פורטוגל כוננה יחסים דיפלומטיים עם סלובקיה ב-2 בינואר1993, לאחר פירוק צ'כוסלובקיה, וב-22 בספטמבר1994 הוסמך שגריר פורטוגל בווינה, אוסטריה גם עבור סלובקיה. ב-15 במאי1999 נכנס לתוקפו הסכם הגנה וקידום השקעות הדדי. ב-12 במאי 1999 חתמו שתי המדינות על הסכם לשיתוף פעולה הגנתי בברטיסלבה, ואחריו הסכם דו-צדדי על שיתוף פעולה כלכלי, תעשייתי וטכנולוגי בליסבון ב-9 בפברואר2001. ב-5 ביוני 2001 חתמו שתי המדינות בברטיסלבה על הסכם תעופה, הימנעות מכפל מס ומניעת התחמקות ממס. ב-17 בפברואר2003, פורטוגל וסלובקיה הסכימו לחזק את שיתוף הפעולה במדע וטכנולוגיה בליסבון, וב-1 ביולי 2003 הן חתמו על הסכם שיתוף פעולה בתחומי החינוך, המדע והטכנולוגיה, הנוער, הספורט והתקשורת.
בשנת 2004 סלובקיה הצטרפה לאיחוד האירופי, בו פורטוגל חברה מאז 1986. באותה שנה סלובקיה גם הפכה לחברה בנאט"ו, שפורטוגל הייתה אחת מהמדינות המייסדות בשנת 1949. בשנת 2005 פתחה פורטוגל שגרירות משלה בברטיסלבה, וסלובקיה פתחה גם שגרירות משלה בליסבון.
במהלך צעדי הצנע הנרחבים לאחר משבר האירו משנת 2010, סגרה פורטוגל את נציגותה בברטיסלבה שוב בדצמבר 2013, ולאחריה הייתה סלובקיה שוב חלק מהמחוז המנהלי של שגרירות פורטוגל באוסטריה עד ששגרירות פורטוגל בברטיסלבה נפתחה מחדש באוקטובר 2015.
יחסים כלכליים
היקף הסחר הדו-צדדי בין פורטוגל לסלובקיה הסתכם בשנת 2016 ב-490.6 מיליון אירו, עם עודף סחר של 75.9 מיליון אירו לטובת פורטוגל. בשנת 2016 סחרו 1,041 חברות פורטוגזיות עם סלובקיה.
בשנת 2016 ייבאה סלובקיה סחורות ושירותים בשווי 283.3 מיליון אירו מפורטוגל. חלק הסחורות הסתכם ב-225.9 מיליון אירו, מתוכם 28.0% מכונות ומכשירים, 14.8% כלי רכב וחלקי רכב, 11.1% פלסטיק וגומי, 7.9% מוצרי טקסטיל ו-6.1% עורות. ההבדל בין חלק הסחורות לבין סך כל התוצאות נובע מחלק השירותים, שמורכב בעיקר מהוצאות תיירים סלובקיים בפורטוגל.
באותה תקופה, פורטוגל ייבאה סחורות ושירותים מסלובקיה בשווי 207.3 מיליון אירו, מתוכם 205.2 מיליון אירו סחורות. 40.3% מהסחורות היו כלי רכב וחלקי רכב, 26.2% מכונות והתקנים, 8.8% מוצרי מתכת, 8.6% עורות, ו-6.4% פלסטיק וגומי.
