Considéré comme l'un des élus démocrates les plus conservateurs du Congrès, partisan de la peine de mort, il vote également pour les baisses d'impôts massives proposées par le président George W. Bush en 2001 et pour la confirmation des juges John G. Roberts, Jr. et Samuel Alito à la Cour suprême des États-Unis. Il vote cependant contre la dérégulation et la mise en concurrence du secteur des télécoms organisée par le Telecommunications Act de 1996.
Problèmes de santé et conséquences politiques
Le , il est victime d'une attaque cérébrale et subit une intervention chirurgicale. S'il avait été contraint d'abandonner son siège, son remplaçant au Sénat des États-Unis aurait alors été désigné par Mike Rounds, le gouverneur du Dakota du Sud et membre du Parti républicain, lequel aurait fait basculer la majorité politique issue des élections de 2006. En effet, le Sénat se serait trouvé avec un nombre égal de sénateurs républicains et démocrates. La Constitution des États-Unis attribue en cas d'égalité une voix prépondérante au vice-président, en l'occurrence Dick Cheney. Johnson poursuit cependant son mandat et se voit largement réélu en avec 62,5 % des voix face à Joel Dykstra (37,5 %), dans un contexte de vague électorale portée par le choix de Barack Obama pour la présidence des États-Unis.
Johnson ne se représente pas lors des élections de 2014 et quitte le Sénat en . Un républicain reprend son mandat en la personne de Mike Rounds.
Vie privée
Marié, Tim Johnson est le père de trois enfants. Son fils aîné, Brooks, est un militaire de carrière dans l'armée américaine.