הספינה ביצעה הפלגות מבצעיות בים האדום. האחרונה שבהן, ב-1980, הייתה "שמרנות 3", תחת פיקודו של רון גינזבורג. בסיום ההפלגה זו נכנסה הספינה לשיפוץ 5 שנתי במספנת אילת ואחריו הפליגה הספינה דרך תעלת סואץ לים התיכון.
זירת הים התיכון
אח"י כידון שרתה בזירת הים התיכון עד 1993 וגם שם בצעה הפלגות אימונים ומבצעים. אח"י כידון הייתה הספינה הראשונה שבה הותקנה סוללת טילי ברק, טיל נגד טילי ים, ולכן נטלה חלק פעיל ומרכזי בניסויים שנערכו לטיל זה. בנוסף לטילי גבריאל הותקנו בספינה גם טילי הרפון, שכונו בחיל הים "כנרית".
בפברואר 1994 נמסרה לחיל הים אח"י כידון מסדרת סער 4.5 ואח"י כידון המקורית יצאה משירות. גוף הספינה המקורי הוטבע בשנת 1997 ליד חוף שבי ציון כדי שישמש אתר צלילה וזיכרון ללוחמי שייטת 13 שנפלו באסון השייטת בלבנון.