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De retour en Haute-Volta, il travaille à l’Autorité des Aménagements des Vallées des Volta où il devient en 1983 chef du Crédit agricole. Compaoré est membre de l'Union des luttes communistes - reconstruite où il retrouve RMC Kaboré[2]. En 1984, il commence une carrière dans la haute fonction publique en devenant haut-commissaire de la province d’Oubritenga puis en mars 1985 directeur de cabinet de Blaise Compaoré, alors ministre délégué à la présidence du Burkina Faso (de facto le numéro deux de l'organe qui dirige le pays, le Conseil national révolutionnaire[2]). En , il est nommé président de la Délégation centrale à la Justice populaire.
En 1987, il commence une carrière politique en étant membre jusqu'en 1991 de la coordination du Front populaire en tant que secrétaire adjoint au Commerce et aux Finances du Comité exécutif.
En mars 1995, Simon Compaoré est élu maire de Ouagadougou. Il est réélu en 2000 et 2006. Ne se représentant pas pour une quatrième élection, son mandat prend fin le [1].
Simon Compaoré, ainsi que les anciens ténors du CDP, Roch Marc Christian Kaboré et Salif Diallo, quittent en le parti, en désaccord avec les tentatives de modifier la constitution (Article 37) pour permettre à Blaise Compaoré de briguer un troisième mandat[2]. Les désaccords portent aussi sur la création envisagée d'un Sénat.
Les trois anciens dirigeants du CDP ont participé à la manifestation de l'opposition qui s'est déroulée dans le calme le samedi et a réuni plusieurs dizaines de milliers de personnes dans les rues de Ouagadougou et des principales villes du pays. On observe cependant une certaine réticence des membres « historiques » de l'opposition menée par Zéphirin Diabré vis-à-vis de ces ralliements.
Deuxième vice-président chargé des relations extérieures du Mouvement du peuple pour le progrès (MPP), il prend la tête du parti en août 2017, d’abord par intérim à la suite de la mort de Salif Diallo le président du MPP puis de plein exercice à partir de [1].
Le , Alassane Bala Sakandé est élu président du MPP à l'issue d'un congrès extraordinaire et remplace Simon Compaoré à la présidence du parti. Simon Compaoré est nommé président d'honneur du parti[3].
↑Ministre de l'Administration territoriale, de la Décentralisation et de la Sécurité intérieure jusqu'au . Siméon Sawadogo devient à cette date ministre de l'Administration territoriale et de la Décentralisation.
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