Lilljeborg foi membro da Real Academia de Suecia das Ciencias desde 1861. Así mesmo, tamén foi membro da Sociedade Zoolóxica de Londres.
Algunhas publicacións
Sveriges och Norges ryggradsdjur 1872--91
Beskrifning af tvenne för Skandinaviens fauna nya däggdjur 1842
Bidrag till norra Rysslands och Norges fauna, samlade under en vetenskaplig resa i dessa länder 1848 och 1850
Öfversigt af de inom Skandinavien hittills funna arterna af slägtet Gammarus Fabr. 1853
Zoologisk resa i norra Ryssland och Finnmarken 1849
Bidrag till den högnordiska hafsfaunan 1850
Kullens hafs-mollusker 1851, 1854
Hafs-crustaceer vid Kullaberg i Skåne 1852, 1854
Några anmärkningsvärda former af Clausilia rugosa etc. 1858
Beskrifning öfver tvenne märkliga Crustaceer af ordningen Cladocera 1860
Beskrifning öfver två arter Crustaceer af ordningarna Ostracoda och Copepoda 1862
En för Sveriges fauna ny fisk Leucaspius delineatus (Heckel) 1871
En Nova Acta Reg. Societ. Scient. Upsal.
Les genres Liriope et Peltogaster, H. Rathke, Ser. III, Vol. 3
Supplément au mémoire sur les genres Liriope et Peltogaster ibm; On the Lysianassa magellanicia, H. Milne-Edwards, & on the crustacea of the suborder Amphipoda and subfamily Lysianassina, found on the coast af Sweden and Norway, Vol. 6
On two subfossil whales discovered in Sweden, ibm
En Årsskrift utg. av K. Vet.-Societ. i Uppsala
Ornithologiska Bidrag, 1 och 2
Bidrag till kännedomen om tandömsningen hos Otaria och Halichærus
En Uppsala universitets årsskrift
Öfversigt af de inom Skandinavien anträffade hvalartade däggdjur (Cetacea)
En Skandinaviska naturforskaremötenas förhandlingar
Några ord om förhållandet mellan Skandinaviens och norra Rysslands faunor
Om utvecklingen af tänderna hos Phoca hispida
En Proceedings of the Zoological Society of London
Description of Halcrosia Afzelii, a new Crocodile from Sierra Leona, West-Africa 1867, m. m.
Abreviatura
A abreviatura Lilljeborg emprégase para recoñecer a Wilhelm Lilljeborg como autoridade na descrición e taxonomía en zooloxía.