ב-5 ביוני 1967 פתחה ישראל במבצע מוקד, שנועד להשמדת חילות האוויר של מדינות ערב. גלי התקיפה הראשונים היו נגד חיל האוויר המצרי, החזק והגדול ביניהם. בסיס ביר גפגפה המצרי היה בין החשובים שבבסיסי חיל האוויר המצרי, ולפיכך הותקף במשך היום הראשון על ידי שתי רביעיות של מטוסי דאסו אוראגן ושתי רביעיות דאסו מיסטר IV בגל הראשון, ועוד רביעיית מטוסי מיסטר ורביעיית מטוסי דאסו סופר מיסטר בגלים הבאים.
בביר גפגפה חנו גם כוחות חיל רגלים ושריון של הצבא המצרי, אך אלו נטשו את המקום בהבינם כי לא יוכלו לקבל סיוע אווירי. אוגדה 84, אוגדת טל, השתלטה על הבסיס ב-7 ביוני. לאחר ההשתלטות על הבסיס החלו מטוסי תובלה מדגם נורד 2501 נוראטלס ודקוטה בטיסות לבסיס עם מטעני נשק ואספקה. כמו כן הועברה לבסיס סוללת טילים נגד מטוסיםהוק. בבסיס נמצא מספר רב של טילי אוויר-אוויר מדגם וימפל K-13 ו-9 משגרי טילים נגד מטוסים. טילי הוימפל הותאמו לנשיאה על ידי מטוסי מיראז' 3 של טייסת 119 והותקנו בהם בדצמבר 1967.
עם סיום המלחמה וכיבוש חצי האי סיני נקבע גבול חדש בין ישראל במצרים, שהיה במרחק רב מבסיסי חיל האוויר הקיימים. חיל האוויר החליט להפוך את בסיס ביר גפגפה לבסיסי אווירי קדמי בשם רפידים, על שם התחנה בה עצרו בני ישראל בדרכם במדבר ממצרים לארץ ישראל. מספורו הצבאי של הבסיס היה בח"א 3. חנוכתו הרשמית של הייתה במאי 1968, אך כבר ב-26 ביולי 1967 נשלחה לבסיס רביעייה ראשונה של מטוסי דאסומיראז' 3 ("שחק") של טייסת 101 ("הקרב הראשונה"). התנאים בבסיס היו קשים; נותרו בו גרוטאות מטוסים וכלי רכב, תוצאה של תקיפות מטוסי חיל האוויר במבצע מוקד. מבנים רבים היו פגועים וחסרו אמצעים ותנאים לתחזוקת מטוסים ולקיום צוותי הקרקע והאוויר.[3]
בחודשים ובשנים הבאות הפך רפידים למחנה גדול בו שכנה מפקדת אוגדת סיני, מפקדות של יחידות חיל השריון, חיל התותחנים, יחידות מיוחדות שונות, מרכז של חיל הקשר, יחידות מחיל ההספקה ועוד. הבסיס שימש גם כבסיס לוגיסטיקה, אספקה ותובלה ששירת את היחידות השונות במרחב. בנוסף לפעילות הקרבית, בסיס התעופה שימש גם כמרכז תובלה וכן כמוקד רפואי, אליו פינו מסוקים פצועים מקו תעלת סואץ.[4] כ-8 ק"מ צפון־מערבית לבסיס, מוקמה יחידת הבקרה האווירית511 ובה מערכות מכ"ם, גילוי ול"א.[5] וסמוך לה סוללת טילי נ"מ ותותחי נ"מ.[6]
מלחמת ההתשה
עם העלייה במספר החדירות האוויריות מסיני החל חיל האוויר הישראלי להציב באופן קבוע ארבעה מטוסי קרב ברפידים (באותה תקופה - מטוסי מיראז' 3), ומאוחר יותר שישה. התורנות התחלפה בין טייסות הקרב בכל חודש וחצי. שני מטוסים היו בכוננות הזנקה והיו מוכנים להמריא לאוויר בתוך 5 דקות, זוג שני בכוננות להזנקה תוך 15 דקות, והשלישי - תוך 30 דקות. לעיתים היה צורך להזניק מטוסים נוספים מבסיסים בצפון. רבות מהפלותיו של חיל האוויר הישראלי בין השנים 1967 עד 1973 הושגו על ידי טייסים שהיו בכוננות זו ברפידים, ועל כן שאפו טייסים רבים להיות מוצבים שם כדי להיכנס לקרבות אוויר ולרשום לעצמם ניצחונות והפלות. בסיס רפידים היה הבסיס הקרוב ביותר בו היו מטוסים פגועים או ללא דלק יכולים לנחות, לאחר פעילות מבצעית במצרים.[7]
בסיס רפידים, שהיה הבסיס המערבי והקרוב ביותר לגבול עם מצרים, לקח חלק בקרבות גדולים מול הצבא המצרי וכן בעימותים קטנים יותר. ב-26 באוגוסט 1967 תקפו צמד מטוסי סוחוי-7 מצריים את הבסיס ופגעו במסלול ההמראה הראשי. אחד מהם הופל באש נגד מטוסים, בעוד שהשני הצליח לחמוק מצמד מטוסי מיראז' שהוזנק ליירטו.[8] ההפלה הראשונה של בסיס רפידים נרשמה ב-11 באוקטובר 1967, כאשר אביהו בן-נון הפיל מיג-21 מצרי מעל שדה התעופה אינשאס.[9] הכוננות האווירית המוגברת בבסיס רפידים סייעה לישראל בתגובה מהירה להתקפה על אוניית חיל הים אילת[10] וכן במבצע רימון 20 בו הופלו חמישה מטוסי מיג 21 של חיל האוויר המצרי שהוטסו על ידי טייסים רוסיים.
אף על פי שרמת הכוננות בבסיסי חיל האוויר הועלתה ב-5 באוקטובר 1973 הופתע בסיס רפידים על ידי מתקפה אווירית בדקות הראשונות של המלחמה. 16 מטוסי סוחוי-7 מלווים ב-6 מטוסי קרב מדגם מיג-21 הפתיעו את הבסיס ב-6 באוקטובר 1973 בשעה 14:00. המטוסים המצריים הפציצו את הבסיס ונמלטו ללא פגע. מסלול ההמראה הראשי ניזוק קשות בתקיפה אך מסלול ההמראה המקביל לו היה מבצעי כשלושים דקות לאחר התקיפה, ומטוסי חיל האוויר שהיו בבסיס היו יכולים להמריא ממנו ולהיכנס לקרבות שהתחוללו בקרבת תעלת סואץ. שני מטוסי פנטום F-4 הוזנקו מהבסיס, הטייס משה מלניק והנווטצבי טל יירטו טילי קלט שנורו ממטוס טופולב Tu-16 וכן סוחוי-7. בהמשך היום המריא זוג שהורכב ממטוס פנטום F-4 וממטוס נשר. הזוג הצליח להפיל מסוקים מצריים שניסו להחדיר יחידות קומנדו מצריות לשטח סיני. בערב אותו יום, נחתו בבסיס רפידים מסוקים שנשלחו אליו כדי לסייע בפינוי אווירי. אחד מן המסוקים, מסוק יסעור, הופל באוויר מעל רפידים ב-12 באוקטובר וחמישה אנשי צוות מצאו את מותם בקרב.