במפקד שנערך באריתריאה ב-1 בינואר1905, התגוררו 120 יהודים באריתריאה. 83 מתוכם במחוז שבירתו אסמרה, 27 במאסאווה, 7 התגוררו בעיר קרן ו-2 בעיר אסאב, בשנים שלאחר מכן סבלו היהודים שם מהתנכלויות ועלילות דם.[2]
בשנת 1906 הושלם בית הכנסת אסמרה באסמרה, הבירה. הוא כולל מקדש ראשי, שיכול להכיל עד 200 אנשים, כיתות לימוד, ובית קברות יהודי קטן.
סמוך לאחר הקמת מדינת ישראל, עלו יהודים אריתראים רבים לישראל, בעיקר במסגרת מבצע על כנפי נשרים. בשנות החמישים עדיין חיו 500 יהודים במדינה. החתונה היהודית האחרונה בבית הכנסת אסמרה נחגגה במהלך אותו עשור. בית הכנסת שימש גם יהודים שהגיעו מכל רחבי אפריקה כדי לקיים שם את הימים הנוראים.
בתחילת שנות ה-70 גברה ההגירה היהודית בגלל התגברות האלימות בין אריתריאה לאתיופיה, ומשום שההחונטה הצבאית האתיופית ששלטה גם באריתריאה, הנהיגה את מדיניות הסוציאליזם האתיופי שמטרתה הייתה להלאים את הרכוש הפרטי ולהנהיג משטר סוציאליסטי. בשנת 1975 פונו הרב הראשי וחלק גדול מהקהילה. יהודים אריתראים רבים על לישראל, ואילו אחרים נסעו לאירופה או לצפון אמריקה. עד אז נותרו רק 150 יהודים במדינה.[5]
אריתריאה רשמית קיבלה את עצמאותה בשנת 1993. באותה שנה הקימו אריתריאה וישראל יחסים דיפלומטיים מלאים. באותה תקופה נותרו רק קומץ יהודים באריתריאה. כולם, למעט אחד, נפטרו או היגרו.
כיום נותר באריתריאה רק יהודי יליד אחרון, סמי כהן, שמנהל עסק ייבוא וייצוא, ומבקר בקביעות בבית הכנסת אסמרה.[6][7] ישנם גם כמה יהודים שאינם ילידי אריתריאה המתגוררים באסמרה, חלקם ישראלים הקשורים לשגרירות ישראל באריתריאה.
היהדות אינה אחת מארבע הדתות המוכרות על ידי הממשלה האריתראית.
