עלה לארץ ישראל ושימש כדיין בצפת, כרבה של טבריה, עבר לחברון בזמנו של הרב אברהם אזולאי ולבסוף התיישב בירושלים. היה ראש משלחת הרבנים שיצאה ב-1662 לתהות על טיבו של נתן העזתי ולפי דברי השבתאים, הוא זה שהביא לגירושו של שבתי צבי מארץ ישראל. נכדו ר' יעקב אבולעפיה היה רבה של טבריה לפני חורבנה, ונינו, ר' משה אבולעפיה, היה אביו של ר' חיים אבולעפיה (השני) מחדש היישוב היהודי בטבריה.
קבר רבי חיים אבולעפיה
ר' חיים אבולעפיה נפטר בשנת ת"ל (1670) ונטמן בחלקת הקברים הסמוכה לקבר זכריה שבבית הקברות הר הזיתים. בשנת 1960 חפרה במקום משלחת ארכאולוגיתירדנית-בריטית סביב קבר זכריה, וזו השליכה את כל הקברים והמצבות היהודיים, שגורלם לא נודע מאז. כעבור 50 שנה התגלתה מצבתו של ר' חיים אבולעפיה מוטלת בקרבת מקום, ובשיתוף פעולה של אתרא קדישא, החברה קדישא הספרדית ומרכז המידע של הר הזיתים, אותר מקומו המקורי של הקבר, והמצבה הושבה למקומה.