בן חבורתם!...' סופר, שיוסף לישנסקי בא בימים אלה ממצרים והביא דרישת שלום ומתנה לאשה אחת נודעת" [ההדגשה במקור].

גם יוסף לישנסקי עצמו ציין זאת באחד ממכתביו לאהרן: "יהודינו פטפטו כל כך הרבה, עד שיש להתפלא איך הממשלה לא הרגישה בנו". לא מן הנמנע ששמץ מאותן שמועות הגיע לאוזניהם של הטורקים, אך לא היה להם מידע מדויק.

נוסף על כל זאת, הבריטים לא השקיעו מאמץ במידור הסוכנים זה מזה. כך, סוכנים ערבים שפעלו עבור הבריטים ידעו באופן מעורפל על קיום רשת ריגול יהודית באזור עתלית, וכשנתפסו על ידי העות'מאנים, דיווחו על כך בחקירתם. גם זה עורר חשדות, אך עדיין לא היה בכך מספיק כדי לעצור את הרשת.

במשך חודשי הפעילות הראשונים התקיים הקשר על ידי אונייה בלבד. קשר זה היה מוגבל: האונייה הייתה מבקרת בחופי עתלית רק בלילות חשוכי ירח, כלומר פעם בחודש, לערך. ידיעות דחופות לא היו יכולות לעבור בדרך זו, ודבר זה היווה חיסרון משמעותי.

כמה דרכים לקשר חלופי נבחנו, ובהן העברת כבל ימי, קשר אלחוט ונחיתת מטוסים. ההחלטה שהתקבלה הייתה להשתמש ביוני דואר. יונים אומנו לצורך המשימה, ולבסוף הובאו לתחנת הניסיונות בעתלית, אשר שימשה בסיס לפעילות ניל"י. ביוני הדואר נעשה שימוש מתחילת יולי 1917. לקראת תחילת חודש ספטמבר שלחה שרה אהרנסון שני זוגות יונים למצרים, וביקשה שהמנגם, אוניית הקשר, תגיע אל מול חופי עתלית ב-10 בספטמבר. היו ידיעות מעורפלות על מתקפה צפויה של הטורקים בחזית עזה, אותן ביקשו חברי ניל"י להעביר. יונים אלו לא הגיעו ליעדן, אולי עקב שימוש לא נכון של חברי ניל"י ביונים או בשל כישלון האימונים שעברו במצרים. אחת מן היונים נחתה בין יוניו של מוד'יר בקיסריה. ב-4 בספטמבר הוא הבחין ביונה הזרה ובפתק שהיה קשור לרגלה. הפתק היה מוצפן והוא לא הצליח לקרוא אותו. במהרה נפוצו שמועות ביישוב על תפיסתה של היונה, ויוסף לישנסקי ידע על כך כבר בליל אותו יום. איש ניל"י, מנשה ברונשטיין, נשלח מיד לתחנה בעתלית, שחט את כל היונים שהיו שם וקבר את בשרן באדמה. יוסף לישנסקי הגיע לתחנה בעתלית והשמיד או גנז מסמכים שחשש שייתפסו.

תפיסת היונה לא גרמה לתפיסת ניל"י באופן מיידי. הטורקים לא הצליחו לפענח את הצופן (אף שהיה פשוט לפיצוח), וכשלו בניסיונם לשכנע את יהודי הארץ לעזור להם, בפיענוח או בהלשנה. הם הציגו את היונה במלון 'גרף' בזכרון יעקב כאמצעי לחץ על האוכלוסייה, אך איש לא פצה את פיו. לאחר מכן לקחו את היונה והעבירוה לחיפה ומשם - לקושטא. עם כל זאת, בשלב זה ידעו הטורקים בוודאות שמתבצע ריגול מתוך הארץ.

תפיסת היונה גרמה לסערת רוחות אצל ראשי ניל"י. יוסף לישנסקי חשב שצריך להמשיך את העבודה בכל מחיר. לעומתו, היו שסברו אחרת. לדעתם, היה צורך בהפסקת הפעילות לזמן מה עד שירגעו הרוחות. ההכרעה נפלה לטובת דעתו של יוסף, והפעילות נמשכה.

ב-9 בספטמבר, או בעשרה בו, יצא למצרים נעמן בלקינד, מאנשי ניל"י הבולטים, על מנת לחפש את אבשלום פיינברג. בלקינד לא ידע על מותו של אבשלום, מעטים ידעו על כך אז: שרה ואהרן אהרנסון, ליובה שניאורסון ויוסף לישנסקי. אפילו משפחתו של אבשלום לא ידעה. לאמו ולסביבתו הקרובה סיפרו כי הוא נסע ללונדון לקבל הכשרה כטייס בצבא הבריטי. ברם, העובדה שלא התקבלו ממנו מכתבים הייתה מחשידה מאוד. פיינברג נהג לכתוב מכתבים רבים, ושתיקתו הייתה מוזרה. היו חשדות כי הוא מת, אך לא היו ראיות מוצקות לכך. נעמן בלקינד, בן דודו של אבשלום וידיד נעוריו, החליט לצאת למצרים לברר את הדבר בעצמו. להחלטה קדמו ויכוחים עם יוסף ושרה, שלא שיתפו את בלקינד בידוע להם. בלקינד ביקש מהם לצאת למצרים ב'מנגם', אך הם סירבו. הוא איים כי יצא לבדו למצרים, אך הם לא האמינו כי יממש את איומו.

בלקינד בחר ללכת בדרך היבשה, וב-13 בספטמבר נתפס, כנראה, על ידי קבוצת שודדים בדואים, אשר הסגירה אותו לידי העות'מאנים. בלקינד הובל לבאר שבע, ושם טען לחפותו. העובדה שבכליו נמצאו רשימות בעלות אופי צבאי מובהק הייתה בעוכריו. הטורקים לא קיבלו את טענותיו שהלך לקנות שעורה או לראות את פרדותיו שנמצאו בשירות הצבא הטורקי. הם החליטו לתלות אותו כעבור שלושה ימי חקירה, אך בעצת קצינים גרמנים שינו את החלטתם והמשיכו בחקירות כדי למצוא שותפים למעשה הריגול.

הבשורה על לכידתו של נעמן הגיעה לזכרון יעקב ארבעה ימים לאחר תפיסתו, ב-17 בספטמבר. אנשי הרשת חששו מאוד, וניסו למצוא דרכים לפתור את הבעיה: הראשונה, לשחרר את בלקינד במבצע צבאי: שישה צעירים חברי ניל"י ייכנסו חמושים, לבושים כשוטרים טורקיים, לכלאו בבאר שבע וייקחו אותו לחופשי. בעת הצורך, כך תוכנן, ייכנסו אנשי ניל"י עם הטורקים בקרב. הצעה זו נדחתה בגלל הסכנה שבה. ההצעה השנייה הייתה לפנות את כל שאר אנשי ניל"י ב'מנגם' למצרים. הצעה זו יושמה באופן חלקי: ב-25 בספטמבר פונו אשתו ובנו של שמואל אהרנסון - אחיהם של שרה ואהרן - שהיה מפעילי ניל"י, למצרים באונייה. פינוי מלא לא התבצע מחשש לעורר תשומת לב טורקית, שתגרום לפגיעה בנשארים בארץ. פינוי שנעשה קודם לכן למרגלים ערבים ומשפחותיהם בחופי צור גרר עונשים כבדים לאנשי העיר, ובניל"י חששו מגורל דומה לאנשי היישוב שלא היו קשורים לריגול. בשלב זה עדיין לא היה ברור כי לכידת בלקינד תפיל את שאר חברי הרשת, והוחלט לפנות את האנשים בהדרגה, כך שהפינוי לא ימשוך תשומת לב. ההרגשה בעקבות ההחלטה לדחות את מועד הפינוי הייתה קשה, ושרה אהרנסון כתבה על כך: "אפשר מאוד שזו טעות מצדנו ושנאחר את המועד לברוח, אבל אנו מסכנים את עצמנו עד הרגע האחרון". שרה עצמה תכננה לעלות על המנגם ב-27 בספטמבר, אך היא חיכתה לשווא: המנגם לא הגיעה.

ההצעה שנתקבלה לבסוף הייתה להמשיך בעבודה בתקווה שבלקינד יחזיק מעמד ולא יחשוף את חבריו, ובתוך כך לנסות לשחררו על ידי בקשיש. בתחנה בעתלית לא היה כסף רב באותו זמן, ובניל"י העריכו הבקשיש הדרוש ב-3000 לירות טורקיות. הם דרשו מהאנשים במצרים שישלחו הרבה כסף ובדחיפות, אך אלה התקשו לאספו במהירות כה רבה. על כן, נכשל גם הניסיון לשחרר את נעמן בלקינד על ידי בקשיש.

בינתיים, גילו העות'מאנים את סודותיו של בלקינד. לא ברור איך בדיוק. מאוחר יותר הוא העיד שהוא סיפר להם שהוא מבקר באזור כדי לבקר שייך בדואי מסוים. הם שחררו אותו ועקבו אחריו, בעוד הוא ממשיך אל השייך. השייך, על פי פקודות הטורקים, שיכר (ואולי אף סימם) את נעמן, ומשך מפיו את סודותיו בדרך זו. הוא סיפר שמות אנשים והתרברב במעשיו. כך, נחשפה ניל"י לגמרי.

בערבו של אחד באוקטובר, מוצאי חג ראשון של סוכות התרע"ח, הקיפה פלוגת חיילים עות'מאנית את זכרון יעקב מכל עבריה. על הגעת החיילים הטורקים נודע קודם לכן לאחר שדוד דוידסקו פעיל ניל"י והמוכתר של המושבה עתלית נחקר על ידי המושל הטורקי ומכך הבין שעלו על הרשת, הוא מיהר להגיע לחווה בעתלית והודיע לשרה אהרונסון שיצאה מיד לביתה בזכרון יעקב. הוחלט כי יוסף לישנסקי, מנשה ברונשטיין ויצחק הלפרין יברחו, ואילו שרה תישאר במקום. ייתכן כי חשבה להקריב עצמה כדי להניח את דעתם של הטורקים, וכך לתת לשאר הרשת לפעול.

כשנודע לה על בואם של הטורקים, הפקידה אלף לירות טורקיות מכספי התחנה בידי דוד שטרנברג, קרוב משפחתה שלא היה פעיל ניל"י, ועברה בביתה והחביאה פרטים וחפצים מפלילים; זה לא עזר לה: הטורקים ידעו את מי הם מחפשים, ופנו מיד אל בית אהרנסון. ארבע נשים יהודיות סייעו להם באיתור בתי שאר אנשי ניל"י. הם עצרו את שרה, אפרים וצבי אהרנסון, בני משפחת לישנסקי (פרט ליוסף), ופעילי ניל"י אחרים: טובה גלברג, ניסן רוטמן, יהודה זלדין ועוד. העות'מאנים לקחו עמם את שרה, צבי (אחיה) ופישל (אביה) אל המפקדה הטורקית הקרובה. הם עינו את פישל וצבי אהרנסון בפאלקות (הלקאות על כפות הרגליים והידיים), בדרישה לגלות את מקומם של יוסף לישנסקי וראובן שוורץ - בן דודה של שרה וחבר ניל"י, שחשבו אותו בטעות לאחד הבכירים ברשת - והכריחו את שרה להביט בעינויים. היא טענה שאביה ואחיה לא היו שותפים לריגול. את מקומם של המתחבאים לא גילו. הטורקים עינו גם בני משפחה של ראובן שוורץ. לפנות בוקר, בתום העינויים, שוחררו האנשים לבתיהם, כאשר חיילים עות'מאנים הוצבו בפתחי הבתים.

בינתיים, התחבאו שאר חברי ניל"י במקומות שונים: יוסף לישנסקי, מנשה ברונשטיין ויצחק הלפרין ברחו לגבעות שליד זכרון יעקב, ומשם השקיפו על הנעשה. ראובן שוורץ התחבא בביתו של ידיד משפחתו, ערבי שגר באזור זכרון יעקב. דוד סוקולוביץ', שחי באזור עפולה, שמע על המעצרים והחקירות בזכרון יעקב והסגיר את עצמו לצבא הטורקי בתור עריק (פָרר). הוא הועסק בעבודות כפייה, מבלי שידעו הטורקים כי ריגל נגדם בעבר.

בלילה, החליט מנשה ברונשטיין לחזור לביתו; הוא חשש מהתעללות במשפחתו. בחסות החשיכה חדר לזיכרון ונכנס לביתו דרך החלון האחורי. הוא העמיד פני חולה, וגם הוא נאסר.

יצחק הלפרין, שבו לא חשדו הטורקים בשלב זה, חזר בשעות הבוקר המוקדמות לבית אהרנסון ושוחח עם שרה. היא הורתה לו לחזור ולמסור ללישנסקי כיכר לחם והנחיה לברוח. הוא חזר ללישנסקי ללא הפרעה, הודיע לו על כך וחזר למושבה.

בבוקר המחרת חודשו העינויים. אביו וחותנו של ראובן שוורץ הולקו ברחובה הראשי של זכרון יעקב. ראובן שוורץ הסגיר עצמו לאחר ששמע על כך מפי מסתירו.

באמצע היום השני לעינויים הועברו העצורים לבית משפחת ריבקינר, ששימש לפני כן כמשרד וספרייה עבור אהרן אהרנסון.

הפעם עונתה גם שרה אהרנסון. העינויים כללו הצלפות, מכות, צביטות במלקחיים, הנחת ביצים רותחות תחת בית השחי ובין הברכיים ועוד. בין עינוי לעינוי היו קושרים את שרה לידית הדלת, כדי שלא תוכל לנוח בישיבה על הרצפה. היא הייתה נאנחת וצועקת מכאב על מכותיה ומקללת את הטורקים ביידיש, ערבית וצרפתית, אך לא גילתה דבר על שאר אנשי ניל"י ולקחה על עצמה את האחריות לכל פעולות הריגול. כשהציעו לה הטורקים מים לשתייה, סירבה לקבל מידם. רבקה לישנסקי, אשתו של יוסף, נכחה במקום עם שני ילדיה. היא אמרה לטוביה, בנה הקטן, שיגיש את המים בעצמו לשרה, והיא קיבלה אותם מידו.

מיזמי קרן ויקימדיה
טקסט בוויקיטקסט: מכתבה האחרון של שרה אהרנסון

שלושה ימים נמשכו העינויים. במהלך שלושת הימים הוכנסו רבים מעצורי זיכרון לבית ריבקינר ועונו שם. בסופם של שלושת הימים הוחלט להעביר את העצורים לנצרת. במשך פרק זמן זה, הצליחה שרה אהרנסון לכתוב מכתב (כנראה בבית השימוש) להעביר אותו לידיו של דוד שטרנברג. במכתב השאירה הוראות לדוד שטרנברג מה לעשות בכסף שקיבל, וקראה לנקמה.

גם ראובן שוורץ הצליח להגניב החוצה פתקה, בה ביקש כי שם ילדו (שברית המילה שלו הייתה אז) יהיה עשהאל.

ב-5 באוקטובר 1917, בטרם היציאה לנצרת, ביקשה שרה ללכת לביתה, להתקלח ולהחליף בגדים. הטורקים הסכימו. שרה הובלה לביתה זקופה וגאה, והותירה רושם רב על רואיה. מפקד משטרה טורקי שצפה בה, אמר לאחר מכן ש"החל להאמין במלכות ישראל" כיוון ש"שרה פסעה כמו מלכה". בביתה נכנסה לחדר האמבטיה, הפעילה את ברז המים וירתה לתוך פיה מאקדחה. החיילים הטורקים ששמרו על הבית הזעיקו רופא לקול הירי. הרופא שבא היה ד"ר הלל יפה. את הנעשה תיאר ביומנו: "את שרה מצאתי מוטלת בלי הכרה על הרצפה בחדר הרחצה, ולידה מוטל אקדח קטן... הכרתה שבה אליה לאחר זריקה... היא התחננה והתיפחה: 'בשם אלוהים! גמור נא עם כל זה! אני מבקשת ממך להמיתני!... לא אוכל לחיות ולסבול, לא אוכל...". שרה אהרנסון שותקה מן הירי, אך לא מתה. ארבעה ימים גססה, ובבוקר 9 באוקטובר נפטרה. כבקשה אחרונה ביקשה שאביה ישוחרר - אך הטורקים לא כיבדו בקשה זו. את גופתה עטפו ברשתות הגנה מפני יתושים (לא נמצא בד מתאים בשלב זה של המלחמה).

מזכרון יעקב הועברו תשעה עצורים לבית כלא בנצרת ב-5 באוקטובר. יחד עמם נלקחו עוד 15 אנשים מזכרון יעקב, שאותם איימו הטורקים להעניש אם לא יוסגר לישנסקי. כמו כן, בוצע גל מעצרים נוסף ברחבי הארץ, ואנשי ניל"י (וגם אנשים שנחשבו בטעות לאנשי ניל"י) נוספים הושלכו לבית כלא זה. חסן בק חקר ועינה את העצורים, בניסיון לגלות כמה שיותר פרטים על ניל"י ועל מיקומו הנוכחי של לישנסקי - שלא היה ידוע לאיש מן הנחקרים באותה שעה.

ראובן שוורץ נחשב בעיני הטורקים לבכיר ברשת. הוא עונה מדי לילה, עד 23 באוקטובר. על פי עדות אחד האסירים, ב-23 באוקטובר העירו החיילים הטורקים את האסירים, וראובן שוורץ היה תלוי על משקוף החלון בחדר. ייתכן שאיבד עצמו לדעת, אך אפשר גם שמת בתוך העינויים, ותלייתו בוימה. הוא נקבר בבית הקברות של עפולה, ועצמותיו הועברו משם מאוחר יותר (ב-1925) לזכרון יעקב.

אפרים אהרנסון (האב) בן ה-68 עונה עד כדי גסיסה, ושוחרר. הוא אושפז בבית חולים ואחר כך השתחרר לביתו.

בינתיים הפעילו הטורקים לחץ כבד גם על כלל תושבי זכרון יעקב, לגלות את מקום מחבואו של יוסף לישנסקי. מושל האזור הטורקי נאם לפני כלל התושבים ואיים עליהם בטבח והרס המושבה. נערך גם טקס בבית הכנסת, בו הוציאו את ספרי התורה מארון הקודש, הדליקו נרות ונשבעו בנוכחות קהל רב להסגיר את יוסף לישנסקי לכשיוודע היכן הוא.

לישנסקי נמלט כשברשותו אקדח ו-80 לירות זהב. זמן מה הסתתר ביערות שליד זכרון יעקב. לאחר מכן הגיע לכרכור, והסתתר שם עד ה-2 באוקטובר. נוכחותו במקום יצרה חששות ותחושת אי נוחות בקרב חברי קבוצת כרכור.

ב-2 באוקטובר הגיעה לכרכור עגלה, בה היו כמה מחברי השומר (צבי נדב, שמואל הפטר, לאה צ'ק ופנחס ריקליס), אשר הובילה נשק וזהב של ארגון השומר מפתח תקווה לגליל. מקורו של הזהב היה במצרים, משם הועבר על ידי ניל"י, ובארגון השומר הוחלט להחרימו לאחר שנחשפה ניל"י. כיוון שחששו להחזיק את הזהב האסור בפתח תקווה, העבירו אותו לגליל, לשם רכישת נשק. בדרך עברה העגלה בכרכור. על פי גרסה אחת, יצא לישנסקי עצמו אל העגלה וביקש שיצילו אותו; על פי עדויות אחרות, פנה אחד מאנשי קבוצת כרכור לנוסעי העגלה וביקש מהם לקחת עמם את לישנסקי. כך או כך, הועבר יוסף לישנסקי לעגלה, והובל לתל עדש. מתיחות נוצרה מיד בין לישנסקי לנוסעים בעגלה: אנשי השומר ולישנסקי היו יריבים ותיקים: בעבר ניסה להתקבל לארגון השומר, אך נדחה, והקים ארגון מקביל (אך לא מתחרה) בשם המגן.

נוכחותו של לישנסקי עוררה אי נוחות גם בתל עדש. חברי ועד השומר התכנסו, ב-4 באוקטובר, לישיבה דחופה ביבנאל, ובה דנו מה עליהם לעשות בלישנסקי. היו שתמכו בהסגרתו חי לעות'מאנים, מחשש שיתפס כשהוא בידיהם והם ייענשו קשות; חלק מהמשתתפים דרשו להוציא להורג את לישנסקי ולתת את גופתו לטורקים, כדי להימנע ממצב בו יספר לישנסקי לטורקים דברים מפלילים על אנשי השומר, יריביו הוותיקים. האפשרות השלישית שהוצעה הייתה להסתירו עד שיגיעו כוחות הצבא הבריטי לאזור או עד שיתאפשר להבריחו מן הארץ. בסופו של דבר הוחלט להסתיר את לישנסקי, והוא הועבר לחמארה, להמשך השמירה עליו. הוא שוחח עם אנשי השומר ששמרו עליו. הם ניסו לרמוז לו שעליו להתאבד, אך הוא בחר שלא לעשות זאת. מאוחר יותר תיאר כי נלקח ממנו שעון הזהב שהיה ברשותו, והוא אולץ לספר למחזיקיו את מקומו של מטמון זהב שהיה שייך לניל"י. כמו כן, סיפר להם שחלון הצריף בכרמו של פישל אהרנסון נשאר, בשוגג, פתוח; דבר זה היה סימן לאונייה הבריטית כי לא נשקפת סכנה לאנשיה וניל"י עדיין פועלת. אחד מאנשי השומר נשלח כדי לסגור את החלון. השמועה אמרה שנשלח לקחת את מטמון הזהב שנותר.

בינתיים, נמשכו החיפושים אחרי לישנסקי. בחיפושים אלו נמצאו עריקים יהודים רבים מן הצבא הטורקי, שהסתתרו במשך רוב שנות המלחמה במקומות מסתור שונים. לישנסקי עצמו כמעט ונתפס כמה פעמים. בשלב זה, באו נציגי זכרון-יעקב ודרשו מאנשי השומר את הסגרתו של לישנסקי לידיהם. אמנם, אנשי השומר התחמקו בתואנה שלישנסקי ברח מידיהם, אך העובדה שנודע שהוא בידיהם, והחיפושים הנרחבים, העלו ביתר שאת את החשש בקרב אנשי השומר, כי לישנסקי ימצא בידיהם והם יתנו על כך את הדין. כמה ימים אחרי ההחלטה להסתירו, החליט יוסף נחמני לכנס דיון נוסף בעניין בביתו. בדיון הוחלט להוציא את לישנסקי להורג. הפקודה להורגו נמסרה לשומריו, ובמקביל הודיע נציג "השומר" למפקד משטרת טבריה (העות'מאני) שלישנסקי בידיהם, וכדאי לו לבוא ולקחת את גופתו, על מנת לזכות בפרס שהוצע על ראשו (100 לי"ת). הקצין שלח ארבעה מפקודיו לקחת את גופתו.

בינתיים, שני שומריו של לישנסקי סיפרו לו כי הוחלט להעבירו ללבנון ולהסתירו שם. על פי עדותו, נלקח בלילה לאתר ליד מטולה, ושם נאמר לו לחכות לבואה של עגלה אשר תיקח אותו ללבנון. בזמן שחיכה נורה מאחור בידי אחד ממלוויו, ונפל. היורים חשבו כי מת, והלכו. לישנסקי, שנפצע בכתפו, חבש את עצמו ונע לכיוון מטולה. כשהגיעו הטורקים למקום המוסכם לא מצאו איש. במטולה התגוררה משפחת דודו (שאצלה התגורר בימי ילדותו ונעוריו), והוא נכנס לביתה דרך החלון. בבית לנו באותה עת שני אנשי "השומר", שחיכו לבואו. הם לא התעוררו בבואו, והוא נמלט משם לביתו של מכרו שם קיבל חצי כיכר לחם ומעט מים, והמשיך בדרכו.

בשלב זה החליט יוסף לישנסקי לברוח דרומה, ולנסות לחצות את קו החזית. הוא נדד ברחבי הארץ, והסתתר במקומות שונים. ב-17 באוקטובר הגיע לפתח תקווה, וביקש מקלט בביתה של מרים פסקל, אשתו של פרץ פסקל, מידידיו של אהרן אהרנסון שחי במצרים. בתחילה רצתה האישה לגרשו, אך אחת מבנותיה איימה ללכת עמו אם יגורש, והאם חזרה בה (מאוחר יותר סיפרה, כי קנתה רעל כדי להמית עצמה אם ימצא לישנסקי). הם הסתירו אותו באורווה ובבית אריזה סמוכים, ולבסוף שלחו אותו לדרכו מחשש לחייהם, כשהוא מצויד בכסף. בלילה שבין 19 ל-20 באוקטובר 1917 יצא לישנסקי, מאופר ולבוש כבדואי, בדרכו אל קווי האנגלים. באותו יום נתפס על ידי ערבים כשניסה לגנוב גמל. הוא הובל לרמלה ומשם לירושלים. עשרה ימים נחקר בירושלים ומשם הועבר ברכבת לכלא בדמשק.

לכלא "חאן איל-באשה" שבדמשק הגיעו, במהלך הזמן, אנשים רבים שנעצרו בעקבות פרשת הריגול. רק מיעוטם היו אנשי ניל"י; היו שם גם אנשי ארגון "השומר", שהגיעו לכלא, כנראה, בעקבות הלשנות של יוסף לישנסקי עליהם (לבד משניים, סעדיה פז ושמואל הפטר, שהסגירו עצמם לטורקים בזמן החיפושים אחרי לישנסקי). גם עסקנים עבריים מן היישוב נעצרו והושמו בכלא בדמשק. ביניהם היו אברהם שפירא, שבתי לוי, משה שלוש ועוד. נוסף על כל אלה, היו בכלא מספר אנשים שנחשדו לשווא בקשרים עם ניל"י או "השומר". עוד ישבו בכלא בדמשק עשרות רבות של עריקים מהצבא הטורקי שנתפסו בעקבות גל החיפושים אחרי לישנסקי ואנשי ניל"י.

החקירות בדמשק בוצעו, כאשר עניין הריגול היה ידוע באופן מפורט למדי לטורקים. נעמן בלקינד גילה פרטים רבים בהיותו בנגב, ויוסף לישנסקי הוסיף עליהם. מנגד, תהליך העברת הכספים לארץ לא היה ברור לטורקים, והם ביקשו לדעת פרטים נוספים. על אף הבטחות לחנינה, סירב לישנסקי לספר, והציל בכך את עסקני היישוב שהיו מעורבים בעניין (ובהם מאיר דיזנגוף). על הלשנותיו של לישנסקי על אנשי "השומר" אין הוכחות ישירות. עדות אחת מפיו הביא ד"ר משה ניימן: "על האגודה ("השומר") בכלל אמר, שהיא אגודה סודית ומסוכנת למולדת. לכל חבר ישנו תפקיד מיוחד, ואיש אינו יודע מתפקיד חברו. מתכוננים להתקוממות ולמטרה זו מוכנים אצלם הרבה נשק וחמרי שרפה". עדות סותרת מסר איתן בלקינד, ששמע מפיו של לישנסקי ש"הוא לא הלשין על איש בחקירות... אפילו לא על אנשי 'השומר'. מתוך רצון לנקום בהם אמר רק שהוא עצמו השתייך לאגודת 'השומר'".

אישים ומפלגות מהיישוב נחלצו לסייע לכלואים. מאיר דיזנגוף, אברהם בריל וחיים מרגליות קלווריסקי, זומנו בראשית נובמבר 1917 למשרדו של אחמד ג'מאל פאשה בדמשק, ושם הואשמו בחוסר נאמנות לטורקים. לאחר מכן נשארו בדמשק ופעלו למען הכלואים, כאשר האמצעי העיקרי היה שוחד ובקשישים לאנשי ממשל ולסוהרים טורקים.

משפטיהם של הכלואים התנהלו במהלך שהותם בכלא. בין השופטים פוזר שוחד ביד נדיבה, עד כדי כך שלא כולם נשפטו: עריקים רבים פשוט גויסו לצבא לאחר פרק זמן בכלא. חלק מהאסירים שוחררו ללא משפט. השאר נידונו למאסר לפרקי זמן שונים (בין חודשים אחדים לשלוש שנים). דינם של ארבעה אנשים היה שונה: יוסף לישנסקי, נעמן בלקינד ואבשלום פיינברג (אשר דבר מותו בראשית 1917 לא היה ידוע לטורקים, והם דנו אותו שלא בפניו) נידונו למוות. איתן בלקינד ניצל מגזר דין מוות ברור למדי, עקב גילו הצעיר. השאלה בעניינו נשלחה לקושטא, אך התעכבה שם, ועד שחזרה התשובה החלה בריחה כוללת של הצבא הטורקי, ודינו של איתן בלקינד לא נחרץ למוות. באוקטובר 1918 הועבר צפונה, יחד עם אסירים נוספים, באנדרלמוסיה שנוצרה הצליחו להשתחרר ולהגיע לשטח כיבוש בריטי.

יוסף לישנסקי ביקש להימלט מכלאו על ידי שוחד, שאותו ביקש להשיג מידי מאיר דיזנגוף, שסייע, כאמור, למרבית האסירים בכלא. אף על פי שדיזנגוף קיבל כסף רב מניל"י, ועל אף העובדה שלישנסקי הציל את דיזנגוף בשתיקתו, התעלם דיזנגוף מבקשתו של לישנסקי לעזרה.

ימיהם האחרונים של לישנסקי ונעמן בלקינד עברו עליהם בדיכאון. בהזדמנות אחת ביקש לישנסקי מד"ר משה ניימן, אחד מאנשי ניל"י הכלואים שעימו היה מיודד, רעל, כדי להתאבד. ניימן לא מילא את בקשתו.

בלילה שבין ה-15 בדצמבר ל-16 בדצמבר, בשלוש לפנות בוקר, נלקחו יוסף לישנסקי ונעמן בלקינד מתאם אל הכיכר המרכזית בדמשק, אל עמודי התלייה. איתן בלקינד סיפר:

אף שהתאים היו נעולים והאסירים היו כלואים על מסגר, שררה התרגשות רבה בחאן. לפתע פרצה זעקתו של יוסף: 'שלום, יהודים! הנני הולך למות!'... נעמן כשל בהליכתו... בהיפרדם פנו אלי, ושניהם יחד קראו: 'ניל"י!', עניתי להם: 'נצח ישראל לא ישכחכם'. רק אז פרצתי בבכי.

בכיכר המרכזית נשא לישנסקי נאום אנטי-עות'מאני בערבית לאוזני קהל ערבי. דיבשה ארליך, עדת ראייה, מסרה את דבריו:

אין אנו בוגדים; לא בגדנו במולדת, שהרי בטרם הבגידה חייבת להיות אהבה. אנחנו מעולם לא אהבנו את מולדת ה"פאלאקה" וה"בקשישים"... שנאנו אותה תכלית שנאה... אנחנו, חברי ניל"י, בראשותו של היהודי הגדול (הכוונה לאהרון אהרנסון), חפרנו לך קבר גדול, עות'מאניה הבזויה!.. בשעה שאתם עוסקים בתלייתנו, נכנסים צבאות בריטניה הגדולה לעיר הקדושה שלנו, לירושלים, וצבאותיכם נסים מן העיר ללא קרב (הבריטים כבשו את ירושלים ימים אחדים קודם לכן, ב-9 בדצמבר).

כשתורגם נאומו לטורקית, הבין התליין את רוח הדברים וציווה להפסיק לתרגם. בלקינד ולישנסקי שוחחו לפני מותם עם שליחו של החכם-באשי של דמשק, שהיה מורה לעברית בבית ספר אליאנס.

לאחר מכן נתלו יוסף לישנסקי ונעמן בלקינד. גופותיהם הורדו מהחבל בשעה תשע בבוקר, והועברו לקברם.

שאר האסירים שהיו בכלא השתחררו לאחר פרקי זמן. המגויסים בכפייה השתחררו מצבא העות'מאני לאחר כניסת כוחות צבאות ההסכמה לקושטא. כמה אסירים ברחו תוך כדי ההמולה שהייתה בזמן הנסיגה הטורקית. ביניהם היה רנה מזי"א, איש ניל"י. במסעו לארץ חצה את נהר הליטני והצטנן מאוד. הוא חלה, וכעבור כמה חודשים מת.