O Sistema de classificación APG II, sucesor do Sistema APG de 1998, é un sistema para a clasificación das anxiospermas – segundo criterios filoxenéticos -, publicado en 2003 por un vasto grupo de investigadores que se autodenominou "APG II" (do inglésAngiosperm Phylogeny Group, Grupo para a Filoxenia das Anxiospermas). No 2009 publicouse o seu sucesor, o APG III.
Este sistema de clasificación das anxiospermas é marcadamente diferente dos anteriores, "tradicionais" e baseados en criterios morfolóxicos. O sistema aínda está en pleno desenvolvemento e evolución, sendo revisado constantemente, pois moitas partes da filoxenia son de coñecemento recente (por exemplo, que Amborella é unha anxiosperma basal) e outros non presentan aínda un posicionamento cladístico concreto.
O sistema APG II é unha versión atualizada do sistema APG de 1998, atualización motividada polos avances ocorridos en 5 anos no coñecemento sobre a filoxenia das anxiospermas. Isto provocou varias mudanzas na circunscrición familiar e na clasificación, inclusive coa adición dalgunhas novas ordes.
En xeral, o APG adotou unha aproximación conservadora e propuxo só mudanzas no sistema APG 1998 cando había unha evidencia susbstancial que soportase unha revison da clasificación. Así:
A circunscrición das ordes da APG só foron mudadas para engadir un número de familias non clasificadas nunha orde na APG’98, ou foron elevados para incluír grupos irmáns.
Ningunha orde da APG foi fundida ou fracionada, e ningunha familia foi transferida dunha orde para outra, agás a familia Oncothecaceae, que foi movida da orde Garryales para euasterídeas I sen atribuír a unha orde.
O sistema APG II amosa un mellor coñecemento das relacións entre as ordes e algunhas das familias non clasificadas do que o fai o sistema APG I, ademais son incertas as relacións entre as ordes maiores de monocotiledóneas e eudicotiledóneas nucleares, e parcialmente entre as ordes de rosídeas e asterídeas.
Na categoría familia, varias foron recircunscritas (especialmente familias das ordes Asparagales, Malpighiales e Lamiales), porén só cando foi preciso para preservar a monofilia e evitar redundancias taxonómicas. Poucas familias, segundo os coñecementos dispoñibles sobre as relacións entre xéneros, as sinonimias foron restabelecidas. Nalgúns casos, as familias son listadas entre corchetes, indicando a posibilidade de alternar as circunscricións.
* = familia nova (mudada após a clasificación APG);
= orde nova (mudada tras a clasificación APG);
§ = circunscrición nova
As familias en "[...]" son alternativas aceptables e monofiléticas. Poden ser empregadas, opcionalmente, en lugar da definición lato sensu preferida aquí.
