בשנת 1873, במסגרת "מאבק התרבות" בגרמניה, החליט ביסמרק כי גרמניה תהיה פרוטסטנטית, ואז גורש האב שמיץ שהיה לזריסט-קתולי. הוא עבר לאיי מדיירה, שם ניהל הוספיס וקולג' לכוהני-דת, ויסד מוזיאון למדעי הטבע שהפך לאחת האטרקציות המרכזיות באיים. בשנת 1908 החליטו נציגי "האיגוד הגרמני למען ארץ הקודש" למנות אותו כמנהל המוסדות הקתוליים של האגודה בארץ ישראל, והאב שמיץ בן ה-63 נשלח לארץ.
עם הגיעו לירושלים, שם לו האב שמיץ למטרה להקים אוסף זואולוגי, אשר יכלול את פוחלציהם של כל בעלי החיים מארץ הקודש. הוא ארגן לעצמו רשת של ציידים בכל רחבי הארץ, על ידי כך שהפיץ בין הבדואים והפלאחים את הידיעה כי הוא מעוניין בכל בעל חיים שהוא, וכי הוא מוכן לשלם בעין יפה תמורת חיות נדירות. ואכן זכתה קריאתו של האב שמיץ למענה נרחב, וחיות החלו לזרום לאוספו. בין החיות שהגיעו אליו, וכיום כבר אינן קיימות בארץ, היו ראם, ברדלס, דב סורי, אייל הכרמל, הפרס ואף תנין מנחל תנינים.
בנוסף הקים האב שמיץ סמינר לפרחי כהונה אשר פעל גם הוא לטובת עניינו - הכרת פאונה של ארץ ישראל. כך כותב האב שמיץ על חניכיו: "... החניכים של הסמינר מונהגים על ידי טיולים מתמידים וקבועים בסביבה הקרובה והרחוקה יותר, במטרה לשים לב לכל דבר בשטח, ולאסוף חומר מדעי שיוכל להעמיק את ידע עבודת האל בטבע ולמען התפתחות מדעי הטבע בכלל...". בשנתיים הראשונות לשהותו של האב שמיץ בארץ ישראל נאספו על ידו 40 מיני נמלים, כשעשרה מתוכם היו מינים חדשים למדע (עוד לפני הגיעו לארץ ישראל, איתר האב שמיץ מספר מינים של בעלי חיים חדשים למדע). שמיץ עשה מאמצים מרובים להבטחת איכות גבוהה של המוצגים באוספו. על מנת שהפוחלצים שבידו יהיו מעולים, הוא אפילו שלח את העורות שבידיו לברלין, שם הם נחנטו במומחיות ונשלחו חזרה לארץ ישראל.
בנוסף למוזיאון לטבע, מדי פעם הגיח האב שמיץ למסעות ברחבי הארץ שבמהלכם אסף מידע רב על עולם החי. בין השאר הוא אף התיישב מספר חודשים בכנסייה שבטבחה, על שפת הכנרת, וחקר את החי באגם וסביבו, בגליל ובגולן. קובץ רשימותיו של האב שמיץ מספר בין היתר גם על מסע לציד דובים בחרמון, ציד תנינים בנחל התנינים, דורסי היום והלילה בפלשתינה ועוד.
על החי בארץ הקודש כתב שמיץ מספר מאמרים ברבעון הגרמני שעסק בארץ הקודש- Das Heilige Land וברבעון הצפרות הגרמני Ornitologisches Jahrbuch, ובעוד כמה כתבי-עת-מדעיים נוספים. מלבד זאת הוא נהג לרשום ביומנו בדייקנות רבה את כל התצפיות שלו ומידע נוסף שהגיע אליו.
בנוסף לפעילותו הדתית והזואולוגית, הקים בירושלים, בשנת 1908 חוג אספרנטו יחד עם הרופא אהרן מאיר מזי"א.
בערוב ימיו עבר האב שמיץ לחיפה ושם מת בדצמבר 1922.
