הרפורמה בתחבורה הציבורית בגוש דן הידועה גם כארגון מחדש בקווי התחבורה הציבורית בגוש דן הוא כינוי לשינוי משמעותי אשר נעשה בקווי האוטובוס בתל אביב-יפו, רמת גן, גבעתיים, בני ברק, חולון ובת ים בשנת 2011 במטרה להפוך את מערכת התחבורה הציבורית למערכת מודרנית העונה לצרכים המשתנים של האוכלוסייה בגוש דן ועל מנת לעצור את הירידה המתמשכת במספר הנוסעים בתחבורה הציבורית.

הרפורמה נהגתה על ידי משרד התחבורה ותוכננה על ידי חברת חברת נתיבי איילון בעשור הראשון של המאה ה-21. עם זאת, ביצועה המעשי התעכב והחל רק באוגוסט 2010, כאשר השינוי המהותי ביותר התבצע ב-1 ביולי 2011 עם ביצוע הפעימה השנייה במסגרת הארגון מחדש של הקווים. במסגרת השינוי, בוטלו עשרות קווים, קווים אחרים שינו את מסלולם ונוספו קווים חדשים אחרים.

הרפורמה שזכתה להיות בראש החדשות הארציות, דבר שלרוב לא קורה כאשר מדובר בתחבורה ציבורית, ספגה ביקורת שהתמקדה בעיקר בהרעת נגישות לחלק מהשכונות, ובתגובה נערכו בה שינויים נוספים ב-5 באוגוסט 2011 וב-16 במרץ 2012. ביקורת נוספת היא שנעשה "משחק סכום אפס": דהיינו, בגלל שלא ניתן תקציב נוסף לאוטובוסים ונהגים נוספים, כדי להפעיל חלק מהקווים החדשים, נאלצו לבטל קווים קיימים. לאור הביקורת בוטלו השלבים הבאים אשר היו אמורים להתבצע במסגרתה, ולאורך העשור השני של המאה ה-21 נעשו מספר שינויים נוספים בקווים, כגון הוספת קווים חדשים אשר פיצו על ניתוקים שונים.

התחבורה הציבורית באזור תל אביב והסביבה החלה להתפתח בשנות העשרים והשלושים של המאה ה-20, עם הקמתם של הקואופרטיבים "המעביר" ו"גלי אביב" שהתאחדו בהדרגה עד שהפכו בשנת 1945 לקואופרטיב דן שפעל בתל אביב-יפו, רמת גן, גבעתיים, פתח תקווה ובקעת אונו. בנוסף הופעלו קווי קואופרטיב אגד עירוניים בין תל אביב לבת ים, וחולון. מצב זה של הפעלה על ידי שתי החברות נמשך עד קיץ 2003, אז הועברו קווים של בקעת אונו וקווים עירוניים בפתח תקווה (ב-2006) לחברת "קווים", אליהם הצטרפו "מטרופולין" ו"אפיקים" במהלך העשור השני של המאה ה-21.

במהלך העשורים מאז קום המדינה התפתחה התחבורה הציבורית בגוש דן. כך החל משנות השישים הופרה בהדרגה החלוקה האזורית בין אזורי ההפעלה של "דן" ו"אגד". תחילה עם חנוכת קו 18 של "דן" לבת ים והארכת קו 92 של אגד מחולון לתוך מרכז תל אביב ב-1967^[1] ולאחר מכן עם הארכת קווים של "דן" מיפו לבת ים כמו 25,40,42 במהלך שנות השבעים. קו 24 של "דן" הוארך לרמת השרון ב-1974^[2], וקווים 1 ו-2 של "דן" נכנסו לחולון בתחילת 1977^[3]. הפעלת קו 48 להרצליה וקו 43 מחולון ובת ים לתל השומר על ידי "דן" בסוף 1978 הביאה לתגובה אלימה מצד חברי אגד אשר ניסו לחסום את הצירים בהם עברו האוטובוסים כולל חיתוך צמיגים וריסוס שמשות^[4]. "דן" נכנסה לראשון לציון ב-1984 עם הארכת קו 19 לעיר ולרעננה ב-1988 עם חנוכת 47 החדש^[5] ולכפר סבא ב-1991 עם חנוכת קו 149. בנוסף, במהלך שנות השמונים נבנו מסופים חדשים המשמעותיים שבהם הם מסוף 2000, מסוף רידינג, ומסוף כרמלית, ותחנות הקצה ברחובות הערים הועברו למסופים אלה. בנוסף נפתחו במהלך השנים קווים נוספים על מנת לתת נגישות לשכונות החדשות שנבנו. כמו כן שודרג באופן משמעותי הציוד הנייד ואוטובוסים מפרקיים החלו להיות נפוצים משנות התשעים.

עם זאת, מערכת התחבורה הציבורית בגוש דן (בדומה למערכת התחבורה במרבית חלקי הארץ) סבלה מבעיות רבות. ראשית, לאורך עשורים לא נעשה תכנון מערכתי של התחבורה הציבורית במטרופולין תל אביב, והשינויים בתחבורה הציבורית נעשו בשיטה של "טלאי על טלאי". כלומר ברגע שנבנתה שכונה חדשה קו אוטובוס הוארך לאותה השכונה גם במחיר של הארכת מסלול הקו והפיכתו של הקו למפותל יותר. בנוסף, בעיה שרלוונטית בעיקר לקווים במעגל השלישי שלא הושפעו מהרפורמה שהאוטובוסים המשיכו להתרכז באותם הצירים שהיו קיימים בשנות החמישים, אף על פי שבמהלך השנים נבנו צירים מהירים ויעילים יותר. בכך נוצר מצב שבו צירים ותיקים כמו ציר ז'בוטינסקי זכו בשירות עודף, בעוד צירים אחרים כמו דרך השלום-אלוף שדה ושכונות חדשות זכו בשירות חסר או לא יעיל.

דוגמה קיצונית זה קו 83, המופעל על ידי "אגד", מדגימה את תחלואי המערכת הישנה. קו זה פעל עד שנות השבעים בין תחנה מרכזית ישנה בתל אביב לשכונת רמות ים בדרום בת ים. בשנות השמונים הוארך הקו לשכונת נווה חוף בראשון לציון. בשנות התשעים, כאשר נבנו שכונות מערב ראשון לציון, הקו הוארך לתחנה המרכזית הישנה של ראשון לציון, ומאוחר יותר לשיכון גורדון שבקצה המזרחי של העיר. עם סגירתה של התחנה המרכזית הישנה של תל אביב בשנת 2009 הוארך הקו עד מסוף 2000 בתל אביב. בכך הפך הקו לאחד הקווים העירוניים הארוכים בישראל, כאשר אורכו המצטבר של המסלול שלו הוא כ-29 ק"מ שלאורכו ממוקמות 79 תחנות^[6] מאז הקו קוצר לתחנה המרכזית החדשה של ראשון לציון.

בעיות אלה, כמו גם תהליכי הפרוור ותכנון מוטה הרכב הפרטי הביאו לירידה באטרקטיביות של השימוש בתחבורה הציבורית, והעדפת הרכב הפרטי שנחשב יעיל יותר למרות העלויות הגבוהות באחזקתו ובעיות חנייה וגודש התנועה המתגברים. כך בין השנים 1994 ל-2008 ירדה כמות הנוסעים בתחבורה הציבורית בגוש דן ב-25%^[7]. לאור הנתונים הללו, התגבשה בקרב מקבלי ההחלטות התובנה שיש צורך בשינוי המצב. על רקע זה הוחל בתכנון רפורמה מערכתית שתייעל את התחבורה הציבורית במטרופולין תל אביב.

ההחלטה העקרונית אודות הרפורמה התקבלה במשרד התחבורה כבר בשנת 2000. המשימה של תכנון הרפורמה הוטלה על מינהל התחבורה הציבורית בחברת נתיבי איילון. כחלק מתכנון הרפורמה התבצע בשנים 2002 ו-2003 סקר מקיף המתבסס על מדגם של 50% מכלל הנסיעות האוטובוס היומיות. במסגרת הסקר הועברו 300,000 שאלונים ונקבצו נתונים אודות מוצא ויעד הנוסעים, מספרי הנוסעים העולים ויורדים בתחנות, זמני הנסיעה, מעברים ואמצעי תשלום^[8]. לאחר מכן, עובדו הממצאים למספר חלופות אפשריות, ומתוכן נבחרה החלופה בעלת אחוז המעברים הפוטנציאלי הנמוך יותר. הממצאים המלאים והמקיפים פורסמו בדצמבר 2004^[9].

על סמך התוכנית המקורית יצאה לדרך באפריל 2006 הרפורמה בתחבורה הציבורית העירונית בפתח תקווה וראש העין. במסגרת הרפורמה החליפה חברת "קווים" את חברת "דן" כמפעילת הקווים הללו. עם זאת, שלא כמו ב-2003, שבה הוחלף המפעיל אך הוא ירש את המערכת כמו שהיא, ההחלפה לוותה בשינויים משמעותיים במסלולי הקווים. בקווים רבים אף שונה מספר קו למספר דו-ספרתי על מנת שהספרה הראשונה תייצג את היעד של הקו (למשל קווי דרום העיר מוספרו כ-2X, קווי עמישב והדר גנים כ-9X וכדומה). התוכנית הבטיחה הגברת תדירות, מסלולים מהירים ועדכניים יותר והורדת מחיר הנסיעה. ברם, למעט הורדת מחיר הנסיעה ביצוע שאר ההבטחות נשאר נושא שנוי במחלוקת. כניסת חברת "קווים" לוותה בחבלי לידה קשים, תוך שהופנו כלפיה תלונות רבות מצד התושבים על אי עמידה בלוחות הזמנים, איחורים וצפיפות קשה. תלמיד התיכון אלירן היקרי, אף ניסה לארגן באוקטובר 2006 חרם צרכנים נגד חברת "קווים", מהלך שזכה לחשיפה רבה, בין השאר בתקשורת הארצית^[10]. אף על פי שבהמשך עלתה אמינות השירות בעיר, ואף נעשו שיפורים כגון הארכת שעות פעילות, הגברת תדירות וקווים חדשים, הניסיון בפתח תקווה לא הוכתר בהצלחה.

הניסיון המר עם הרפורמה בפתח תקווה, יחד עם הבחירות המתקרבות לרשויות המקומיות ולכנסת דחו את יישום התוכנית. בינתיים התיישנו נתוני הסקר מהשנים 2002 ו-2003, ולכן נערך סקר עדכון בהיקף מצומצם יותר במהלך שנת 2008. רק לאחר הבחירות של 2009 וכינונה של הממשלה החדשה, ניתן אור ירוק לקדם את הרפורמה. במהלך השנים 2009 ו-2010 החל תהליך שיתוף ציבור על ידי חברת "נתיבי איילון" וחברת יחסי ציבור חיצונית שנשכרה לנושא ("קשרי קהילה"). שיתוף הציבור כלל פגישה עם נציגי השכונות ורבעים, עיריות וגורמים אחרים. זאת לקראת הפעימה הראשונה שנקבעה לאוגוסט 2010.

האתגר שעמד בפני מתכנני הרפורמה התבטא בעובדה שהמערכת התחבורתית בגוש דן הייתה מיושנת ונעדרת עקרונות תכנון. באזור פעלו אמנם מספר גדול של קווים שנתנו כיסוי טוב למרבית השכונות (אם כי כאמור לשכונות החדשות יותר הכיסוי היה יעיל הרבה פחות) אך מרבית הקווים היו מפותלים, מכיוון שעירבו שירות מטרופוליני ומקומי. כתוצאה מחוסר הפרדה זו נגרמו מפגעי רעש וזיהום לתושבי שכונות, בעיקר עקב כניסת אוטובוסים המיועדים לשרת צירים ראשיים (כגון אוטובוסים מפרקיים) לתוככי רחובות צרים של השכונות. מרבית הקווים גם פעלו בתדירות לא מספקת, מה שגרם לצפיפות גבוהה באוטובוסים, אפילו מעבר לשעות העומס המקובלות. בנוסף היו מקרים רבים של א-סימטריה במסלול (כלומר מעבר ברחובות שונים בכל אחד מכיווני הנסיעה, גם כאשר לא היה בכך אילוץ תחבורתי) וחלופות שבלבלו את הלקוח המזדמן שאינו בקיא במסלולי הקווים. גם מבחינת תעריפי הנסיעה הייתה אי בהירות כאשר באותו אזור, ואף באותו מקטע נסיעה היו מחירים שונים (כך בפתח תקווה החל מ-2006 מחירי הנסיעה בקווי "דן" היו יקרים הרבה יותר מאשר ב"קווים" כתוצאה מהמכרז שבו זכתה החברה והכתיב לה מחיר נמוך יותר). הרפורמה התמקדה בעיקר בטיפול בבעיות אלה. להלן העקרונות המרכזיים של הרפורמה:

• צמצום מספר הקווים הפועלים והסטת המשאבים שמתפנים לתגבור קווים אחרים. כך במסגרת הפעימה השנייה צומצמה כמות הקווים ששירתו את תל אביב רבתי מ-82 ל-59.
• קווי "מזלג" - מדובר בקווים ראשיים שכל אחד מהם מהווה שניים או שלושה קווים, להם מסלול משותף מרכזי, רובו בתחומי העיר תל אביב, בעוד בקצה אחד (או שניים) המסלול מתפצל למספר זרועות. הרעיון העומד מאחורי פיזור כזה הוא תדירות גבוהה (כחמש דקות או יותר בשעות השיא) בקטע המשותף, ותדירות רגילה בקטע נפרד. לקווים הללו יש מספר דומה (למשל קווים 89, 189 ו-289 מצפון תל אביב לחולון). קווים אלה היוו את השדרה המרכזית של המערכת החדשה. חלק מהקווים הללו היו קיימים במערכת שטרם הרפורמה (למשל 61 ו-62 ששונה ל-161 למען מספר דומה למזלגו), חלק אחר היו קיימים אך מספורם וחלק ממסלולם השתנה (למשל קו 1 שהפך ל-172) ואחרים מהווים קווים חדשים לגמרי שלא היו קיימים טרם הרפורמה (למשל 39 ו-239). מעבר לקווים הללו תוכננו קווים עוקפי מע"ר כגון קווים 11 ו-33, קווים ראשיים "רגילים" (כגון קו 18) וקווים בעלי אופי מקומי (כגון קו 57 בגבעתיים).
• הפרדה בין קווים שנעים על צירים ראשיים לקווים שכונתיים - זאת באמצעות יצירת רשת של קווים שכונתיים מזינים שחלקם קווים קיימים ששודרגו (כגון קו 6) וחלקם חדשים (כגון קו 58). קווים אלה פועלים במיניבוסים או מידיבוסים לצמצום מטרדי רעש וזיהום אוויר.
• ביטול א-סימטריה וחלופות - כך למשל בוטלה א-סימטריה גדולה שהייתה קיימת במשך עשרות שנים בקו 18 במרכז תל אביב ונבעה מסיבות היסטוריות שלא היו תקפות עוד.
• שיפור הקישור לשכונות חדשות - כך למשל שופרה התחבורה הציבורית בשכונת קריית רבין בחולון ואזור קניון חולון.
• הרפורמה במחירי הנסיעה - מדובר למעשה ברפורמה נפרדת אך היא שולבה במקביל לביצוע הפעימה השנייה (ב-1 ביולי 2011) והתבצעה על אזור רחב יותר (מכפר סבא בצפון עד ראשון לציון בדרום וראש העין במזרח). הרפורמה מתבטאת במספר רבדים. ראשית, אזורי הנסיעה אוחדו לשלושה אזורים, כאשר בכל אזור נקבע תעריף אחיד, ובין האזורים נקבע תעריף יקר יותר. איחוד זה הוביל לירידה משמעותית במחירי נסיעה בין אזורים רחוקים (למשל בין פתח תקווה לראשון לציון), לעלייה מתונה של המחירים בתוך האזור ולמספר עיוותים שהביאו להעלאת מחירים חדה בין אזורים קרובים (למשל בין אוניברסיטת תל אביב לרמת השרון). שנית, הונהג כרטיס מעבר ללא תשלום התקף למשך 90 דקות מרגע העלייה לאוטובוס. זכות זו מותנית בהחזקת כרטיס "רב-קו". שלישית, הונהג כרטוס משותף בין החברות העיקריות הפועלות באזור: דן, אגד, קווים מטרופולין. לאחר זכיית חברת אלקטרה אפיקים במכרז פתח תקווה-ראש העין בשנת 2016, נכנסה גם היא להסדר זה. בעתיד מתוכנן שלב נוסף ברפורמה שישלב מפעילים נוספים ואזורים נוספים.

ב-23 באוגוסט 2010 התבצע השלב הראשון בארגון מחדש. שלב זה כלל 10% מסך הקווים בגוש המרכזי (תל אביב והמעטפת הפנימית שסובבת אותה). במסגרת הפעימה נוספו 6 קווים חדשים ובוטל קו 113. גולת הכותרת של הפעימה הייתה יצירת "קו המזלג" הראשון שהתבסס על קו 25 הקיים (בת ים – אוניברסיטת תל אביב), כאשר לקו זה נוסף קו 125 ממזרח בת ים לסמינר לוינסקי בתל אביב שמסלולו ביפו ומרכז תל אביב חופף לחלוטין את זה של קו 25, והדבר יצר תדירות גבוהה (5 דקות ברוב שעות היום) על הציר. בנוסף התבצעו שינויי מסלול בין קו 25 לקו 18; קווים 6 ו-10, תוגברו. שני קווי אוטובוס שכונתיים חדשים נוספו: קו 37 וקו 58 וכן בוצעו שינויים קלים נוספים. השינויים השפיעו בעיקר על בת ים וצפון תל אביב אך מרבית הנוסעים במטרופולין לא הרגישו בשינויים. למרות זאת היו תלונות, בעיקר של קשישים המתגוררים באזור שכונת פלורנטין על ניתוק מבית החולים איכילוב ותלונות של הסטודנטים באוניברסיטת תל אביב על צמצום התדירות של קו 25. ועדיין פעימה זו הייתה מעין פיילוט לקראת הפעימה הגדולה שעתידה להתבצע בקיץ 2011 ולשנות באופן רדיקלי את תנועת האוטובוסים בתל אביב.

השלב המרכזי של הארגון מחדש יצא לדרך ב-1 ביולי 2011. השינוי כלל את כל הקווים (שלא השתנו בפעימה הראשונה) שמשרתים את הגוש המרכזי (הכולל את תל אביב, בת ים, חולון, אזור, גבעתיים, רמת גן, ובני ברק,). הקווים שיוצאים מתל אביב לטבעת התיכונה של המטרופולין (כגון ראשון לציון פתח תקווה, ובקעת אונו) והקווים הפנימיים הפועלים בתוך בני ברק כמעט ולא השתנו. השינוי לווה בהסברה מאסיבית באמצעות קמפיין פרסומי בכיכובו של דב נבון, בהצבתם של יותר מאלפיים דיילים בתחנות האוטובוס ובתוך האוטובוסים עצמם בימים שלפני ואחרי השינוי^[11] ובהקמת אתר מיוחד של משרד התחבורה שהוקם על מנת להסביר את השינויים^[12]

במסגרת השינוי בוטלו קווים עירוניים מרכזיים שהיו קיימים עוד משנות החמישים. בין הקווים הבולטים שבוטלו: קו 46 שחיבר בין תחנה מרכזית תל אביב לרח' יפת ביפו ובת ים; קו 27 שחיבר את התחנה המרכזית לאוניברסיטת תל אביב ושכונת רמת אביב; קווים 20 ו-21 שחיברו את לב תל אביב עם שכונות עבר הירקון; קו 35 שחיבר את דרום מזרח תל אביב ושכונת רמת השקמה ברמת גן לבית חולים שיבא ומחנה תל השומר; קו 30 שחיבר את מרכז תל אביב עם שכונות רמת חן ונווה יהושע ברמת גן; וקו 64 שחיבר בן מרכז תל אביב לבר-אילן ותל השומר. קווים נוספים שינו את מסלולם. כך למשל קו 26 שינה לחלוטין את מסלולו בתל אביב ובבת ים, קו 13 הפך להיות קו מקומי של רובע צפון מערב בתל אביב, וקו 60 שהוסט לגבעתיים במקום דרך מרכז רמת גן. שינויים מתונים יותר כללו למשל הארכת מסלול קו 52 לקריית עתידים, הארכת מסלול קו 57 למסוף וינטר ותיקון מסלולים א-סימטריים כגון במקרה של קו 5.

במקום הקווים שבוטלו הופעלו קווים חדשים שאמורים לפצות על הקווים שבוטלו. כך למשל קו 240 חיבר בין בת ים לבני ברק, ופיצה על השינוי במסלול קו 42 וביטול קו 54. קווים אחרים הופעלו במסלול חדש לגמרי. כאלה היו למשל קו 11 שנוסע ממסוף כרמלית למסוף רדינג תוך שהוא עוקף את מרכז העיר ועובר דרך רחובות כגון דרך בן צבי, דרך משה דיין ומתחם הבורסה; וקו 33 המחבר בין דרום רמת גן לאוניברסיטת תל אביב ומסוף רדינג, תוך מעבר בצירים ראשיים כגון רחוב הרא"ה ובן-גוריון ברמת גן ורחוב פנחס רוזן בתל אביב. בנוסף, הוחלפו מספר קווים בין "דן" ו"אגד". כך למשל קו 89 עבר מ"אגד" ל"דן" ופוצל לשלושה קווי "מזלג" (89, 189, 289) תוך שינוי מסלול. לעומת זאת הקווים 26 ו-143 עברו מ"דן" ל"אגד", וגם כאן שונו המסלולים במידה ניכרת.

בנוסף לרפורמה בקווי השירות, התבצעה רפורמה משמעותית לא פחות והיא הרפורמה בתעריפי הנסיעה. רפורמה זו הקיפה גם את האזורים בהם לא היה שינוי בקווי השירות כגון ערי השרון הדרומי, פתח תקווה, בקעת אונו וראשון לציון. במסגרת הרפורמה נקבעו שלושה אזורי תעריף: אזור 1 שכולל את תל אביב ואת הערים הסובבות שגבולם פתח תקווה ובקעת אונו במזרח, ראשון לציון בדרום וכביש 5 בצפון; אזור 21 שכולל את ערי השרון הדרומי ואזור 22 הכולל את ראש העין והיישובים סביבה. בנסיעה בתוך האזור (וכן מפתח תקווה לאזור 22) נגבה תעריף אחיד (6.40 ש"ח, בעת הרפורמה) בעוד שבנסיעה בין האזורים נגבה מחיר גבוה יותר (10 ש"ח בעת הרפורמה). גם כרטיסי המנוי היומיים והחודשיים השתנו כך שיכללו יותר אזורים ויהיו תקפים למספר מפעילים. אפשר אף לרכוש כרטיס "חופשי חודשי" הכולל נסיעה ללא הגבלה במשך חודש קלנדרי בכל האזורים. שינוי משמעותי נוסף הוא בהכנסתו של כרטיס המאפשר מעבר בלתי מוגבל בין האוטובוסים למשך 90 דקות מזמן העלייה לאוטובוס. מטרתו המוצהרת של כרטיס מעבר הוא עידוד המעבר בין מספר קווים, וחיסכון בעלויות הנסיעה בדומה למה שקיים במקומות אחרים בעולם. מימוש הטבה זו אפשרי אך ורק באמצעות כרטיס רב-קו. החל מ-1 ביולי 2011 הוכנס כרטיס זה גם לחברת "אגד" והופעל כרטוס משותף בין החברות "אגד", "דן", "קווים" ו"מטרופולין". הסדר זה מכסה את מרבית הקווים העירוניים הקיימים באזור תל אביב רבתי, אך אינו מכסה את הקווים של סופרבוס (לכיוון רמלה ולוד) שחלקם מבצעים גם שירות עירוני באזור דרום תל אביב ואזור, וכן קווי חברת נתיב אקספרס (לכיוון נתניה) הנותנים שירות באזור הרצליה. בכוונת משרד התחבורה להכניס גם חברות אלה להסדר בעתיד.

עוד בימים הראשונים של הרפורמה נראה שברפורמה קיימים חוסרים לא מעטים. כך, למשל, מסופים כגון מסוף המרינה בבת ים ומסוף עתידים בתל אביב לא היו ערוכים לקלוט את כמות האוטובוסים, והיה צורך להסיט חלק מהקווים למסופים אחרים. בנוסף נראה כי מספר קישורים חיוניים נותקו. לכן כבר במהלך חודש יולי נערכו מספר תיקונים כגון העברת מספר קווים ממסוף מרינה למסוף בית העלמין בבת ים או חניון "אגד" בחולון והארכת קו 69 לבית החולים שיבא, על מנת לפצות את תושבי גבעת שמואל על ביטול הקו המקשר בין העיר לבית החולים.

במהלך יולי נאספו במשרד התחבורה ו"נתיבי איילון" פניות רבות של תושבים. בהתאם לפניות אלה גובשה פעימת תיקון ראשונה שנכנסה לתוקף ב-5 באוגוסט 2011 ובה בוצעו שינויים בדרגות שונות ללמעלה מ-30 קווים.

עיקר השינויים נועדו לפצות על מקרים רבים של ניתוק גישה בין שכונות למוקדי תעסוקה ובילוי מרכזיים. כך למשל הוחזר הקישור בין חלק משכונות עבר הירקון וכן מחלקים בחולון לבית החולים איכילוב על ידי שינוי במסלול קו 89, שאף יצר קישור תדיר יותר ממה שעשו קווים 28 ו-97 בהתאמה. הוחזר הקישור בין חולון לרחוב דיזנגוף על ידי הסטת קווים 72 ל-172 מרחוב בן יהודה, הוחזר הקישור לאזור התעשייה בבת ים, הקישור מבת ים לתיכון שבח-מופת, הקישור מחולון למרכז הרפואי בת-ימון, הקישור בין מרכז בת ים לקריית החינוך שבדרום העיר ועוד. מספר קווים הוחזרו למסלולם בטרם הרפורמה (הבולטים שביניהם: קו 9, קו 43 וקו 4 של חולון) ובאחרים בוצעו שיפורי מסלול כדי לשפר את הנגישות^[13]. כמו כן הוגדלה התדירות במספר קווים שנצפו בהם עומסים כבדים אחרי הרפורמה.

ועדיין, לא כל השינויים התקבלו בברכה. כך למשל החזרת קו 9 למסלולו הקודם הייתה מהלך שנוי במחלוקת מכיוון ששוב נוצר ניתוק בין שכונות דרום מזרח תל אביב (ומהצד השני מהצפון הישן) לאזור קריית הממשלה והדבר נתקל בהתנגדות חלק מהתושבים שחשו עצמם נפגעים מהמהלך. שינוי נוסף שנתקל בהתנגדויות הוא העברת תחנת המוצא של קו 40 ממסוף עתידים לתחנת הרכבת תל אביב אוניברסיטה תוך שהוא מדלג על שכונות עבר הירקון בהן עבר טרם השינוי. השינוי, שהתבצע עקב מצוקת המקום במסוף עתידים גרר התנגדויות בעיקר מתושבי שכונת הדר יוסף.

גם לאחר פעימת התיקון התבצעו מספר שינויים משמעותיים. כך החל מה-1 בספטמבר הוחזר קו 42 לדרך בגין (במקום שד' רוטשילד) וקו 289 הועבר ממסוף עתידים לתחנת רכבת האוניברסיטה, תוך שהוא משמש כקו שמקיף את האוניברסיטה. גם מבחינת תדירויות ושעות פעילות חלו שינויים, כאשר בלט צמצום התדירות וקיצור שעות פעילות בקווים שלא זכו לפופולריות גבוהה כגון קו 11 וחלק מקווים שכונתיים מזינים. בשלב זה ביצע משרד התחבורה ספירות נוסעים ופגישות עם נציגי השכונות על מנת לבצע פעימת תיקונים נוספת שיצאה לפועל ב-16 במרץ 2012.

ביום שישי, 16 במרץ 2012, התבצעה שורה של שינויים נוספים בקווי האוטובוס בגוש דן שמטרתם היה לטפל בליקויי נגישות שיצרה הפעימה השנייה^[14]. השינוי לווה בהצבת דיילים במקומות הרלוונטיים, חלוקת חוברות וכן עדכון מפות ואתר הרפורמה. בין השינויים המרכזיים ניתן לציין את ביטולו של קו 139 שנסע בין מרכז תל אביב לבית החולים שיבא. את מקומו ירש קו 104 שהוארך עד בית החולים ותדירותו הועלתה. שינוי משמעותי נוסף היה הארכתו של קו 22, שסבב את שכונות עבר הירקון וסיים במסוף רדינג אל לב תל אביב ומסוף כרמלית. בעיית הניתוק בין חולון לתחנה המרכזית החדשה נפתרה על ידי שינוי מסלול קו 89 כדי שיעבור ברחוב לוינסקי. גם הניתוק בין שכונות דרום מזרח תל אביב לאזור הקריה נפתר חלקית על ידי הסטת קו 239 לרחוב יגאל אלון ורחוב קפלן ברוב שעות היום. קו 61 הוחזר לרחוב דיזנגוף, וכן שופרה נגישות למספר שכונות על ידי הכנסת קווים נוספים לתוכן. כמו כן בוצעו שינויים מינוריים רבים בהתאם לדרישות התושבים. במסגרת השינוי תוגברו מספר קווים שספירת הנוסעים הראתה שסובלים מצפיפות יתר, וזאת על חשבון המשאבים שהתפנו מקו 139 שבוטל. פעימת תיקון זו סותרת את עקרונות הרפורמה על ידי הכנסת קווים מרכזיים לשכונות (דוגמה קו 26), החזרת אסימטריה (דוגמה קו 5), טלאי על טלאי (דוגמה קו 104), פיתול קווים (דוגמה קו 31) ועוד.

הפעימה השנייה הייתה אמורה להוות חלק מתוכנית בת ארבעה שלבים לשינוי בתחבורה הציבורית בגוש דן. עם זאת, עקב הביקורת הרבה שהוטחה בתוכנית וקשיים בביצוע הפעימה השנייה, בוטלו פעימות נוספות שהיו עתידות לכלול את קווי פתח תקווה, בקעת אונו השרון וראשון לציון.

במסגרת עבודות ההקמה של הקו האדום של הרכבת הקלה בתל אביב נוסף ב-1 באוגוסט 2014 קו חדש שמספרו 1, שנוסע בתוואי הקו האדום ברכבת הקלה העתידית. שינויים נוספים נעשים לאורך השנים במספר פעימות החל משנת 2019. כלקח מהרפורמה השינויים הם במספר קווים מצומצם יותר ולא ברמה המערכתית, ותמיד יהיו מלווים בתוספות שירות, למערכת כדי שלא יצטרכו בשבילו לצמצם שירות כפי שקרה ברפורמה של 2011. חלקם תיקן ניתוק קשרים שהרפורמה יצרה^[15]. בחלק מהמקרים הוחזרו קווים שהיו טרם הרפורמה תחת מספור אחר. כך למשל קו 54 מתחנה מרכזית בתל אביב לבני ברק, חזר בתור קו 53, בעוד שקו 54 ניתן למסלול שחלקו נעשה על ידי קו 53 לפני הרפורמה. או שקו 46 חזר לפעילות במסלול קצת שונה.

לפי מרכז המחקר והמידע של הכנסת הביקורת על תכנון המערכת ועל אופן פעולתה נשמעה בעיקר מצד תושבי שכונות בתל אביב-יפו ומארגונים אזרחיים שעוסקים בקידום התחבורה הציבורית. גורמים אלו ביקרו את מידת שיתוף הציבור בפרויקט, את חוסר ההתחשבות בבקשות של תושבי שכונות בתכנון הרפורמה ואת הכשלים שהתגלו במערכת האוטובוסים לאחר הפעלת הארגון מחדש. להלן עיקרי הטענות שהציג מרכז המידע שהעלו אותם גורמים נגד התוכנית:

• בהכנת המערכת לא נעשה שיתוף ציבור אמיתי. המפגשים של חברת נתיבי איילון עם ועדי שכונות היו בעלי אופי כללי ולא ניתן הסבר מפורט לתושבים כיצד יינתנו שירותי תחבורה ציבורית בתחומם לאחר הארגון מחדש.
• היו ועדי שכונות שהגיעו מוכנים למפגשים והעלו דרישות בפני מתכנני הארגון מחדש, אולם רוב הדרישות לא נענו. לא הוסבר לציבור מדוע לא הייתה היענות לדרישות וכיצד הוחלט על מסלולי הקווים החדשים.
• בניית הקווים נעשתה ללא התחשבות מספקת בדעתם של מנהלי מרכזים רפואיים וחינוכיים גדולים. שלא היו ערים לשינוי שנעשה בתחומם. לחלק גדול מהשכונות הורע הגישה לבתי חולים.
• שכונות שלמות שהיה להן קו ישיר למרכז העיר קיבלו לאחר הרפורמה את השירות בשני קווים, והדבר הרע את התנאים לעומת המצב הקודם. אין סיבה ששכונה שמרחקה ממרכז העיר הוא של קילומטרים בודדים, תקבל את השירות בשני קווים.
• למרות ההבטחות, תדירות הקווים לא השתפרה באמת, משום שחברות האוטובוסים אינן עומדות בלוחות הזמנים שנקבעו ואין די פיקוח על זמני היציאה של האוטובוסים. בעיה זו נובעת גם ממחסור בנהגים אצל אגד ודן.
• העלאת התדירות אינה מספקת, שכן לא נעשתה תוספת הצטיידות באוטובוסים, אלא רק הסטה של אוטובוסים קיימים מקווים שבוטלו לקווים שנשארו ולקווים חדשים.
• לאחר יישום הרפורמה הגיעו עדויות על צפיפות רבה מאוד בחלק מהקווים, עד כדי כך שהאוטובוסים אינם עוצרים בתחנות משום שהם מלאים עד אפס מקום.
• ההצטיידות הלא-מספקת באוטובוסים גרמה לכך שבחלק מן הקווים הופעלו אוטובוסים ישנים בדגמים מאן NL262 אצל דן ומרצדס O405N אצל אגד.
• היו מקרים רבים של התקבצות של אוטובוסים מאותו הקו זה אחר זה והגעתם יחד לתחנה.
• השירות במוצאי שבת ובשעות הערב: חלק גדול מהקווים החדשים במערכת לא עבדו בהתחלה במוצאי שבת; לפני הרפורמה הייתה פעילות רבה יותר של קווים במוצאי שבת. בשעות הערב אומנם הוארכה הפעילות בחלק מן הקווים, אך הדבר בא על חשבון התדירות, שנעשתה נמוכה מאוד, עד כדי חוסר כדאיות לנוסעים.

ביקורת חריפה נמתחה על ידי הגורמים השונים על אופן ההסברה של השינוי לציבור. בין הטענות שהועלו: לא ניתן הסבר מספק לציבור על מהות הרפורמה ויתרונותיה; החוברות שהוכנו לא כללו אפשרויות החלפה בין קווים ולא היו בהירות לקורא ההדיוט; הדיילים שנשכרו לצורך ההסברה היו לרוב צעירים שאינם בקיאים ברפורמה, ולפיכך לא ידעו לענות על השאלות; המידע באינטרנט חלקי; ונצפו אי דיוקים ומידע חלקי אודות הרפורמה בתחנות^[16]. ביקורת נמתחה גם על הקמפיין באמצעי התקשורת המסביר את הרפורמה. אפילו המתכננת הראשית של הרפורמה, רותי אמיר, הודתה ש"הקמפיין היה הזוי"^[17].

לליקויים במתן המידע לציבור היו השלכות מרחיקות לכת על הערכת הרפורמה בקרב הציבור. לרפורמה נוצרה תדמית שלילית בקרב הציבור, על אף העובדה שבחלק מהמקרים היא שיפרה משמעותית את הנגישות והשירות לאזורים השונים. נראה שהציבור העדיף להמשיך ולנסוע בקו אחד, גם אם מדובר בקו מפותל, ולא להסתמך על המעברים גם אם הדבר עשוי לחסוך לו זמן.

בעקבות הבעיות בהסברת הרפורמה, ניסו גורמים לא-ממשלתיים למתן את הבלבול שנוצר בימים הראשונים לרפורמה. הבולט שבהם היה מיזם מתנדבים "תחבורה בדרך שלנו" (לימים עמותת "ארגון נוסעי התחבורה הציבורית בישראל"). בבלוג הארגון פורסמו בשבועות לפני הארגון מחדש פרטים אודות השינויים הצפויים, בליווי הכוונה תחבורתית. בימים שלפני הארגון מחדש העלו מתנדבי האתר דפי מידע המותאמים לאזור לאתר האינטרנט של המיזם, וכן חילקו עותקים מודפסים של דפי המידע במוקדים מרכזיים בגוש דן. בנוסף לשפה העברית, תורגמו חלק מדפי המידע לרוסית, אנגלית, ספרדית, ואף תורגם דף המידע על התחבורה בבני ברק ליידיש^[18]. אך כאמור לא היה בפעולות אלה די על מנת להפחית את הבלבול של הציבור, ולהקנות לרפורמה תדמית חיובית יותר.

עמותת "תחבורה היום ומחר" יזמה שימוע ציבורי לקראת צאתה לדרך של הרפורמה. במסגרת השימוע הציגו את התוכנית נציגי משרד התחבורה ונערך פאנל של אישי ציבור ונציגי ארגונים, ביניהם תמר זנדברג, תמר קינן - מנכ"לית "תחבורה היום ומחר", מיטל להבי, יואב לרמן ועוד.

ביקורת מכיוון שונה נבעה מנסיגה הדרגתית מעקרונות הרפורמה. העקרונות המרכזיים של הארגון מחדש היו יצירת קווים בעלי מסלול משותף שבו עוברים הקווים בתדירות גבוהה (קווי "מזלג"), והפרדה בין השירות המטרופוליני והמקומי. בפועל המצב היה רחוק מהציפיות. כך למשל תושבי שכונת כפר שלם בתל אביב התלוננו שבמקום מיניבוסים שהובטחו נכנסו לרחובות הקטנים של השכונה אוטובוסים רגילים ואף ארוכים בתדירות גבוהה. תלונות דומות נשמעו בידי תושבי שכונת רמת החייל אשר קבלו על הכנסת אוטובוסים מטרופוליניים רבים (כגון קו 89) בתדירות גבוהה לתוך הרחובות השקטים של השכונה. בכך נטען הופר העיקרון של ההפרדה בין השירות המטרופוליני לשירות האזורי.

גם בעיקרון "קווי מזלג" חל כרסום. כך כבר בפעימת התיקון של 5 באוגוסט 2011 שונה מסלולו של קו 26 כך שהוא לא חופף ברובו לקו 126, וזאת על מנת לתת שירות לתושבי בת ים שרוצים להגיע לאזור רחוב המסגר ותיכון שבח מופת. כמו כן מסלולו של קו 89 הופרד חלקית מ"אחיו" 189 ו-289, וזאת על מנת לתת שירות לבית החולים איכילוב. בהמשך פוצל מסלולו של קו 42 מזה של 142 על מנת לתגבר את ציר בגין העמוס. פעימת התיקון של ה-16 במרץ 2012 המשיכה את התהליך של הפרדת קווי מזלג אחד ממשנהו, כאשר מסלולו של קו 61 הופרד חלקית מזה של 161 כדי לשפר את הקישור בין רמת גן לציר דיזנגוף, מסלולו של קו 89 שונה כדי לשרת את אזור התחנה המרכזית החדשה, וקבוצת קווי 39 הופרדה הלכה למעשה בעקבות ביטול קו 139 ושינוי מסלולו של קו 239 כדי שיעבור דרך עזריאלי. בנוסף, המשיכה הפרת מגמת ההפרדה בין הקווים המטרופוליניים למקומיים לתוך השכונה עם כניסה של קו 26 לרחובות הקטנים של שיכון ל' בתל אביב וקו 126 נכנס לשכונת ג'סי כהן בחולון. גם זאת לבקשת התושבים.

דו"ח של ארגון נוסעי התחבורה הציבורית בישראל ("תחבורה בדרך שלנו") שהוכן במלאת שלושה חודשים לרפורמה התייחס לשינויים, ובכלל זה לפעימות התיקון בצורה ביקורתית. לדבריהם השינויים פגעו באופן מהותי בעקרונות הרפורמה. עם זאת, ביצוע השינויים היה הכרחי על מנת לתקן את הבעיות שנוצרו בעקבות הרפורמה. לדבריהם, המצב שנוצר בעקבות הרפורמה הוא של משחק סכום אפס שבו על מנת לשפר את הנגישות לשכונות יש צורך להוריד תדירות על הצירים הראשיים על ידי פירוק "קווי המזלג" ולהכניס קווים מטרופוליניים לשכונות. לעומת זאת קיומה של הרפורמה בצורה התואמת את עקרונותיה יוצרת אמנם מערכת של קווים במסלולים ישרים ומגוון של קווים תדירים, אך הדבר פוגע באופן משמעותי בנגישות לשכונות. במילים אחרות, המצב שנוצר הוא של "שמיכה קצרה מדי". את האחריות על המצב תולה הארגון בהגדרת המטרה של הרפורמה שהיא בלימת הירידה בכמות הנוסעים ולא יצירת תנאים למעבר נוסעים מהרכב הפרטי לתחבורה הציבורית. הדבר מנע הקצאת משאבים מספקים על מנת להגדיל את כמות הנסיעות בקווים על מנת שלא ייווצר המצב שעיקרון אחד יבוא על חשבון השני^[19][20]. משרד התחבורה דחה את הטענות וטען שהושקעו 80 מיליון ש"ח לתוספת משאבים במטרופולין.

ביקורת נמתחה על גם על רפורמת המחירים. אף על פי שבנסיעה הבין-אזורית הוזלו המחירים בעשרות אחוזים, ואזורים שבה מחויבת הנסיעה בתעריף המקומי הורחבו, מחירה של הנסיעה העירונית התייקר בשיעורים של 7 עד 13 אחוז, וגררו איתם עלייה במחירו של כרטיס חופשי חודשי המקומי. לדברי משרד התחבורה, במסגרת הרפורמה בתעריפים מחיר הנסיעה התייקר בחלק מהמקרים והוזל במקרים אחרים^[21]. השינוי בשיטת התמחור יצרה גם עיוותים מקומיים שגרמו לעליית מחירים חדה בין אזורים סמוכים. כך מחיר הנסיעה בין רמת השרון לאוניברסיטת תל אביב זינק מ-6 ל-10 שקלים, דבר שגרר מחאות מצד הסטודנטים. כפתרון ראשוני הפעילה עיריית רמת השרון אוטובוסים לסטודנטים המתגוררים באוניברסיטת תל אביב בתמורה לשעות התנדבות בקהילה^[22].

כניסת כרטיס הרב-קו לשימוש נרחב בגוש דן, וכניסתו של כרטיס המעבר התקף ל-90 דקות במסגרת הרפורמה גרמו לשלל בעיות טכניות שגרמו לחיוב כפול, חיוב לא נכון שפגע בנוסעים (כמו למשל חיוב על הכרטיסייה כאשר על הכרטיס מוטען גם חוזה חופשי חודשי תקף), תקלות בקריאת הכרטיס, פגיעה בפרטיות בשימוש ברב-קו^[23] וכרטיס מעבר התקף ל-60 דקות במקום 90 דקות^[24]. כמות התקלות הטכניות פחתה עם הסתגלות לשימוש בכרטיס, אך מתקבלות תלונות רבות על הפגיעה בפרטיות, כאשר הנושא אף הועלה בנייר עמדה לוועדת הכלכלה של הכנסת על ידי התנועה לזכויות דיגיטליות^[25].

• תחבורה בתל אביב
• תחבורה ציבורית בישראל

• יניב רונן, ‏בחינת הארגון מחדש של קווי האוטובוס בגוש דן, באתר מרכז המחקר והמידע (ממ"מ) של הכנסת, 2 בנובמבר 2011
• ארגון נוסעי התחבורה הציבורית בישראל, דו"ח סיכום שלושת החודשים הראשונים של ביצוע הפעימה השנייה של הארגון מחדש בגוש דן (אורכב 17.06.2012 בארכיון Wayback Machine), 24 באוקטובר 2011
• יואב זיתון, הרפורמה באוטובוסים מתחילה: "נקשיב לתושבים", באתר ynet, 1 ביולי 2011
• שחר הזלקורן, הרפורמה תעודד שימוש באוטובוס? לא בטוח, באתר ynet, 28 ביוני 2011
• אבי בר-אלי, אסור להפסיק את הרפורמות בתחבורה, באתר TheMarker‏, 12 בינואר 2012
• פרוטוקול ישיבת הוועדה לענייני ביקורת המדינה בכנסת על הארגון מחדש. 18 בנובמבר 2013