Une section judo a existé dans les années 1950-1960, s'entraînant au stade de l'Huveaune, avec notamment dans ses rangs Jean-Paul Coche alors adolescent[1].
L'ancien judoka Stéphane Mongellas, responsable du pôle Espoirs à Marseille, propose dès mars 2012 un projet de section judo à l'Olympique de Marseille, ayant pour but de stopper l'exode des judokas de la région vers les clubs parisiens. Le projet est validé par la direction de l'OM le 11 septembre 2012[2],[3].
Le , l'Olympique de Marseille officialise la création d'une section judo. La première saison a pour objectif les finales des championnats de France cadets à juniors[4]. L'OM remporte sa première médaille nationale grâce à l'équipe féminine junior qui termine troisième des Championnats de France par équipes en 2013, suivie d'une médaille d'argent de l'équipe féminine cadette[5]. Le club obtient son premier titre par équipes avec l'équipe féminine cadette en 2014[6] puis connaît son premier titre national junior en individuel en 2015 avec le sacre de Marina Olarte en moins de 70 kg[7] et son premier titre national junior féminin par équipe en 2017[8],[9].
En 2017, l'OM Judo connaît ses premières médailles en Championnats de France senior, avec la médaille d'argent de Lorenzo Perricone en moins de 90 kg, la médaille de bronze de Blandine Pont en moins de 48 kg et la médaille de bronze de Daniel Jean en moins de 66 kg[10].
Le club olympien obtient son premier titre national senior en 2018 avec le sacre d'Alexandre Iddir dans la catégorie des moins de 100 kg ; cette année-là, Automne Pavia, qui a rejoint le club en 2017[11], obtient le bronze dans la catégorie des moins de 57 kg[12].
L'OM participe en 2022 à la première édition de la Judo Pro League, la première ligue fermée professionnelle mixte de judo fondée par la Fédération française de judo[13]. L'OM atteint les quarts de finale, s'inclinant contre le Judo Nice Métropole[14].
Médaille d'or par équipes femmes en 2017 (avec Blandine Pont, Emma Viglione, Margaux Silvestri, Ophélie Vellozzi, Pauline Barucchi, Lou Lagache, Mathilde Vergnenegre, Marina Olarte, Chloé Nezar et Juliette Tarting[18])
Médaille d'argent par équipes femmes en 2015 (avec Blandine Pont, Marie Orsini, Emma Viglione, Margaux Silvestri, Romaine Rambot, Pauline Barucchi, Juliette Tarting, Marina Olarte, Chloé Nezar et Nadia Benzahra[19])
Médaille d'argent par équipes femmes en 2016 (avec Blandine Pont, Cory Julien, Margaux Silvestri, Lou Lagache, Pauline Barucchi, Lina Giovannelli, Marina Olarte, Juliette Tarting et Chloé Nezar[20])
Médaille d'argent par équipes femmes en 2018 (avec Blandine Pont, Emma Viglione, Ophélie Vellozzi, Lou Lagache, Mathilde Vergnenegre, Aurelia Petrelli et Prescillia Leze[21])
Médaille de bronze par équipes femmes en 2013 (avec Magdalena Massuchetti, Odessa Pittavino, Karla Brantes, Mélanie Piu, Marina Schillaci, Chloé Nicoud, Émilie Cavallini et Marie Orsini[22])
Médaille de bronze par équipes hommes en 2016 (avec Thomas Macrez, Rémi Cattez, Daniel Jean, Damien Santelia, Cameron Givre, Geoffrey Hardy, Benoît Laurencin, Lorenzo Perricone et Mohamed Montasser Rouahi[20])
Championnat de France individuel juniors (5)
Médaille d'or pour Marina Olarte (−70 kg) en 2015[23]
Médaille d'or pour Juliette Tarting (−70 kg) en 2016[24]
Médaille d'or pour Daniel Jean (−66 kg) en 2016[24]
Médaille d'or pour Daniel Jean (−66 kg) en 2017[25]
Médaille d'or pour Laura Espadinha (−52 kg) en 2019[26]
Médaille d'argent pour Marie Orsini (−52 kg) en 2014[27]
Médaille d'argent pour Romaine Rambot (−63 kg) en 2015[23]
Médaille d'argent pour Geoffrey Hardy (−81 kg) en 2016[24]
Médaille d'argent pour Marine Gilly (−44 kg) en 2017[25]
Médaille d'argent pour Margaux Silvestri (−57 kg) en 2017[25]
Médaille d'argent pour Thomas Macrez (−60 kg) en 2017[25]
Médaille d'argent pour Juliette Tarting (−70 kg) en 2017[25]