אנדה נולד בעיירה גרמיש-פרטנקירכן (Garmisch-Partenkirchen) שבמדינתבוואריה שבגרמניה. אביו, אדגר אנדה היה צייר סוריאליסטי, ואמו, לואיז ברתולומה אנדה הייתה פיזיותרפיסטית. בהיותו בן שש עברה משפחתו לרובע האומנים של שוואבינג שבמינכן וההתבגרות בקהילה אומנותית השפיעה לימים על כתיבתו. ב-1945, עוד לפני יום הולדתו ה-16 הוא גויס לפולקסשטורם, אך ערק והצטרף למחתרת אנטי-נאצית. הוא שימש כשליח עבור הקבוצה עד סוף המלחמה.
בשנת 1960 פרסם את ספרו הראשון, "ג'ים ונהג הקטר", שזכה להצלחה רבה ותורגם לשפות רבות. בעבורו זכה אנדה לפרס על שם הנס כריסטיאן אנדרסן היוקרתי. שנתיים לאחר מכן פורסם הספר השני בסדרה,"ג'ים וכנופיית ה-13". שני הספרים עובדו במהרה לרדיו ולטלוויזיה, והעותקים המודפסים נמכרו כל כך מהר שחברת ההוצאה לאור התקשתה לעמוד בקצב.
ב-1979 יצא לאור ספרו הידוע ביותר, "הסיפור שאינו נגמר", שעוּבּד לסרט קולנוע נודע בשני המשכים וזכה לפרסים ושבחים רבים.
בשנת 1992 אובחן אנדה כחולה בסרטן הקיבה. לאחר שנתיים של טיפולים, הוא נכנע לבסוף למחלה. הוא נפטר בגיל 65 בשנת 1995, בבית חולים ליד שטוטגרט.
אנדה היה לאחד הסופרים הגרמנים המוכרים ביותר במאה העשרים, בייחוד הודות לספרי הילדים שלו, שכללו בתוכם עולמות שלמים של פנטזיה ודמויות דמיוניות, אשר אפשרו לקוראים להזדהות עם גיבורי הסיפור. למרות שספריו שייכים לז'אנר ספרות הילדים, ניתן למצוא בהם ביקורת חברתית נוקבת (ראו "מומו", "הסיפור שאינו נגמר"). אנדה התעניין בפילוסופיית האנתרופוסופיה.
