Accusée d'avoir assassiné la Présidente des États-Unis, Nikita est la femme la plus recherchée au monde. Elle se retrouve seule et en fuite après avoir quitté son ancienne équipe. Trois mois plus tard, elle va la retrouver...
Ryan comprend que le Shop et Amanda utilisent des doubles de hauts responsables du gouvernement. Pendant ce temps, Alex lutte avec l'aide de Sonya pour faire tomber les réseaux de trafiquants d'esclaves et tombe alors sur un ancien ami...
Sam décide d'épauler Alex lors d'une transaction financière visant à recueillir des fonds pour continuer à financer les opérations de l'équipe. Entretemps, les autres tentent d'intercepter un missile que le Shop cherche à lancer sur la flotte américaine pour provoquer une guerre entre le Pakistan et les États-Unis...
Alors que Sam doit faire face à des créanciers insistants, il va pouvoir compter sur l'aide d'Alex. Quant au reste de l'équipe, ils sont désormais innocentés, et Nikita, devenue un symbole pour toute l'Amérique, se voit assigner la tâche de raconter son histoire au monde. Mais une terrible perte va tout remettre en cause...
Nikita est résolue à venger la mort de Ryan en tuant les derniers membres du "groupe" avec l'aide d'Alex. Toutes deux sont déterminées à en finir avec Amanda une bonne fois pour toutes. Réalisant que la part d'ombre de Nikita risque de prendre le dessus, Michael, Birkhoff, Sonya et Sam partent à sa recherche...
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