לאחר פרישתו פנה אפולוני לקריירת אימון, שהתרכזה בליגות המשנה באיטליה. אפולוני אף אימן כעונה וחצי את גוריצה הסלובנית, עמה זכה בגביע הסלובני.
קריירת משחק
אפולוני החל את הקריירה בקבוצת הנוער של לודיגיאני. הוא הצטרף לקבוצה הבוגרת בליגה הרביעית בעונת 1983/1984, אך משלא שותף במדיה במשחק רשמי, עבר עונה לאחר מכן לפיסטוייזה. בעונת הבכורה שלו במועדון שותף בשני משחקי ליגה בלבד, בעוד קבוצתו נשרה בתום העונה לליגה הרביעית. בעונת 1985/1986 הצליח להשתלב בהרכב הפותח של הקבוצה עם 33 הופעות ליגה, ובתום אותה עונה עבר לרג'אנה מהסרייה ג'. גם במדיה של רג'אנה היה אפולוני לשחקן הרכב, שותף ב-32 מתוך 34 משחקי הליגה של המועדון, עמו סיים במקום השלישי בטבלה, מרחק מקום בודד מעליית ליגה.
לקראת עונת 1987/1988 חתם אפולוני בפארמה, שהייתה לתחנה הארוכה והמשמעותית ביותר בקריירת המשחק שלו. אפולוני השתלב מיידית במרכז ההגנה של הקבוצה בסרייה ב', והיה לשחקן הרכב קבוע בקבוצה. לקראת עונת 1989/1990, ולאחר שתי עונות בהן התקשתה הקבוצה להתמודד בצמרת, הגיע לקבוצה המאמן נביו סקלה. אפולוני שמר על מעמדו גם תחת המאמן החדש, וכבר בעונה הראשונה תחת סקלה עלתה פארמה לסרייה א'.
על אף שהייתה עולה חדשה, הצליחה פארמה של סקלה להשתלב במהרה בחלק העליון של הטבלה, ובעונת 1991/1992 זכתה בקופה איטליה, תואר ראשון לאפולוני בקריירה. בגמר הגביע פגשה פארמה את יובנטוס למפגש גמר כפול, בו פתח אפולוני בצמד המשחקים. פארמה נכנעה 1-0 במפגש הראשון בחוץ, אך ניצחה 2-0 בגומלין בדרך לזכייה בתואר. בזכות הגביע, השתתפה פארמה עונה לאחר מכן בגביע אירופה למחזיקות גביע. פארמה רשמה קמפיין מוצלח בו העפילה לגמר הטורניר מול אנטוורפן. אפולוני פתח בהרכב קבוצתו לגמר, בו ניצחה פארמה 3-1 בדרך לזכייה ראשונה בתולדותיה בתואר אירופי. ההצלחה של פארמה המשיכה גם בעונת 1993/1994, שנפתחה בזכייה בסופר קאפ האירופי עם ניצחון על מילאן, והסתיימה בהעפלה שנייה ברציפות לגמר גביע אירופה למחזיקות, שם עם אפולוני בהרכב נוצחה פארמה 1-0 על ידי ארסנל. סקלה הביא את פארמה לשיא נוסף, זכייה בגביע אופ"א בעונת 1994/1995, לאחר ניצחון בגמר כפול על יובנטוס.
בעונת 1996/1997 הגיע לקבוצה המאמן קרלו אנצ'לוטי. בשלביה המוקדמים של אותה העונה נפצע אפולוני והחמיץ את רוב שלביה של העונה, בה סיימה פארמה כסגנית האלופה. מאז ועד לסיום דרכו בקבוצה, התקשה אפולוני לכבוש מחדש את המקום בהרכב, ובסך הכול צבר 24 הופעות ליגה לאורך שלוש עונות. סיבה נוספת לאובדן המקום בהרכב היה שינוי השיטה למערך עם שני בלמים, בעוד סקלה נהג לשחק עם שלושה בלמים בהרכב.
אפולוני הוסיף למאזן הזכיות שלו את הזכייה בגביע אופ"א ובגביע האיטלקי בעונת 1998/1999, תחת המאמן אלברטו מלזאני, על אף שלא שותף במשחקי הגמר של מפעלים אלו. הייתה זו עונתו ה-12 והאחרונה בפארמה, בה רשם 304 הופעות ליגה בהן כבש שמונה שערים.
לקראת עונת 1999/2000 הושאל אפולוני להלאס ורונה מהסרייה א'. אפולוני חזר להיות שחקן הרכב בוורונה, עם שני שערי ליגה ב-28 הופעות. בתום עונת ההשאלה עבר אפולוני לוורונה, וב-2001, בתום עונה נוספת, פרש ממשחק פעיל בגיל 34.
על אף שערך הופעה אחת בלבד כחודש לפני הטורניר, זומן אפולוני על ידי סאקי לסגל איטליה לקראת מונדיאל 1994 בארצות הברית. אפולוני לא שותף בהפסדה של איטליה 1-0 לאירלנד במשחק הראשון בטורניר. במשחק השני, בו גברה איטליה 1-0 על נורווגיה, עלה מהספסל בדקה ה-49 במקום הקפטןפרנקו בארזי, ובמשחק הבא בו נפרדה איטליה בשוויון 1-1 מול מקסיקו, פתח אפולוני בהרכב ושיחק תשעים דקות. בשלבי ההכרעה של הטורניר נותר אפולוני על הספסל, ולא שותף בשלבי השמינית, הרבע וחצי הגמר. אפולוני לא נכלל בהרכב גם למשחק הגמר מול ברזיל, אך כבר לאחר 35 דקות עלה מהספסל והחליף את רוברטו מוסי שנפצע. אפולוני סייע לאיטליה לשמור על רשת נקייה עד לתום ההארכה, אך בסיום נוצחה איטליה בדו-קרב בעיטות עונשין.
אפולוני נותר שחקן משלים גם בהלך מוקדמות יורו 1996, בו ערך שתי הופעות בלבד בהרכב, ואחת נוספת כמחליף. עם זאת, הוא זומן על ידי סאקי לסגל איטליה פעם נוספת, לקראת יורו 1996 באנגליה. אפולוני פתח במשחק הראשון של איטליה, בו גברה 2-1 על רוסיה. הוא פתח גם מול צ'כיה במשחק השני, אך הורחק בכרטיס אדום לאחר עבירה על פאבל קוקה לאחר פחות מחצי שעת משחק, ואיטליה נוצחה 2-1 בסיום. בשל ההשעייה, החמיץ אפולוני את המשחק מולו גרמניה, בו נפרדו השתיים בשוויון 0-0. איטליה סיימה את הבית במקום השלישי בלבד, והודחה מהמשך הטורניר.
לאחר טורניר היורו, רשם אפולוני הופעה אחת נוספת, ב-6 בנובמבר1996, כשעלה מהספסל בהפסד החוץ של איטליה 2-1 לבוסניה והרצגובינה במשחק ידידות. בסך הכול ערך אפולוני 15 הופעות במדי איטליה, בהן כבש שער אחד.
קריירת אימון
עם פרישתו ממשחק שב אפולוני לפארמה, בא נשא תפקידים מקצועיים וניהוליים שונים עד לשנת 2006.
לקראת עונת 2006/2007 מונה אפולוני לתפקיד עוזר המאמן של מודנה מהסרייה ב', תחת המאמן דניאלה זוראטו, חברו לשעבר בפארמה. בפברואר 2007 פוטרו השניים מתפקידם, אך שבו למועדון באפריל 2008, בשלהי העונה הבאה, כדי להציל אותה שוב מירידת ליגה.
אפולוני וזוראטו פתחו יחד את עונת 2008/2009, אך בעקבות התוצאות המאכזבות פוטר זוראטו מתפקידו כבר בחודש ינואר, ואפולוני נבחרת להוביל את הקבוצה כמאמן זמני. אפולוני הוביל את מודנה עד לתום העונה, אותה סיימה בהישארות בליגה במחזור הנעילה. בשל כך הפך מינויו של אפולוני לקבוע, ובעונת 2009/2010, עונתו הראשונה כמאמן קבוע, הוביל את מודנה לעונה במרכז הטבלה, וזאת על אף הקשיים הכלכליים בהם היה המועדון שרוי.
לקראת עונת 2010/2011 מונה אפולוני לתפקיד מאמן גרוסטו מליגת המשנה. כבר בחודש ספטמבר פוטר אפולוני מתפקידו, לאחר שקבוצתו השכילה לצבור חמש נקודות בלבד בשישה מחזורים.
אפולוני שב למגרשים רק כשנה וחצי אחר כך, באפריל 2012, כשהתמנה לתפקיד מאמן גוביו מליגת המשנה. אפולוני היה המאמן הרביעי של הקבוצה באותה העונה, הוביל אותה לשישה הפסדים וניצחון בודד בתשעה משחקים כמאמן הקבוצה, והקבוצה נשרה לליגה השלישית, מה שהוביל לסיום דרכו של אפולוני בקבוצה. לאחר שפתח את עונת 2012/2013 ללא קבוצה, התמנה לקראת סוף דצמבר 2012 לתפקיד מאמן רג'אנה מהסרייה ג'. אפולוני לא הצליח לשפר את מיקומה של הקבוצה בתחתית, וכשלושה חודשים לאחר מינויו סיים את דרכו בקבוצה.
בזכות שיתוף הפעולה בין פארמה לגוריצה הסלובנית, התמנה אפולוני לתפקיד מאמן הקבוצה לקראת עונת 2013/2014. בעונתו הראשונה בקריירה מחוץ לאיטליה, הוביל אפולוני את גוריצה למקום הרביעי בליגת העל הסלובנית, ולזכייה בגביע הסלובני לאחר ניצחון 2-0 על מריבור בגמר. אפולוני פתח עם הקבוצה גם את העונה הבאה, אך הדחה מהירה מהליגה האירופית על ידי מולדה ופתיחה חלשה בליגה הובילו לסיום דרכו של המאמן כבר באוקטובר.
אפולוני שב לאיטליה ולקראת עונת 2015/2016 התמנה לתפקיד מאמן לנטיגיונה, אלא ששבועיים אחר כך עזב את תפקידו ונענה להצעתה של פארמה ונשיאה החדש נביו סקלה, שהיה מאמנו של אפולוני בתקופתו כשחקן פארמה. אפולוני הוביל את פראמה לעונה נטולת הפסדים בליגה הרביעית באיטליה, ולהעפלה לליגה השלישית. פתיחת העונה של פארמה בליגה השלישית הייתה חלשה, וב-22 בנובמבר2016 פוטר אפולוני מתפקידו בעקבות התבוסה 4-1 לפדובה שהותירה את הקבוצה במקום השביעי.
