בסטיאן בוקס (בארט אוליבר) הוא ילד צעיר שהתייתם מאימו. בדרכו לבית הספר, שלושה נערים נטפלים אליו וזורקים אותו לפח הזבל. לאחר שהם רודפים אחריו, הוא מתחבא בחנות ספרים, שם הוא פוגש באיש זקן בשם מר קוריאנדר (תומאס היל), שקורא ספר. כשבסטיאן רוצה לקרוא בספר ("הסיפור שאינו נגמר"), הזקן עונה שהספר "אינו בטוח". בהתעלמו מאזהרתו של הזקן, בסטיאן שואל את הספר והולך ללימודיו. כאשר הוא מגיע לכיתה הוא מגלה שהוא איחר לשיעור ולמבחן במתמטיקה, ומחליט לעלות לעליית הגג בבית הספר ולקרוא את הספר.
עלילת הספר מתחילה כאשר היצורים הבדיוניים של העולם "פנטזיה" מגלים כי כוח מסתורי בשם "הלא-כלום" (The Nothing) מתחיל להשתלט על עולמם ולהעלים חלקים ממנו. החבורה כוללת את טיני וויני (דיפ רוי) ושבלול המרוצים שלו, שדון-לילה (טילו פרוקנר) והעטלף הטיפש שלו ולועס-הסלעים הענק. הם עושים את דרכם לפגוש את הקיסרית הילדה (תמי סטרונך) של פנטזיה במרומי מגדל-השנהב ולבקש את עזרתה. לרוע המזל, הקיסרית הילדה חולה מאוד, והזמינה לוחם גדול משבט אנשי הערבות בשם אטריו (נואה האת'ווי), שמתגלה כילד צעיר. אטריו מגיע ומקבל את "האורין", מדליון שמשמש כמורה דרך וכסמל הסמכות של הקיסרית הילדה בחיפוש אחר התרופה שתרפא אותה. אטריו מתחיל במסעו יחד עם סוסו, ארטאקס.
"הלא-כלום" שולח את יצור האופל השטני גמורק להרוג את אטריו במהלך מסעו, שמגיע לביצות הצער בחיפוש אחר מורלוק הזקן. במהלך מסעם מתחילה להשתלט על הסוס ארטאקס תחושת עצבות והוא שוקע לאיטו בביצה הטובענית. אטריו, מוכה יגון וצער, מוצא את מורלוק, יצור דמוי צב ענק. לאחר שקורא את תיאורו של מורלוק, בסטיאן נבהל וצועק צעקה הנשמעת בארץ פנטזיה, שבה גם אטריו וגם מורלוק מסתכלים סביב בבלבול.
מורלוק הזקן שולח את אטריו לאורקל הדרומי. במהלך דידויו בביצות, אטריו נותן לעצב להשתלט עליו ומתחיל לשקוע, בשעה שהגמורק מתקרב אליו. בדיוק כשהגמורק מצליח להשיגו, יצור מעופף מציל את אטריו מאחיזתו של הגמורק.
כאשר אטריו מתעורר הוא מגלה כי פצעיו נחבשו והוא ניצל בידי פאלקור, דרקון המזל, שדומה לדרקון אך עם ראש כלב וגוף פרוותי, שהטיס אותו את רוב הדרך אל האורקל הדרומי (בספר המקורי, דרקון המזל נקרא פוכור). מטפליו של פאלקור, שני גמדים בשם פרופסור אֶנְגלבוּק (סידני ברומלי) ואוּרגֵל (פטריסיה האייס), נותנים לו עצה לגבי הדרך אל האורקל הדרומי, כאשר אטריו צריך לעבור שני מבחנים. הראשון - חציית הספינקס, שמסוגל להביט לתוך נשמתו של אדם, ואם שוכן בו הפחד, לחסלו. המבחן השני הוא שער המראה, שבו על אטריו להתבונן בעצמו האמיתי ללא פחד. כאשר אטריו מתבונן במראה, הוא למעשה רואה ילד צעיר שקורא בספר בעליית הגג של בית הספר.
בסטיאן מבין שהספר מתאר אותו. הוא ממשיך לקרוא, וכשאטריו עובר את המראה, הוא מגיע לאורקל הדרומי, שפניו מתחילות להתפורר. האורקל אומר לאטריו שכדי להציל את הקיסרית הילדה יש לקרוא לה בשם חדש. היחיד שיוכל לעשות זאת זהו ילד שנמצא מחוץ לגבולות ממלכת פנטזיה. אטריו מחליט לחפש אחר גבולותיה של פנטזיה בעזרת פאלקור, אך בשל סופת ברקים נופל מפאלקור אל תוך "ים האפשרויות" ומאבד את האורין. אטריו מתעורר לגלות את לועס-הסלעים, שמגלה לו כי חבריו נלקחו בידי "הלא-כלום" וכי הוא מחכה שייקח אותו. בהמשך, אטריו מגלה את הגמורק, שאינו מזהה אותו ומגלה לו כי הוא "המשרת של הכוח שמאחורי הלא-כלום", ושממלכת פנטסיה היא למעשה עולם החלומות של בני האדם, ומכיוון שלמחשבות ולחלומות אין גבולות, כך גם לממלכת פנטזיה. "הלא-כלום" הוא תוצאתה של אפתיה אנושית, ריקנות ויאוש, שאוכלים את חלומותיהם ומטרותיהם של בני האדם. הגמורק מוסיף לספר כי נשלח להרוג את אטריו הלוחם, אך איבד את עקבותיו בביצות הצער. אטריו מזמין את הגמורק לקרב ומגלה לו שהוא הלוחם אותו הגמורק מחפש. לאחר שאטריו הורג אותו, פאלקור מגיע עם האורין ואוסף את אטריו, כאשר הם נעזרים בהדרכתו של האורין במסע לעבר מגדל השנהב. בדרך הם מגלים עד כמה "הלא-כלום" התפשט ולא נותר כמעט כלום.
אטריו ניצב בפני הקיסרית הילדה, עצוב כי נכשל במשימתו. הקיסרית מספרת לו כי לא נכשל במשימתו, וכי הוא הביא איתו את הילד האנושי, שהתחמק מבריונים לתוך חנות הספרים, ואשר ליווה את אטריו במהלך כל מסעו.
כאשר בסטיאן ממשיך לקרוא, הוא מבין שהספר מודע לקיומו. הקיסרית הילדה אומרת שכל מה שפנטזיה צריכה בשביל להינצל הוא שהילד האנושי יקרא בשמה החדש. כאשר מגדל השנהב מתחיל להתמוטט ואטריו נפגע ומת, הקיסרית הילדה פונה לבסטיאן עצמו בדמעות, דרך מילות הספר, ומתחננת בפניו שיקרא בשמה החדש. בסטיאן מסרב להאמין, עד אשר הוא רץ לחלון באמצע סופת ברקים וצועק את שמה "ילדת הירח" (Moonchild).
בסטיאן מוצא עצמו ניצב מול הקיסרית הילדה, שאומרת לו שכל פנטזיה נהרסה בידי "הלא-כלום" וכי האומץ של בסטיאן הצליח להציל רק גרגר חול אחד. עם גרגר החול, בסטיאן יוכל ליצור מחדש את ממלכת פנטזיה בעזרת דמיונו בלבד. בסטיאן מבקש את החייאתה של פנטסיה ולרכוב על גבו של פאלקור. הוא עף מעל האדמה, ומוצא את כל תושבי הממלכה בריאים ושלמים, כולל אטריו וארטאקס. כאשר הוא עף עם פאלקור לתוך העיר, הוא מבריח את שלושת הבריונים לתוך פח הזבל.
הסרט זכה בפרס סאטורן בקטגוריית הביצוע הטוב ביותר בידי שחקן צעיר (נואה האת'ווי שגילם את תפקיד אטריו).
מיכאל אנדה, שהסרט מבוסס על ספרו, כתב ביקורת חריפה כנגד הסרט, וטען שכותבי התסריט לא הבינו את ספרו. בין השאר כתב שהתסריט הוא "טריפ בהשפעת סמים", ש"החיפוש אחר משמעות החיים הפך לסיפור חסר ערך על 'אורח-החיים-האמריקני'", שדמותו של האב שובשה לחלוטין ושלתסריט ישנה "נטייה מתמדת אל החיצוני והשטחי"[4].
סרטי ההמשך
עם הצלחתו של הסרט, המעריצים דרשו סרט המשך לקלאסיקה.
שש שנים לאחר יציאתו של הסיפור שאינו נגמר לאקרנים, יצא הסרט "הסיפור שאינו נגמר 2" שזכה לביקורות שליליות במיוחד, ונחשב לאחד מסרטי ההמשך הגרועים ביותר שיצאו לקולנוע. אך למרות ביקורתיו השליליות, הסרט הצליח בגרמניה וגרף 17,373,527 דולר ברחבי העולם.
לאחר יציאתו של "הסיפור שאינו נגמר 2", המפיקים ניסו לשחזר את הצלחת הסרט הראשון ולהציל את הסרט, והוציאו את "הסיפור שאינו נגמר 3", שעם יציאתו לקולנוע זכה לביקורות שליליות ואף בעיני רבים נחשב לגרוע יותר מהסרט הקודם לו. הסרט הפעם מתמקד בבסטיאן בוגר, אשר הולך לתיכון. הסרט לא התקבל בברכה על ידי הקהל, וצבר ביקורות שליליות והכניס 5 מיליון דולר בגרמניה.
