Marseille commence sa saison par les matchs qualificatifs de la Coupe de l'UEFA. Les Phocéens affrontent notamment les ukrainiens du Dniepr Dniepropetrovsk au troisième tour de la coupe Intertoto puis les Suisses du BSC Young Boys en tour préliminaire de l'UEFA. L'OM se qualifie à chaque confrontation grâce aux buts à l'extérieur.
Le début de saison de l'Olympique de Marseille est idéal, en six confrontations l'OM gagne cinq matches et fait un match nul. Durant ces six matchs, l'Olympique de Marseille bat notamment le PSG 3-1 (au Parc des Princes) ainsi que les Girondins de Bordeaux (2-1) (au Stade Vélodrome) et n'encaisse aucun but pendant les quatre premiers matchs. Les olympiens réalisent même une série de cinq victoires consécutives en championnat.
En Ligue 1 Orange, les Olympiens perdent face au FC Nantes (2-1) (alors relégable). En conséquence, Marseille perd le contact avec le leader, l'Olympique lyonnais, qu'ils affrontent au stade Vélodrome le à l'occasion de la 10e journée de Ligue 1. Ce match, perdu 4-1 sur leur terrain, va être un terrible un coup d'arrêt pour les Phocéens qui, dès lors, se font éliminer de la coupe de l'UEFA dès le 1er tour par le modeste club tchèque du FK Mladá Boleslav 4-3 sur les deux rencontres. Puis trois jours après la déception lyonnaise, Marseille sera éliminée de la Coupe de la Ligue sur le score de 4 buts à 1 par l'ASSE.
Débuts de Cissé et baisse de régime
Fin octobre, l'OM est 2e à 11 points de Lyon et s'éloigne du podium en début novembre. Marseille remporte le dimanche 19 novembre (1-0 face à Valenciennes) sa première victoire depuis le 1er octobre. 6 jours plus tard, nouvelle désillusion pour les Olympiens qui trouvent le nul contre Troyes (1-1). L'OM est 7e et perd contre Sochaux (1-0) le 3 décembre. Conséquence : l'OM est 9e avec 24 points. L'OM renoue avec la victoire le 9 décembre face à Monaco (2-1) et voit la première titularisation de Djibril Cissé sous les couleurs marseillaises. Le 16 décembre, l'OM s'incline au stade Marcel-Picot à Nancy (2-0) mais répare l'erreur en s'imposant le vendredi 22 contre Saint-Étienne (2-1 et ouverture du score de Djibril Cissé). Après 19 journées, Marseille est 6e (9 victoires, 3 nuls et 7 défaites). Djibril Cissé retrouve le chemin des pelouses après une blessure (fracture du tibia) qui l'avait éloigné des terrains pendant six mois. Son retour oblige l'entraîneur Albert Emon à modifier ses schémas tactiques, ce qui coïncidera avec des mauvais résultats et verra le club s'éloigner du podium en janvier et février.
Samir Nasri, quant à lui, prend une dimension supplémentaire en l'absence de Franck Ribéry (absent pendant deux mois) et devient incontournable sur le terrain, ses performances lui permettent en février d'être appelé en équipe de France.
Malgré de mauvais résultats en championnat, le club poursuit sa route en coupe de France et élimine entre autres l'Olympique lyonnais en 1/8e de finale (2-1, condamnant à Lyon de mettre fin à un rêve de doublé) et le FC Nantes en demi-finale (3-0) pour affronter en finale le FC Sochaux.
L'« affaire » Kachkar
Le , l'Olympique de Marseille, par la voix de son président Pape Diouf, annonce le début du processus de vente du club par Robert Louis-Dreyfus à Jack Kachkar. Canadien d'origine arménienne et PDG d'Inyx Inc., une société de produits pharmaceutiques basée à New York, Kachkar aurait mis « environ 115 millions d'euros[2] » sur la table.
Le 1er mars2007, Jack Kachkar annonce qu'il a officiellement racheté l'OM à Robert-Louis Dreyfus. L'homme d'affaires canadien fait paraître un communiqué pour confirmer l'information. Les deux parties signent un accord définitif de vente.
On apprend cependant quelques jours plus tard que Kachkar aurait du mal à réunir les fonds nécessaires au rachat du club phocéen. Selon le journal l'Équipe, l'agence de marketing sportif Sportfive serait même prête à mettre 40 millions d'euros pour aider l'investisseur canadien à boucler le rachat de l'OM.
Le , Robert Louis-Dreyfus lassé par les nombreux délais demandés par Jack Kachkar, et ne croyant plus aux futurs investissements promis pour assurer la pérennité de l'OM, décide ne plus vendre le club à l'homme canadien. Dreyfus porte plainte contre l'homme d'affaires canadien pour tentative d'escroquerie, faux et usage de faux. Il sera condamné en 2011 à 10 mois de prison avec sursis, 50 000 euros d'amende, et devra verser 500 000 euros de dommages et intérêts à Margarita Louis-Dreyfus[3].
Fin de saison
VA-OM 2007
Le 14 avril, l'OM retrouve le stade Nungesser, quatorze ans après l'affaire VA-OM, les olympiens ne parviennent pas à trouver le chemin des filets malgré une importante force offensive.
À deux journées de la fin, Marseille, qui a pris 16 points sur les 18 possibles lors des six derniers matchs alors que ses adversaires directs connaissaient des hauts et des bas, se trouve plus que jamais en course pour accéder au podium et pour se qualifier pour la Ligue des champions. En effet, le club compte alors 2 points d'avance sur ses rivaux que sont le RC Lens et les Girondins de Bordeaux ainsi qu'une meilleure différence de buts et reçoit lors du dernier match un club d'ores et déjà relégué en Ligue 2, le CS Sedan.
Pour la deuxième année consécutive, l'OM dispute et perd la finale de la coupe de France, cette fois-ci face au FC Sochaux aux tirs au but (2-2 ; 4-5 tab.) après avoir pourtant mené à deux reprises grâce à un doublé de Djibril Cissé mais rejoint à chaque fois.
Lors de la 37e journée à Saint-Étienne, grâce aux buts de Djibril Cissé et Mathieu Valbuena (qui signe là son premier but en Ligue 1), l'Olympique de Marseille est sacré officiellement vice-champion de France et atteint donc son objectif : une qualification directe en Ligue des champions. Cette saison se finit sous un feu d'artifice au Vélodrome dès la fin du match OM-Sedan, notamment marqué par l'unique but inscrit par Samir Nasri.
↑La LFP a condamné l'OM à un match à huis clos à la suite d'un incident lors du match Nice-OM au cours duquel un pompier fut touché gravement à la main après qu'il eut ramassé une bombe agricole lancée depuis le parcage marseillais.
↑Seule la nationalité sportive est indiquée. Un joueur peut avoir plusieurs nationalités mais n'a le droit de jouer que pour une seule sélection nationale.
↑Seule la sélection la plus importante est indiquée.
