Foi un prolífico zoólogo e un dos primeiros comprometidos coa conservación da vida salvaxe. Ademais do seu traballo en ornitoloxía publicou textos promovendo a protección dos animais que eran considerados pragas na súa época, como os morcegos.
Naturgeschichte der Stubenvögel. Ettinger, Gotha 1795.
Johann Lathams Allgemeine Übersicht der Vögel (1791-1812).
Gespräche im Wirthshause zu Klugheim über allerley Nützliches und Belehrendes aus der Natur und Oekonomie, Nürnberg 1796.
Ornithologisches Taschenbuch (1802-1803).
Kurze aber gründliche Musterung aller bisher mit Recht oder Unrecht von dem Jäger als schädlich geachteten und getödteten Thiere, nebst Aufzählung einiger wirklich schädlichen, die er, seinem Berufe nach, nicht dafür erkennt, ... Ettinger, Gotha 1792–1805.
Naturgeschichte der Stubenthiere. Ettinger, Gotha 1797.
Ornithologisches Taschenbuch von und für Deutschland oder Kurze Beschreibung aller Vögel Deutschlands für Liebhaber dieses Theils der Naturgeschichte. Leipzig: Richter, 1802.
Naturgeschichte der schädlichen Waldinsecten. Monath & Kußler, Nürnberg 1798–1800.
Diana oder Gesellschaftsschrift zur Erweiterung und Berichtigung der Natur-, Forst- und Jagdkunde. Waltershausen 1797–1816.
Vollständige Naturgeschichte der schädlichen Forstinsekten: ein Handbuch für Forstmänner, Cameralisten und Dekonomen 1804. (Con Georg Ludwig Scharfenberg).
Forstbotanik oder vollständige Naturgeschichte der deutschen Holzgewächse und einiger fremden. Gotha, in der Hennings'schen Buchhandlung, 1809.
Die Forst- und Jagdwissenschaft nach allen ihren Theilen für angehende und ausübende Forstmänner und Jäger. Gotha, Erfurt 1818–1835 (post mortem).
Ludwig Bechstein (1885): Dr. Johann Matthäus Bechstein und die Forstacademie Dreißigacker. Ein Doppel-Denkmal von Ludwig Bechstein. Meiningen: Brückner & Renner.
Julius Victor Carus (1875): "Bechstein, Johann Matthäus". In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Volume 2. Leipzig: Duncker & Humblot, p. 205.
Rudolf Möller (2002): "Johann Matthäus Bechstein (1757–1822) – eine Skizze seines Lebens und Schaffens". Anz. Ver. Thür. Orn. 4.
Wolfgang Pfauch (1998): Johann Matthäus Bechstein 1757–1822. Leben und Schaffen. Erfurt: Kleinhampl. ISBN 3-9339-5600-5.
Ulrich Scheidt & Günther Praedicow (2006): Johann Matthäus Bechstein (1757–1822) und die Anfänge der Terrarienkunde. Der Sekretär.
Ekkehard Schwartz (2005): "Johann Matthäus Bechstein (1757–1822)". In: Wegbereiter nachhaltiger Waldwirtschaft in Thüringen. Remagen: Kessel. ISBN 3-9356-3871-X, pp. 94–108.