Il est breveté second lieutenant le dans le 3rd U.S. Infantry et est promu à ce grade le [2]. Affecté à la frontière dans l'Ouest, il participe aux guerres séminoles[1]. Il reste en Floride jusqu'en 1843[3].
En 1856, il souffre de problèmes urinaires. Dans une de ses lettres, envoyée de fort Defiance, il écrit qu'il n'a pu sortir pour une campagne en raison de frissons et d'une fièvre[4]
Guerre de Sécession
William Thomas Harbaugh Brooks est capitaine au fort Hamilton dans l'État de New York lorsque la guerre éclate[5]. Ses problèmes de santé s'aggravent à cette époque. Il est absent quatre mois de son régiment pour subir une opération[4]. Il est nommé brigadier général des volontaires le [2]. Il commande alors la 2nd brigade de la 2nd division du IVe corps[1].
Il est promu commandant dans le 18th U.S. Infantry le [2].
Lors de la bataille de Fredericksburg, il commande la 1st division du VIe corps au sein de la grande division de gauche[6]. Il est sous les ordres du général William Farrar Smith. Le major généralAmbrose Burnside rend partiellement coupable Brooks de la défaite de Fredericksburg. Il tente alors vainement de le renvoyer des services fédéraux. Brooks s'engage alors dans une querelle intense avec Burnside, ce qui lui coûtera à terme sa carrière[3]. Après la Mud March, Burnside envoie des courriers secrets au président Abraham Lincoln où, dans son General Orders Number 8, il émet à l'encontre de Brooks des « critiques contre la politique du gouvernement »[7],[note 2]
Pour les problèmes de santé, il demande à démissionner. Sa nomination de major général des volontaires est révoquée le et quitte le service actif des volontaires à cette date[2].
Après la guerre
William Thomas Harbaugh Brooks s'installe à Huntsville en Alabama en tant que fermier[1]. Entre son arrivée à Huntsville et , il perd 15 kilogrammes, et revient à son poids de sortie de West Point soit 81 kilogrammes[4]. Il est accueilli dans la communauté comme un ancien ennemi aimable et estimé[5]. Il meurt d'une nouvelle crise urinaire[4].
↑ abcdefgh et i(en) Francis B. Heitman, Historical Register and Dictionary of the United States Army, from it's Organization, September 29, 1789, to March 2, 1903, Washington, Government Printed Office, (lire en ligne).