כתוצאה מהסכם ריבנטרופ–מולוטוב, עברה ליטא לידי הרוסים. בייליס היה בן 13 בזמן שנכנס הצבא האדום לליטא, והשליט בה, החל מיוני 1940, משטר סובייטי נוקשה. כתוצאה מהמהפך השלטוני, משפחתו האמידה נאלצה לוותר על כל רכושה, והוריו נהיו עובדי מדינה. בתקופה זו נתקל יהודה לראשונה בחייו בגילויי אנטישמיות בוטים מצד הליטאים ואף במקרי רצח. האנטישמיות הליטאית תהפוך בשנים מאוחרות יותר כלי שרת של מדיניות "הפתרון הסופי לבעיה היהודית", בליטא, בדומה למה שיתרחש בכלל אירופה. מצד שני, הוא מתאר בספרו כי ילדותו המשיכה להיות באותה עת ילדות רגילה ומאושרת.
ניצול ומציל בשואת יהודי ליטא
ב-22 ביוני1941 כבשו הגרמנים את ליטא ומאז הותר דמם של היהודים. הגרמנים התחילו מיד בבידוד האוכלוסייה היהודית, כשהליטאים, כולל הפרטיזנים שיתפו עמם פעולה בתהליך כליאת היהודים בגטאות, בפעולות השיטור וכן במעשי הרצח בפורט התשיעי, של עשרות אלפים מיהודי העיר וקבורתם בקברי אחים.
בספר מתוארים צעדי ההשפלה, ההגבלות ופעולות הרג שעשו הן הגרמנים והן הליטאים בתקופת התחלת הכיבוש הגרמני. מתוארות הרציחות, בהתחלה של חולי הנפש, הנכים, החולים ואנשים משולי החברה, ולאחר מכן של קבוצות יהודים, הן בפורט השביעי והן בפורט התשיעי.
ב-11 ביולי 1941 התפרסם צו המורה לכל יהודי קובנה, כי עליהם לעבור לגטו שהוקם ברובע וילאמפולה (גטו קובנה שכונה "סלובודקה" ביידיש). בספר מתואר תהליך בחירתו של ד"ר אלחנן אלקס לתפקיד "ראש היהודים" ב"מועצת הזקנים" (אלטסטנראט), מתוארים חיי הנוער שהתרכזו סביב תנועות הנוער.
בספר מופיעה עדות ממקור ראשון על הסלקציה הגדולה ב-28 באוקטובר 1941, שכללה גם את יהודה ומשפחתו שהובלו באותו יום לבורות הירי של הפורט התשיעי. יהודה איבד שם את הוריו ועל אף שנורה והושלך לבור גם הוא, הצליח לחלץ את עצמו פצוע מתוך הבור. יהודה התגנב חזרה לגטו ולמד לשרוד, אולם מאחר שהיה לבדו וללא נותן חסות ברח, ומצא מחסה בבית איכרים בכפר סמוך בעזרתה של חסידת אומות העולם גניה פרמנסקאיטה (1927–1996).[1] בכפר הוא בנה לעצמו מסתור מאולתר מאחורי התנור שבמטבח.
במאי 1943 חזר לגטו, בעקבות געגועיו והקושי של המשפחה להסתירו, אולם הוא הצליח לצאת ולהיכנס לצורך מסחר בשוק השחור. תכונה זו משכה את תשומת לבם של אנשי המחתרת, והם השתמשו בו להצלת 22 תינוקות יהודים. בייליס מתאר בספרו כיצד, בסיועו של חסיד אומות העולם, הכומר יעקובאוסקאס סטניסלובס,[2] הצליח להבריח 22 תינוקות יהודים מהגטו למנזר בצד החופשי. על פעולה זו, קיבל יהודה שנים לאחר מכן את "עיטור ההצלה" מידיו של נשיא ליטא.
ספרו האוטוביוגרפי תורגם לליטאית, לאנגלית ולגרמנית. על בסיס הספר בעברית כתב בייליס ספר נוסף בליטאית המיועד לבני נוער ליטאים הרחוקים מיהדות ומהשואה, בו ההקדמה ההיסטורית ארוכה יותר, נוספו צילומי תעודות ומסמכים בליטאית והתווספו פרקים על יהדות. הוא ליווה משלחות נוער לפולין כאיש עדות והוזמן במשך שנים לליטא להופיע בפני תלמידים ולספר את סיפורו.
בייליס נפטר ב-28 בפברואר2022. הותיר אחריו שתי בנות, נכדים ונינים.