כיום במסילה עובר קו רכבת נוסעים, רכבות משא הנעות בין דרום ישראל ונמל חיפה וגם רכבת משא היוצאת פעם ביום מתחנת הרכבת בני ברק ומפנה זבל של גוש דן אל אזור הטמנה בדרום הארץ.
מקור השם
המסילה נקראת על שם נחל הירקון שהמסילה לכל אורכה עוברת בסמוך אליו ואף חוצה אותו פעמיים.
היסטוריה
מהקמתה ועד שנות ה-90 של המאה ה-20
בשנת 1921 נבנתה שלוחת רכבת מתחנת הרכבת ראש העין דרום לתחנת הרכבת הישנה פתח תקווה לשם הובלת פרי הדר מפרדסי האזור לנמלי יפו (דרך לוד) וחיפה (דרך חדרה). שלוחה זו הסתעפה מתחנת ראש העין לכיוון צפון והתעקלה מערבה. כתוצאה מכך, רכבות מפתח תקווה לכיוון צפון היו צריכות לבצע חיוג בתחנת ראש העין. שלוחה קצרה הסתעפה מהמסילה צפונה, באזור הכפר אל-מיר[2].
עם קום המדינה הוחלט על חיבור צפון תל אביב לרשת המסילות וכפתרון מהיר, הוארכה שלוחה זו עד לבני ברק שם הוקמה תחנה שנקראה תל אביב צפון. ב-20 בספטמבר1949 נחנך קו הרכבת חיפה - תל אביב. מכיוון שלא היה חיבור מסילתי ממסילת הירקון למסילה המזרחית לכיוון צפון, הרכבות בקו זה היו נוסעות עד תחנת הרכבת ראש העין דרום ושם מחליפות את כיוון נסיעתן לכיוון חדרה וחיפה. כתוצאה מהארכת המסילה, תחנת הרכבת הישנה פתח תקווה, שהייתה תחנת הקצה של המסילה, נשארה בקצה של שלוחה מחוץ לקו החדש ושירות הנוסעים אליה הופסק, אך המסילה והתחנה המשיכו לשמש רכבות משא.
עם הקמת מסילת החוף בתחילת שנות ה-50, הוארכה מסילת הירקון לכיוון מערב עד לצומת תל ברוך שם התחברו שתי המסילות במשולש מסילות, ובזאת הושלם תוואי מסילת הירקון כפי שהוא כיום (אך עם מסילה בודדת ולא מסילה כפולה כפי שהוא היום).
בשנת 1987, קודמה תוכנית לחידוש תחנת הרכבת של פתח תקווה, במסגרת תוכנית להקמת קו שירות של רכבת פרוורית לתל אביב. התחנה החדשה תוכננה להבנות מעט מזרחה מהתחנה הישנה על תוואי חדש, בצמוד לתחנה המרכזית של פתח תקווה[4]. תוכנית זו בוטלה אחר כך.
בשנות ה-2000
בשנת 1999 החל שדרוג המסילה על מנת לחדש את הפעלת רכבות הנוסעים עליה. השדרוג כלל את הקמתה מחדש של הקשת המסילתית לכיוון תל אביב, את בנייתה מחדש של תחנת הרכבת בני ברק (ושינוי שמה מ"תחנת הרכבת תל אביב צפון"), את הקמת תחנת הרכבת פתח תקווה סגולה ואת ניתוק שתי השלוחות שנכנסו אל תוך פתח תקווה.
בשנת 2003 קו הנוסעים הוארך אל הוד השרון (דרך מסילת השרון), לשם כך נסללה קשת מסילתית נוספת המחברת את מסילת הירקון אל המסילה המזרחית לכיוון צפון תוך יצירת משולש מסילות נוסף, ונבנתה תחנת הרכבת ראש העין צפון על המסילה המזרחית במקום התחנה הקודמת שהקו המוארך לא עבר דרכה יותר[6].
ב-2006 הקו הוארך אל כפר סבא, ב-2018 אל רעננה ובעתיד ייחנך קו רכבת טבעתי העובר הן במסילת הירקון והן במסילת השרון.