יש להבחין בין בַּעֲלָת זו לבין "בַּעֲלָה הִיא קִרְיַת יְעָרִים"[3] השוכנת מזרחה יותר על הגבול הצפוני של נחלת יְהוּדָה.
זיהוי האתר של בעלת עם גבעות מע'אר
על פי סדר האתרים הנזכרים ברשימות השונות בהן נזכרת בַּעֲלָת והַר הַבַּעֲלָה, מקובל הזיהוי של הַר הַבַּעֲלָה עם גבעות מע'אר - קבוצת גבעות כורכר מצפון לנחל עקרון[4][5], והזיהוי של העיר בַּעֲלָת עם אחד מהאתרים הקדומים על או בסמוך לגבעות אלה[6].
גבעות מע'אר הן רכס כורכר (הרביעי והמזרחי מבין רכסי הכורכר שבמישור החוף הדרומי), והן קרויות על שם הכפר הערבי מֻעָ'אר ששכן בגבעה הגבוהה שבאזור בגובה של כ-94 מטר מעל פני הים וכ-40 מטר מעל פני הסביבה. "מע'אר" משמעו בערבית "מערות" וזאת כיוון שהכפר נודע במערות שבו, שנחצבו באבן הכורכר הרכה ואשר שימשו למגורים ביישוב לאורך הדורות. כפר מע'אר נכבש ונהרס במהלך מלחמת העצמאות.
קימות עדויות להתיישבות נוודית בגבעות מע'אר כבר באלף ה-4 לפנה"ס (בתקופה הכלכוליתית). בתקופת הברונזה הקדומה כבר נוסד באתר ישוב קבע, ונמצאו קברים מתקופת הברונזה התיכונה (הכנענית), אז נקרא היישוב כמשוער על שם אל ה"בעל" הכנעני. בגבעות נמצאו גם מערות קבורה מתקופת הברונזה התיכונה ומהתקופה הרומית והביזנטית. בתקופה הרומית היישוב נדד מהגבעה אל חורבת "חברה" הסמוכה, בה נמצאו עדויות לבית-כנסת עתיק, והגבעה ומדרונה הצפון-מזרחי המשיכו לשמש כבית הקברות של היישוב[7]. בַּעֲלָת נזכרת בתלמוד הירושלמי כמקום שבו קידשו את השנה[8]. היישוב בגבעה התחדש בתקופה הערבית הקדומה והכפר מע'אר שכן במקום מאז התקופה הע'ותמנית וכאמור עד למלחמת העצמאות.
