הסרט מתמקד בשלוש דמויות עיקריות, הנמצאות במקום מסוים ומרגישות לא-שייכות, ובדרכן למציאת ייעודן האמיתי.
הסרט מתרחש כולו בממלכת דור, שנודעה ב"יום המרק המלכותי" הנערך בה מדי שנה. בתחילת הסרט מגיע העכברוש המדבר רוסקורו עם המלח פייטרו באניה לנמל בממלכת דור. כל העיר שוקקת חיים וריחות בזכות יום המרק המלכותי, שבו מבשל אנדרה, השף המלכותי, מרק חדש וכל יושבי הממלכה מוזמנים לטעום.
רוסקורו נמשך לריח המרק המפתה, לא מסוגל לעצור בעדו ונכנס לארמון, לחדר הסעודה, בו מסובים כל נכבדי הממלכה סביב השולחן. בטעות נופל רוסקורו לצלחת המרק של המלכה והיא מתעלפת מרוב גועל ואימה. ראשה נופל לתוך המרק והיא מתה.
רוסקורו מצליח להימלט מכל האנשים המנסים ללכדו ולחסלו ונופל לביוב. עקב כך מטיל המלך על ממלכתו צו איסור על אכילת מרק וכן מוציא את כל העכברושים מחוץ לחוק. בממלכת דור מתחילה תקופה קשה ומדכאת - המלך שבור ממות אשתו ומסתגר בחדרו, הנסיכה פיא בוהה בשמיים המעוננים ומייחלת לגשם ותושבי הממלכה מסתגרים בבתיהם.
במקביל מגיע רוסקורו לממלכת החולדות במעמקי הביוב האפל. בוטיצ'לי, מנהיג החולדות פורס עליו את חסותו ומגן עליו מפני חולדות אחרות. רוסקורו מדוכא מן האפילה ומשאר החולדות הדוחות אותו בגסותן. הוא שואף לצאת מן החיים בביוב אך אינו יכול.
העכברים חיים בעולם משלהם, מעל החולדות. גיבור הסרט הוא דספרו טילינג, עכבר צעיר וסקרן, בעל אזניים גדולות במיוחד. המיוחד בו היא בעיקר העובדה שאינו מפחד משום דבר, למרות ניסיונות הוריו ומוריו ללמד אותו שכל עכבר נורמלי פוחד מחתולים, ממלכודות עכברים ומבני אדם.
מנהל בית הספר בעיר העכברים מודאג מהתנהגותו החריגה של דספרו, רואה בה איום על אחדות הקהילה ומזמן את הוריו על מנת להזהירם שיינקטו בצעדים לשינוי בהתנהגותו.
אחיו הגדול של דספרו לוקח אותו יום אחד לספריית הארמון כדי ללמדו איך לאכול דפי ספרים, אולם דספרו מעדיף לקרוא את הדפים במקום לאכלם.
תוך קריאה בספרים לומד דספרו על ממלכת דור, המשפחה המלכותית והנסיכה פיא בפרט. הוא סקרן לפגוש בני אדם. דספרו מחליט להגיע לנסיכה. לאחר ביקורו אצלה הוא מועמד לדין ומואשם ביצירת קשר עם בני אדם. בעקבות הודאתו מחליטה מועצת העיר להגלות אותו מחוץ לעיר. עכבר זקן ועיוור בעל חזות מרתיעה מוריד אותו בחבל לביוב - אל עולם החולדות
