ב-1836 נשלח הובסון לאוסטרליה וב-5 באוגוסט אותה שנה הוא הגיע להובארט ו-18 ימים לאחר מכן לסידני. ב-18 בספטמבר יצאה הרטלסנייק למחוז פורט פיליפ (לימים מלבורן), כשעל סיפונה ויליאם לונסדייל ופקידים בכירים אחרים כדי להביאם למושבה החדשה. במהלך שלושת החודשים הבאים סקרו הובסון וקציניו ביסודיות את פורט פיליפ, החלק הצפוני של המפרץ שנקרא בהוראתו של מושל ניו סאות' ויילס, סר ריצ'רד בורק, בשם מפרץ הובסון, על שמו. ספינתו של הובסון הייתה מעורבת בייסודה של ויליאמסטאון. בשלב זה הוצעה להובסון משרה בצי של הודו הבריטית שהשכר עבורה היה 2,000 ליש"ט לשנה, אך הוא החל לחבב את אוסטרליה וראה עצמו כמועמד להיות המושל של פורט פיליפ, אף על פי שהשכר שיועד לתפקיד זה לא עמד על יותר מ-800 ליש"ט לשנה.
קריירה בניו זילנד
ב-26 במאי1837 הפליג הובסון למפרץ האיים (Bay of Islands), על פי בקשת העזרה של ג'יימס באזבי, שהיה הנציג הבריטי (British Resident) הראשון בניו זילנד ושחש מאוים בשל מלחמות בין שבטי המאורים. במשך שלושה חודשים בשנת 1837 התנהלה לחימה בין שני שבטים במושבה, עד שהושג שלום. בשובו לאנגליה ב-1838 העביר הובסון דוח על ניו זילנד שבו הוא הציע שבריטניה תקבל על עצמה את הריבונות על האיים במובלעות קטנות באופן דומה לזה שנעשה על ידי חברת מפרץ הדסון בקנדה.[1]
סגן המושל בניו זילנד
באותה תקופה הכירה ממשלת בריטניה בריבונותו של העם המאורי, כפי שנוסח ב"הצהרת העצמאות של ניו זילנד" באוקטובר 1835, שאותה יזם באזבי. ב-30 ביולי1839 מונה הובסון להיות סגן המושל (Lieutenant governor) בכפיפות למושל ניו סאות' ויילס, סר ג'ורג' גיפס וב-13 באוגוסט אותה שנה הוא מונה להיות הקונסול הבריטי בניו זילנד. ב-14 באוגוסט קיבל הובסון הנחיות מפורטות משר הפנים, הלורד נורמנבי.
ב-29 בינואר1840 הגיע הובסון למפרץ האיים בראש קבוצה של פקידים, כולל מועצה מנהלת שכללה את המזכיר הקולוניאלי, וילוובי שורטלנד, גזבר המושבה ג'ורג' קופר והתובע הכללי, פרנסיס פישר. המועצה המחוקקת כללה את האישים הללו וכן שלושה שופטי שלום.
עם הגעתו ניסח הובסון כמעט באופן מידי את הסכם ואיטנגי יחד עם מזכירו, ג'יימס פרימן ועם ג'יימס באזבי. לאחר שהשיג חתימות על ההסכם במפרץ האיים ב-6 בפברואר1840, הוא יצא למפרץ ואיטמטה כדי להשיג חתימות נוספות וכדי לתור אחר מיקום מתאים לבירת המושבה. לאחר שב-1 במרץ הוא לקה בשבץ מוחי, הוא נלקח למפרץ האיים, שם הוא החלים באופן מספיק כדי שיוכל לשוב לעבודתו.
ב-21 במאי 1840, לאחר שהוקמה רפובליקה על ידי המתיישבים של "חברת ניו זילנד" בפורט ניקולסון (לימים ולינגטון), שהקימו את העיר החדשה תחת הדגל של ניו זילנד העצמאית, תבע הובסון לריבונות בריטית על כל שטחי ניו זילנד, אף על פי שהחתימה על הסכם ואיטנגי לא הושלמה. ב-25 במאי הוא שלח את שורטלנד עם כמה חיילים לפורט ניקולסון והמועצה של המתיישבים פוזרה. מנהיגם, ויליאם וייקפילד, יצא מאוחר יותר למפרץ האיים כדי להישבע אמונים לכתר. הצעתו שפורט ניקולסון תהייה בירת המושבה נדחתה לטובת תוכניתו של הובסון להקמת עיר חדשה במפרץ ואיטמטה, שנקראה אוקלנד, על שמו של הלורד אוקלנד, שבינתיים היה למושל הכללי של הודו.
ב-11 ביולי 1840 הגיעה הפריגטה הצרפתית L'Aube למפרץ האיים בדרכה לחצי האי בנקס שבאי הדרומי, כחלק מתוכנית התיישבות של חברת נאנט-בורדו. הובסון שיגר מידית שני שופטי שלום לאזור כדי לתבוע את הריבונות הבריטית באזור.
לקראת סוף 1840 שלחו מתיישבי פורט ניקולסון עצומה למלכה ויקטוריה, בה הם קראו לפיטוריו של הובסון עקב יחסו אליהם. ב-26 במאי1841 הגיב הובסון במכתב למשרד החוץ.
באוגוסט 1841 יצא הובסון לוולינגטון, שם הוא שמע את תלונותיהם של התושבים. לאחר מכן הוא ביקר באקרואה כדי ליישב את התביעות הצרפתיות. בשובו לאוקלנד הוא נתקל בקשיים עם המאורים וממשלתו הושמה ללעג על ידי עיתונאים בוולינגטון ובאוקלנד. הוא הגיב בסגירתו של העיתון New Zealand Herald and Auckland Gazette. בשל קשיי מימון של ממשלתו, הוא נאלץ לחוקק חוקי מיסים אף שלא היה מוסמך לכך. הובסון נתקל בהתנגדות מצדם של רדיקלים ששלחו עצומה למשרד החוץ בה קראו לפיטוריו של הובסון. אחת מפעולותיו האחרונות כמושל הייתה למסד את "יום השנה של אוקלנד" (Auckland Anniversary Day), לציון הגעתו למפרץ האיים.
ב-10 בספטמבר1842 לקה ויליאם הובסון בשבץ שני ומת, עוד לפני שנקרא לעזוב את תפקידו. הוא נקבר בבית הקברות של רחוב סימונדס שבאוקלנד. על שמו נקרא הפרבר הובסונוויל שבעיר ואיטקרה שבאי הצפוני.
