בא' בניסןה'ק"ט (1349), בימי מגפת המוות השחור, ביצעו תושבי העיר הנוצרים טבח בקהילה היהודית בארפורט, והניצולים גורשו מן העיר. הפוגרום פרץ בשבת בבוקר, בעת תפילת שחרית, ואחד ממוקדי ההתנפלות היה בית הכנסת, שניזוק בפרעות.
לאחר הפרעות מועצת העיר ארפורט מכרה את הבניין לסוחר מקומי. הוא הוסב למחסן ונערכו בו שינויים בפנים.
מהמאה ה-19, הבניין שימש אולם נשפים, מסעדה ואפילו באולינג. שינויים אלה גרמו לכך שייעודו המקורי של המבנה נשכח. בשל כך, הוא לא נהרס בימי גרמניה הנאצית, ולכן הוא המבנה הקדום ביותר ששרד בשלמותו (מבחינת הקירות והגג).
בסוף שנות ה-80 התחדש העניין בבניין הישן. ההיסטוריון האדריכלי אלמר אלטווסר החל לחקור אותו ב-1992. מועצת העיר ארפורט רכשה את הנכס ב-1998 וחקרה ושימרה אותו. כל שלבי העבר של הבניין נשמרו, לא רק השימוש בו כבית כנסת.
בשנת 2007 התגלה בסמוך לבית הכנסת מקווה שתוארך בידי ארכאולוגים לשנת 1250.
בשנת 2015 הוצעו בית הכנסת הישן והמקווה כאתר מורשת עולמית. בספטמבר 2023 הוכרזו בית הכנסת, המקווה ובניין אבן סמוך שהיה שייך ליהודים במאה ה-13 כאתר מורשת עולמית.
מוזיאון
בית הכנסת הישן נפתח ב-27 באוקטובר 2009 כמוזיאון לתולדות הקהילה היהודית בארפורט.
במוזיאון מצוי אוצר ארפורט, מטמון של מטבעות ותכשיטים שכנראה השתייכו ליהודים שהחביאו אותם בזמן הטבח בארפורט בשנת 1349. החלקים נמצאו בשנת 1998 בקיר בית בשכונה יהודית מימי הביניים בארפורט.
המוזיאון מציג גם פקסימיליות מכתבי היד העבריים של אוסף ארפורט (ראה להלן)
אוסף ארפורט
כתבי יד יהודיים רבים היו בבעלות הקהילה היהודית בארפורט והוחזקו בבית הכנסת. בעת הפרעות בשנת 1349 נשדדו כתבי יד אלה בידי הפורעים והגיעו לבעלות מועצת העיר ארפורט, שהעבירה אותם לידי הספרייה הלותרנית במנזר אוגוסטינוס בעיר. בשנת 1880 הם נמכרו לספרייה המלכותית בברלין, כיום ספריית המדינה בברלין. אוסף ארפורט, המחזיק כתבי יד אלה, כולל כתבי יד רבים, המתוארכים למאות ה-12 עד ה-14, וביניהם מחזורי תפילה ומספר ספרי תורה. מכיוון שהפוגרום אירע בשבת בבוקר, חלק מספרי התורה ניזוקו במקומות שנקראו בקריאת התורה של אותה שבת (פרשת תזריע, וקריאת שבת ראש חודש).[1]
כיום מצוי אוסף ארפורט בספריית המדינה בברלין, ובמוזיאון בבית הכנסת בארפורט מוצגות עותקי פקסימיליה שלהם.
אחד מכתבי היד היהודיים מאוסף ארפורט הוא כתב יד של התוספתא, המתוארך למאה ה-12. זהו כתב היד העתיק ביותר מבין שלושת כתבי היד החשובים של התוספתא, לצד כתב יד וינה, המתוארך לשלהי המאה ה-13 ומצוי בספרייה הלאומית האוסטרית, וכתב יד לונדון, המצוי בספריית הבריטית ומתוארך למאה ה-15.
הרב משה שמואל צוקרמנדל היה הראשון שהצביע על חשיבותו של כתב יד ארפורט לחקר נוסח התוספתא במחקרו עליו שפורסם בשנת 1876. הוא ביסס על כתב יד זה את מהדורתו לתוספתא, שנחשבת אחת המהדורות החשובות לתוספתא עד היום, לצד מהדורתו של שאול ליברמן.
