ברנדס מציע דרך חדשה בלימוד התלמוד. במאמרו "לקראת תוכנית חדשה בתלמוד ובתושב"ע"[2] ובפולמוס פומבי שלו עם הרב אהרן ליכטנשטיין, ראש ישיבת הר עציון[3], הציב את יסודות שיטתו, המציעה גישה ייחודית ללימוד גמרא. גישה שהיא בבחינת אלטרנטיבה ללימוד הישיבתי הקלאסי. גישה זו דוגלת בשילוב דרכי העיון והפרשנות המסורתית של ראשונים ואחרונים, עם מחקר מדעי וקריאה היסטורית חברתית ואישית-קיומית. אחד העקרונות הבולטים בשיטת הלימוד שלו הוא הלימוד הרציף של מסכת מתחילתה ועד סופה בקצב שהוא בין בקיאות ועיון. לתפיסתו, ללא היכרות עם המסכת כולה לא ניתן להבין את הרעיונות המרכזיים שבה, ויש חשש להיתפס לשאלות משפטיות צדדיות שאינן עניינה של המסכת. כפועל יוצא, הוא מציג באופן שיטתי ניתוח של סוגיות מרכזיות בכל מסכת. בדבריו קיימת מודעות לפערים בחברה, בתרבות ובדפוסי החיים מאז ימי המשנה והתלמוד ועד ימינו, ולהבדלים שבין התפוצות השונות שבהן חיו יהודים במשך כל הדורות שמאז ועד היום.
דוגמאות לדרך טיפולו בסוגיות תלמודיות ניתן לראות בסדרת ספריו 'מדע תורתך' על מסכתות שונות שיצאו בהוצאת המכון הישראלי לפרסומים תלמודיים ובשיעורים בעלי שם זהה באתרבית מורשה. מעבר לאלו, יש לברנדס משנה סדורה בנוגע ללימוד אגדות התלמוד, חשיבותן ומעמדן בהתוויית פסיקת ההלכה בשאלות מורכבות ועדינות. שיטה זו נפרשה בספרו 'אגדה למעשה' שיצא בסדרת אגדתא של בית מורשה. נקודה חשובה ומרכזית בהגותו של הרב ברנדס היא משמעותו הקיומית של הנלמד. אחרי דיון שיטתי בכלים אקדמיים ובכלים ישיבתייםמסורתיים, יצביע על חיבור תכניה המרכזיים ופרטיה המעשיים של הסוגיה לחיי הלומד בן זמננו ובכל הדורות.