Les événements de 1968, en particulier la tentative d'assassinat, le , de Rudi Dutschke et l'écho du Mai 68 français, alimentent la radicalisation de la mouvance qu'il fréquente et conduit à une volonté d'affrontement avec l'État.
Artiste, esthète et excentrique, il est parfois décalé par rapport à ses camarades étudiants qui produisent de l'agitation politique et des films documentaires sociaux[3]. En 1968, il réalise The Lonely Wanderer[2],[4],[5]. Le réalisateur Harun Farocki, qui étudiait à Berlin en même temps que lui, dira que c'est l'une des plus belles œuvres de l'Académie des cinéastes en herbe[1].
Après avoir vécu dans la Kommune 88, Grunewaldstraße à Berlin[6], il vit en couple avec Ulrike Edschmid(de) et son enfant dans un appartement commun qui sera perquisitionné à plusieurs reprises par la police[2].
Holger Meins, avec qui le couple a vécu un moment en communauté à Berlin, est en grève de la faim et meurt au 58e jour de sa troisième grève de la faim le , il pèse alors 39 kilos pour 1,89 mètre. Sauber et Edschmid sont arrêtés et incarcérés quatre mois – alors qu'ils s'estiment innocents[7] – pour leur prétendu activisme pendant les manifestations de soutien aux prisonniers[2],[7].
À sa libération, Sauber se jure de ne plus jamais aller en prison[7]. Il rentre dans la clandestinité (notamment sous le pseudonyme de « Léo »[8]) et rejoint le Mouvement du 2 Juin. Il est impliqué dans plusieurs braquages de banque et dans du trafic d'armes[7].
Au début de 1974, dans la clandestinité à Cologne, il travaille comme ouvrier en usine, chez le motoriste Klöckner-Humboldt-Deutz, sous le faux nom à Klöckner-Humboldt-Deutz. Il tente d'y faire de l'agitation sociale[6],[7].
Le à Cologne, il est contrôlé en compagnie de Karl Heinz Roth, dans un parking, par une patrouille de police de routine. Lors de l'échange de coups de feu qui suit, il tue un jeune policier de 22 ans, Walter Pauli(de)[9],[7].
Grièvement blessé lors de la fusillade, il meurt dans l'ambulance qui le mène à l'hôpital[2].
Sous le pseudonyme «Léo», Werner Sauber est l'un des protagonistes du livre Double de l'écrivain suisse Daniel de Roulet, publié en 1998.
En 2013, l'écrivaine allemande Ulrike Edschmid(de) lui consacre un ouvrage : La Disparition de Philip S., traduit en français en 2015.
Dans ce livre présenté comme un roman, bien qu'il se déroule comme un récit autobiographique, l'auteure ne fait ni enquête ni contre-enquête. Elle parle d'un homme, Philip S. qu'elle a aimé et avec qui elle voulait se battre pour un monde meilleur, dans ce Berlin-Ouest des années soixante et soixante-dix[3]. Une époque où l'extrême gauche allemande se fracture et n'a pas encore irrévocablement séparé les partisans de la lutte armée du mouvement post-soixante-huitard[2],[6].
