En , l'Union sportive Garazi et l'Union sportive Baigorri fusionnent afin de donner naissance à l'Union sportive Nafarroa ; le club commence son histoire en Fédérale 2[3].
Lors de la saison 2005-2006, le club remporte le championnat de Fédérale 2. Après 13 victoires et 9 défaites en phase qualificative, l'US Nafarroa domine d'abord le CA Ribérac en 32e de finale puis s'impose successivement face à l'US Salles, le Boucau Tarnos stade et le Peyrehorade sports en 1/4 de finale sur le terrain d'Anglet, s'assurant ainsi la montée en Fédérale 1 pour la saison 2006-2007. L'équipe domine enfin l'entente Vendres Lespignan en demi-finales avant de remporter le premier titre de son histoire en battant 12 à 9 l'équipe de Saint-Saturnin-lès-Avignon en finale, le , sur le terrain de Blagnac[4].
Pour la saison 2019-2020 le club dispute ses matchs en Fédérale 2 à la suite de sa rétrogradation la saison précédente. Elle est promue en Fédérale 1 à la suite de la saison 2020-2021.