A tempada 1998-99 da División de Honra da LNFS foi a 10ª edición da máxima competición ligueira do fútbol sala en España. O torneo comezou o 12 de setembro de 1998 e rematou o 20 de xuño de 1999 co derradeiro encontro da final, que deu como resultado o primeiro título de liga na historia desta competición a prol do Caja Segovia FS.

A liga estivo composta por dúas partes, a tempada regular e as eliminatorias polo título. A tempada regular contou con 18 equipos que se enfrontaron todos entre si na casa e fora ó longo de 34 xornadas. Ó remate da tempada regular os 8 primeiros da táboa decidiron o título nas eliminatorias finais. As eliminatorias de cuartos de final e semifinais foron ó mellor de 3 encontros, mentres que a final foi ó mellor de 5 encontros.

Equipos Pts Xog G E P G+ G- Dif 1. Playas de Castellón 82 34 25 7 2 185 91 +94 2. CLM Talavera 77 34 23 8 3 157 90 +67 3. Caja Segovia FS (C) 76 34 24 4 6 150 99 +51 4. Boomerang Interviú 70 34 21 7 6 145 83 +62 5. Industrias García 56 34 18 2 14 147 142 +5 6. ElPozo Murcia 50 34 15 5 14 137 131 +6 7. Miró Martorell 46 34 14 4 16 116 125 -9 8. Rías Baixas FS 43 34 11 10 13 102 112 -10 9. Café Dry Fiat Torrejón 42 34 12 6 16 117 114 +3 10. Dulma Astorga 41 34 12 5 17 113 135 -22 11. Sol Fuerza Salamanca 40 34 12 4 18 120 137 -17 12. Caja San Fernando Jerez 39 34 10 9 15 98 118 -20 13. O Parrulo Indunor 39 34 10 9 15 110 138 -28 14. Mínguez Sáez Cartagena 38 34 10 8 16 95 122 -27 15. MRA Xota Navarra 36 34 11 3 20 149 178 -29 16. Valencia Vijusa (D) 35 34 9 8 17 104 128 -24 17. Jaén Paraíso Interior (D) 34 34 10 4 20 105 137 -32 18. Maspalomas Canaria (D) 20 34 5 5 24 89 159 -70

Pts = Puntos; Xog = Encontros xogados; G = Encontros gañados; E = Encontros empatados; P = Encontros perdidos; G+ = Goles a prol; G- = Goles encaixados; Dif = Diferenza de goles Clasificado para a fase final polo título Descendido á División de Prata (C) Campión (D) Descendido

	Cuartos de final				Semifinal				Final
	1 Playas de Castellón	2
	8 Rías Baixas FS	0
					1 Playas de Castellón	0
					5 Industrias García	2
	4 Boomerang Interviú	0
	5 Industrias García	2
									5 Industrias García	0
									3 Caja Segovia FS	3
	2 CLM Talavera	2
	7 Miró Martorell	0
					2 CLM Talavera	1
					3 Caja Segovia FS	2
	3 Caja Segovia FS	2
	6 ElPozo Murcia	0

O Caja Segovia FS proclamouse campión desta edición 1998-99 da División de Honra da LNFS.

• Páxina oficial da Liga Nacional de Fútbol Sala (en castelán)