De Nooijer fait ses débuts en équipe nationale le contre la Nouvelle-Zélande (5-0 pour les Pays-Bas). Aujourd'hui il compte 453 sélections (détenteur du record mondial de plus de sélections jusqu’à peu, détrôné par JJ Dohmen)et 145 buts à son actif. En 1998 il marque le « but en or » en finale de la coupe du monde et offre ainsi à son pays un 3e sacre de champion du monde (après 1973 et 1990).