קודם לזה ארגון שנעשה לצי המלכותי בשנת 1864 שימש נס כחול כדגלם של אחת משלוש השייטות של הצי המלכותי. "השייטת הכחולה" שסיירה באוקיינוס השקט ובאוקיינוס ההודי. כיום נס כחול (בלא סמל עליו) עדיין משמש דגלם של חיל המילואים של הצי המלכותי הבריטי.
בעוד שנס אדום שימש לכלי שיט מסחריים בריטיים, נס כחול שימש לכלי שיט צבאיים, אולם הותרו שני יוצאים מן הכלל:
אוניות סוחר בריטיות אשר רוב המלחים ואנשי הצוות שלהם היו בעברם אנשי הצי המלכותי, והם שרתו בחיל המילואים של הצי הבריטי. האישור להניף את נס הצי הכחול על כלי שיט מסחריים הופסק בשנות מלחמת העולם הראשונה ומלחמת העולם השנייה.
כלי שיט שהיו בבעלות מועדוני יאכטות בריטיים אשר נחשבו מועדוני יאכטות "מלכותיים".