לאחר קריירת הקולנוע עבר שילון בשנת 1989 לטלוויזיה, תחילה לתוכניתו הלילית של גבי גזית "סופ סופ" בערוץ הראשון, בה הציג קטעי פספוסים מתוך צילומים של תוכניות טלוויזיה מהארץ ומן העולם. במקביל הגיש פינה בתוכנית "רואים 6/6" בטלוויזיה החינוכית, שבה הציג קטעי וידאו ביתיים המכילים פספוסים. לאחר מכן הגיש עם אלי יצפאן את התוכנית "פספוסים פלוס" בשנת 1991. בשנת 1993, החל להנחות את תוכנית המתיחות "מועדים בשמחה" בערוץ הראשון אשר התמקדה במתיחות של ידוענים ישראלים שונים. בשנת 1994 עברה מועדים בשמחה לערוץ 2[7]. החל מ-1994 הנחה וביים במשך 14 שנה את תוכנית המתיחות הפופולרית "פספוסים" בשידורי רשת בערוץ 2, אשר הייתה המשך לקריירת בימוי סרטי המתיחות שלו.
בשנת 2003 שילון יצר וביים את תוכנית הטלוויזיה "המופע של סטיב"[8] אשר נוצרה בהשראת הסרט "המופע של טרומן" ומסגרתה אדם לוהק לכאורה לצוות השחקנים של טלנובלה ישראלית חדשה, אך בפועל היא חלק ממתיחה ממושכת שנמשכה חודש שלם.
בשנת 2015 יצר שילון את השעשועון "תראו מי שואל" בערוץ 10 אשר הונחה על ידי מולי שולמן.
עיסוקים נוספים
לצד הקריירה בטלוויזיה, עסק שילון בחידוני כפל לשון שנקראו "שילונדע", אותם פרסם בתחילה בתוכנית "הלילה" עם גבי גזית, ופרסם בהמשך מדי שבוע בעיתון "ידיעות אחרונות" ולאחר מכן בשבועון "פנאי פלוס". האיורים של שילונדע נוצרו על ידי המאייר שי צ'רקה.
חיים אישיים
בשנת 1972 התחתן עם זהבה, אשר עבדה שנים רבות כדיילת באל על ועבדה במשך כיו"ר סניף תל אביב-יפו של ארגון ויצו. בני הזוג התגוררו בתל אביב. לבני הזוג נולדו ארבעה ילדים: אייל, ירון, תמר ומיכל. לשלושה מילדיו היתה בהמשך קריירה בתעשיית הטלוויזיה בישראל - אייל היה עורך בתוכנית פספוסים, ירון הפך לבמאי טלוויזיה וקולנוע, ומיכל היא מפיקת פוסט ומפיקה בפועל בתוכניות טלוויזיה.
בעקבות נפילה בביתו בינואר 2022 יגאל נפגע פיזית והפך מרותק לכיסא גלגלים[11]. פצוע פיזית ומרותק לכיסא גלגלים. חייו לאחר הפציעה תועדו בסרט תיעודי "הפספוס של חיי" אשר שודר בקשת 12, אותו שילון ביים סרט יחד עם ארז טל[12]. באותה שנה שילון הנחה את התוכנית "חוזרים לפספוסים" אשר שודרה ברשת 13[13].