הוא נבחר לאפיפיור ב-21 בינואר1276, יום אחד בלבד אחרי כינוס המועצה, אשר התכנסה לראשונה על פי הכללים הקפדניים של קודמו גרגוריוס העשירי, ולפיהם הקרדינלים לא הורשו לעזוב את הבניין לפני שנבחר אפיפיור חדש. אינוקנטיוס היה הדומיניקני הראשון שנבחר לאפיפיור. אף על פי שנטה לנייטרליות, העד מהרה הוא נסחף בהשפעתו של שארל הראשון, מלך נאפולי וסיציליה, שהתגורר כסנטור רומי ברומא. כמו כן הוא תמך בשביעות רצון במדיניותו כלפי רודולף פון הבסבורג, והוא גם ניסה לשווא להגביר את איחוד הכנסייה עם ביזנטיון.