Après avoir occupé les premières places en championnat en début de saison, le Werder connaît ensuite une période plus difficile avant de retrouver le podium et de finalement terminer à la troisième place du classement, synonyme de tour de barrages de la Ligue des champions. En Coupe d'Allemagne, le club défend son titre jusqu'en finale avant d'être battu par le Bayern Munich (quatre buts à zéro). Au niveau européen, après une phase de poules quasiment parfaite, le Werder est éliminé au stade des huitièmes de finale, battu par le Valence CF via la règle des buts marqués à l'extérieur.
Individuellement, Claudio Pizarro termine cette saison en étant le meilleur buteur du club (16 réalisations en championnat et 29 toutes compétitions confondues), tandis que le jeune Mesut Özil termine meilleur passeur du championnat (17 passes décisives).
Résumé de la saison
Un mercato de remplacement
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Parcours en championnat
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Bilan de la saison
Classé troisième de Bundesliga, le Werder se qualifie pour le tour de barrages de la Ligue des champions 2010-2011, deux ans après sa dernière campagne dans la plus prestigieuse des compétitions européennes.
Dans sa tradition d'équipe très offensive, le Werder termine la saison de Bundesliga avec la deuxième meilleure attaque (71 buts en 34 matchs), à seulement une unité du Bayern Munich, sacré champion cette année et leader dans ce domaine. Elle est portée par son buteur Claudio Pizarro et ses jeunes milieux offensifs Marko Marin et Mesut Özil, ce dernier terminant meilleur passeur du championnat (17 passes décisives distribuées)[1]. Les deux jeunes Allemands sont également récompensés par le titre honorifique de meilleur joueur du mois (novembre et mars respectivement). Toujours solidement défendu par sa paire centrale Naldo - Per Mertesacker, le Werder est cette saison la quatrième meilleure défense d'Allemagne (40 buts encaissés, contre 31 pour le Bayern et Schalke 04).
En Coupe d'Europe, le club est sorti en huitièmes de finale de la Ligue Europa par le Valence CF. Même si ce résultat est moins bon que celui de la saison précédente, il installe un peu plus le club allemand sur la scène européenne, en réussissant à atteindre les huitièmes de finale d'une grande compétition pour la sixième année consécutive. Avec neuf buts inscrits tout au long de la compétition, Pizarro termine co-meilleur buteur de la Ligue Europa avec le Paraguayen Óscar Cardozo du Benfica Lisbonne[2].