בשנת 1870 סירב לוי לנצח על ביצוע בלתי מורשה של הוולקירה במינכן, עובדה שהרשימה את וגנר. פולין גארסיה-ויארדו ופרידריך ניטשה המליצו על לוי לפני וגנר ובשנת 1871 נפגשו השניים. וגנר שיבח את לוי על סירובו לשנות את שמו, היהודי בעליל, ולוי, שנשבה לא רק למוזיקה של וגנר אלא גם למסר האמנותי שלו, הרחיק לכת עד להגנה על האסתטיקה שביסוד ספרו האנטישמי בגלוי של וגנר, "היהודים במוזיקה". התקרבותו של לוי אל וגנר חתרה תחת ידידותו עם ברהמס, על אף מאמציו הנואשים לקיים אותה.[2]
שמו של לוי קשור לאין הפרד בהערכה הציבורית הגדלה והולכת למוזיקה של וגנר. כידידו הוותיק של וגנר, ניצח על ההצגה הראשונה של "פרסיפל" בפסטיבל ביירוית בשנת 1882 ולקח חלק בחיי המוזיקה של ביירוית במשך שארית הקריירה שלו. על אף האנטישמיות המוצהרת של וגנר, הוא התיידד עם קארל טאוסיג, היינריך פורגז, יוזף רובינשטיין ואנגלו נוימן, כולם יהודים.[3] בין הרמן לווגנר נוצרו יחסי עבודה הדוקים, והערכתו של וגנר לכישרונו המוזיקלי של לוי מיתנה קמעה את האנטישמיות שלו. עם זאת, וגנר לא חש בנוח להניח את הניצוח על פרסיפל, עם הסימבוליזם הנוצרי שבה, בידי יהודי והוא ערך כמה ניסיונות מגושמים, שלא צלחו, לשכנע את לוי להמיר את דתו. לוי הוא שניצח, בהצלחה רבה, על ביצוע הבכורה של "פרסיפל" בשנת 1882 וביצועיו רבי-ההשראה על האופרה עד 1894 מציבים אותו, יחד עם הנס ריכטר, פליקס מוטל ואנטון זיידל, בשורה הראשונה של מנצחי ביירוית מן הדור הראשון.[2] הרמן לוי היה זה שניצח על המוזיקה בהלווייתו של וגנר. הוא ביקר בלונדון בשנת 1895.
במהלך השנים הבאות ניצח לוי על בכורות גרמניות לאופרות צרפתיות מאת גונו, מסאז'ה, שברייה וברליוז. הוא הבטיח את הצלחתו של ברוקנר במינכן כאשר הציג את האדג'ו מן הסימפוניה השביעית שלו לאחר ביצוע של "הוולקירה". לוי ראה בברוקנר, ולא בברהמס, את ממשיכו הסימפוניסט של בטהובן, וברוקנר מצדו העריץ את לוי וראה בו, אף כי היה צעיר ממנו ב-15 שנים, "אב אמנותי". מכתב של לוי משנת 1887, שביקר את הגרסה הראשונה של הסימפוניה השמינית של ברוקנר, ערער את ביטחונו העצמי של ברוקנר למשך שנים אחדות. לוי עודד גם את ריכרד שטראוס הצעיר.[2]
הרמן לוי נפטר בהיותו במינכן ב-13 במאי1900 והוא בן 61.