5 semaines se sont écoulées depuis l'affaire Janus, la traîtrise de Colby Granger au profit du gouvernement chinois et son arrestation. Colby s'échappe avec Dwayne Carter, son ami et partenaire espion, lors de leur transfert. Leur fuite au travers de la ville incite Don et son équipe (qui tente toujours de se remettre de la trahison de Colby) à rejoindre les recherches pour capturer à nouveau les deux hommes. Mais tout ne semble pas être ce qu'il paraît...
Une jeune femme est retrouvée morte dans une baignoire de la villa d'un acteur célèbre. L'enquête du FBI révèle une histoire de trafic de DVD, meurtre et chantage. Colby revient dans l'équipe après son sauvetage.
L'équipe de Don est dépêchée sur le lieu d'un crash de voiture dans la vitrine d'une cafétéria qui a provoqué une victime. L'adolescent qui était au volant a été piétiné par un des témoins de l'accident mais au fur et à mesure de l'enquête, l'équipe découvre que cette affaire est liée avec une affaire non résolue et que l'adolescent n'était pas au volant.
L'équipe est sur les traces d'un tueur en série qui torture ses victimes de la façon dont sont morts les 12 apôtres de Jésus. Une professeur de Sciences et études religieuses apporte son aide pour comprendre l'histoire et interpréter la numérologie qui entoure l'affaire, présence que Charlie a du mal à accepter.
Une banque privée est braquée et les voleurs n'ont vidé que certains coffres appartenant à des clients suspects. Étonnamment les braqueurs reversent le butin à des œuvres de charité. David et Colby ont du mal à retrouver leur "groove". Charlie est troublé quand Amita lui avoue qu'elle ne veut pas qu'il rencontre ses parents
Leah, une femme dans le programme de protection des témoins, est assassinée sous les yeux de son fils alors qu'elle revenait d'un dîner avec Don. L'enquête révèle que le principal suspect fait également partie du même programme de protection. Don culpabilise à cause de la mort de Leah et sa relation avec Liz s'envenime. Le livre de Charlie est publié et connaît déjà un grand succès.
Un adjoint au procureur du Texas est tué alors qu'il jouait à Primacy, un MMORPG en réalité alternative, dont le but est de trouver la "clé primale" qui vaut 1 million de dollars. Amita, joueuse de longue date, aide l'équipe de Don à retrouver les suspects également joueurs et se retrouve en danger quand elle se rend sur le terrain. Charlie passe à la télé pour la promo de son livre et lui demande d'emménager chez lui.
Eilen Pierce, fille d'un homme d'affaires milliardaire, est enlevée par le PNA, un groupuscule anticapitaliste. L'équipe se fait aider de Jeff Upchurch, spécialiste des enlèvements. Mais la donne change quand Pierce refuse de traiter avec les ravisseurs et que sa fille semble basculer de leur côté. Avec cette affaire, Megan fait de nouveau face à ses problèmes avec son père.
Une convention BD devient une scène de crime quand un vol à main armée mortel mène à la disparition d'un comic-book unique très rare. L'affaire se complique lorsque réapparaissent 14 exemplaires, tous des copies.
- Un complice du voleur vend des faux à des fans qui ont tous remarqué qu'il portait un tee-shirt avec le personnage du comics Marvel Docteur Strange dessiné dessus.
- L'acteur Wil Wheaton (qui avait joué dans la série) joue le rôle du propriétaire du comics. Il faut noter que cette série avait été éditée aux États-Unis par les éditions DC Comics[13]. On note aussi que certains membres de la convention de comics sont habillés avec l'uniforme de la série Star Trek : La Nouvelle Génération.
Un spécialiste d'écoute armé et paranoïaque tire sur un agent et prend un otage au siège du FBI. David prend la place de l'otage dans l'ascenseur où s'est enfermé l'homme. La seule revendication de l'homme est que cesse sa surveillance par le FBI. Liz annonce son départ en mission chez les Stups pour quelques semaines.
Une journaliste d'investigation, Bonnie Parks, est portée disparue depuis une semaine quand l'enquête passe au FBI. Charlie répond aux questions à une interview, expose sa participation à l'enquête et met sa vie en danger. Colby développe une sorte de fascination pour la journaliste disparue.
Le FBI prend d'assaut un laboratoire de meth, au cours de l'opération, ils arrêtent un passant. Dans son van, ils découvrent un arsenal d'armes et du matériel suspect qui indiquent la préparation d'une action terroriste.
L'ex-petite amie de Don, Robin Hooks, est de retour en Californie pour poursuivre un chef de gang incarcéré qui semble ordonner le meurtre des témoins à charge depuis la prison. David doit convaincre un adolescent génie des échecs qui pourrait être la clé pour trouver comment les ordres sont transmis. Charlie, quant à lui, fait un stage au FBI pour se former à des techniques de self-défense et de maniement des armes.
Don et son équipe poursuivent l'ex-marine Clay Porter, recherché pour meurtre dans l'affaire des meurtres en série rituels, tandis que la famille de Porter a été enlevée par deux anciens marines. Don éprouve quelques difficultés avec Robin, surtout que Liz est de retour.
Une secte est empoisonnée à l'arsenic mais refuse toute aide médicale. Les dirigeants se déchirent pour le pouvoir, les uns traditionalistes, les autres plus pragmatiques. Mais quand on découvre que l'ancien leader, décédé un an plus tôt, a également été empoisonné, les pistes semblent brouillées.
Une star du rap est assassinée et les membres d'une maison de production éliminés, le FBI soupçonne une rivalité entre leaders de groupes. Sur cette affaire, Don a besoin de l'aide précieuse de son frère pour décoder un programme d'analyse musicale. Mais, l'esprit de Charlie est accaparé par une tout autre affaire : rencontrer les parents d'Amita, venus spécialement de New Delhi voir leur fille et rencontrer son futur époux...
Don et Charlie planchent sur un cas délicat de terrorisme où ils confrontent ardemment leurs opinions. Deux enlèvements par un groupe armé ont conduit le FBI jusqu'à une organisation humanitaire pakistanaise. Puis, un scientifique et ami de Charlie est arrêté ; ce qui met ce dernier en porte-à-faux avec le FBI et lui pose un cas de conscience professionnelle lorsque ses théories prouvent l'innocence de ce suspect. Dans cette ambiance particulièrement tendue, un membre de l'équipe de Don envisage de quitter le FBI.
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